+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16480 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the 10D12 heavy-chain-only antibody (3 RBDs up) | |||||||||
マップデータ | Sharpened map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Complex / Spike / Glycoprotein / Antibody / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Serna Martin I / Hurdiss DL | |||||||||
資金援助 | オランダ, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Front Immunol / 年: 2023 タイトル: Avidity engineering of human heavy-chain-only antibodies mitigates neutralization resistance of SARS-CoV-2 variants. 著者: Wenjuan Du / Rick Janssens / Anna Z Mykytyn / Wentao Li / Dubravka Drabek / Rien van Haperen / Marianthi Chatziandreou / Melanie Rissmann / Joline van der Lee / Melissa van Dortmondt / Itziar ...著者: Wenjuan Du / Rick Janssens / Anna Z Mykytyn / Wentao Li / Dubravka Drabek / Rien van Haperen / Marianthi Chatziandreou / Melanie Rissmann / Joline van der Lee / Melissa van Dortmondt / Itziar Serna Martin / Frank J M van Kuppeveld / Daniel L Hurdiss / Bart L Haagmans / Frank Grosveld / Berend-Jan Bosch / 要旨: Emerging SARS-CoV-2 variants have accrued mutations within the spike protein rendering most therapeutic monoclonal antibodies against COVID-19 ineffective. Hence there is an unmet need for broad- ...Emerging SARS-CoV-2 variants have accrued mutations within the spike protein rendering most therapeutic monoclonal antibodies against COVID-19 ineffective. Hence there is an unmet need for broad-spectrum mAb treatments for COVID-19 that are more resistant to antigenically drifted SARS-CoV-2 variants. Here we describe the design of a biparatopic heavy-chain-only antibody consisting of six antigen binding sites recognizing two distinct epitopes in the spike protein NTD and RBD. The hexavalent antibody showed potent neutralizing activity against SARS-CoV-2 and variants of concern, including the Omicron sub-lineages BA.1, BA.2, BA.4 and BA.5, whereas the parental components had lost Omicron neutralization potency. We demonstrate that the tethered design mitigates the substantial decrease in spike trimer affinity seen for escape mutations for the hexamer components. The hexavalent antibody protected against SARS-CoV-2 infection in a hamster model. This work provides a framework for designing therapeutic antibodies to overcome antibody neutralization escape of emerging SARS-CoV-2 variants. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16480.map.gz | 97.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-16480-v30.xml emd-16480.xml | 20 KB 20 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16480_fsc.xml | 11.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16480.png | 62.5 KB | ||
マスクデータ | emd_16480_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-16480.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_16480_additional_1.map.gz emd_16480_half_map_1.map.gz emd_16480_half_map_2.map.gz | 51.7 MB 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16480 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16480 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16480_validation.pdf.gz | 903.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_16480_full_validation.pdf.gz | 903.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16480_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16480_validation.cif.gz | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16480 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16480 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16480.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1147 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16480_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_16480_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_16480_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_16480_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the 10D12 heavy-cha...
全体 | 名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the 10D12 heavy-chain-only antibody |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the 10D12 heavy-cha...
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the 10D12 heavy-chain-only antibody タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|
-分子 #1: SARS-CoV-2 spike glycoprotein
分子 | 名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LGVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LGVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY VSQPFLMDLE GKQGNFKNLR EFVFKNIDGY FKIYSKHTPI NLVRDLPQGF SALEPLVDLP IGINITRFQT LLALHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPTESIVRFP NITNLCPFGE VFNATRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN SASFSTFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRGDEVRQI APGQTGKIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNN LDSKVGGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGSTPC NGVEGFNCYF PLQSYGFQPT NGVGYQPYRV VVLSFELLHA PATVCGPKKS TNLVKNKCVN FNFNGLTGTG VLTESNKKFL PFQQFGRDIA DTTDAVRDPQ TLEILDITPC SFGGVSVITP GTNTSNQVAV LYQDVNCTEV PVAIHADQLT PTWRVYSTGS NVFQTRAGCL IGAEHVNNSY ECDIPIGAGI CASYQTQTNS PAAARSVASQ SIIAYTMSLG AENSVAYSNN SIAIPTNFTI SVTTEILPVS MTKTSVDCTM YICGDSTECS NLLLQYGSFC TQLNRALTGI AVEQDKNTQE VFAQVKQIYK TPPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSPIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFGA GPALQIPFPM QMAYRFNGIG VTQNVLYENQ KLIANQFNSA IGKIQDSLSS TPSALGKLQD VVNQNAQALN TLVKQLSSNF GAISSVLNDI LSRLDPPEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SANLAATKMS ECVLGQSKRV DFCGKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQIITTDNT FVSGNCDVVI GIVNNTVYDP LQPELDSFKE ELDKYFKNHT SPDVDLGDIS GINASVVNIQ KEIDRLNEVA KNLNESLIDL QELGKYEQGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGRS LEVLFQGPGH HHHHHHHSAW SHPQFEKGGG SGGGGSGGSA WSHPQFEK |
-分子 #2: Heavy-chain-only antibody 10D12
分子 | 名称: Heavy-chain-only antibody 10D12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEFGLSWLFL VAILKGVQCE VQLVETGGGL IQPGGSLRLS CAVSGFTVSL NYMSWVRQAP GKGLEWVSSI YSGGSTFYAD SVKGRFTISR DNSKNTLYLQ MNSLRAEDTA VYYCARGLGF GELPPFDFWG QGTLVTVSSE PKSCDKTHTC PPCPAPELLG GPSVFLFPPK ...文字列: MEFGLSWLFL VAILKGVQCE VQLVETGGGL IQPGGSLRLS CAVSGFTVSL NYMSWVRQAP GKGLEWVSSI YSGGSTFYAD SVKGRFTISR DNSKNTLYLQ MNSLRAEDTA VYYCARGLGF GELPPFDFWG QGTLVTVSSE PKSCDKTHTC PPCPAPELLG GPSVFLFPPK PKDTLMISRT PEVTCVVVDV SHEDPEVKFN WYVDGVEVHN AKTKPREEQY NSTYRVVSVL TVLHQDWLNG KEYKCKVSNK ALPAPIEKTI SKAKGQPREP QVYTLPPSRE EMTKNQVSLT CLVKGFYPSD IAVEWESNGQ PENNYKTTPP VLDSDGSFFL YSKLTVDKSR WQQGNVFSCS VMHEALHNHY TQKSLSLSPG K |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris pH 8, 150 mM NaCl. |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5018 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |