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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16361 | |||||||||
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タイトル | Enp1TAP_A, body 2 | |||||||||
マップデータ | Enp1TAP_A, body 2 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Milkereit P / Poell G | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS One / 年: 2023 タイトル: Impact of the yeast S0/uS2-cluster ribosomal protein rpS21/eS21 on rRNA folding and the architecture of small ribosomal subunit precursors. 著者: Gisela Pöll / Joachim Griesenbeck / Herbert Tschochner / Philipp Milkereit / 要旨: RpS0/uS2, rpS2/uS5, and rpS21/eS21 form a cluster of ribosomal proteins (S0-cluster) at the head-body junction near the central pseudoknot of eukaryotic small ribosomal subunits (SSU). Previous work ...RpS0/uS2, rpS2/uS5, and rpS21/eS21 form a cluster of ribosomal proteins (S0-cluster) at the head-body junction near the central pseudoknot of eukaryotic small ribosomal subunits (SSU). Previous work in yeast indicated that S0-cluster assembly is required for the stabilisation and maturation of SSU precursors at specific post-nucleolar stages. Here, we analysed the role of S0-cluster formation for rRNA folding. Structures of SSU precursors isolated from yeast S0-cluster expression mutants or control strains were analysed by cryogenic electron microscopy. The obtained resolution was sufficient to detect individual 2'-O-methyl RNA modifications using an unbiased scoring approach. The data show how S0-cluster formation enables the initial recruitment of the pre-rRNA processing factor Nob1 in yeast. Furthermore, they reveal hierarchical effects on the pre-rRNA folding pathway, including the final maturation of the central pseudoknot. Based on these structural insights we discuss how formation of the S0-cluster determines at this early cytoplasmic assembly checkpoint if SSU precursors further mature or are degraded. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16361.map.gz | 151.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16361-v30.xml emd-16361.xml | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16361.png | 47.4 KB | ||
その他 | emd_16361_half_map_1.map.gz emd_16361_half_map_2.map.gz | 151.6 MB 151.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16361 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16361 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16361_validation.pdf.gz | 879.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16361_full_validation.pdf.gz | 879.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16361_validation.xml.gz | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16361_validation.cif.gz | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16361 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16361 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16361.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Enp1TAP_A, body 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.968 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Enp1TAP A, body 2, half map 1
ファイル | emd_16361_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Enp1TAP_A, body 2, half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Enp1TAP A, body 2, half map 2
ファイル | emd_16361_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Enp1TAP_A, body 2, half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Enp1-TAP associated immature ribosomal particles from S. cerevisiae
全体 | 名称: Enp1-TAP associated immature ribosomal particles from S. cerevisiae |
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要素 |
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-超分子 #1: Enp1-TAP associated immature ribosomal particles from S. cerevisiae
超分子 | 名称: Enp1-TAP associated immature ribosomal particles from S. cerevisiae タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#31 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288C-derivative laboratory strain |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 200 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.4 kPa | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 200 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8575 / 平均露光時間: 4.4 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
-画像解析
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 180939 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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