[日本語] English
万見
- EMDB-16330: Botulinum neurotoxin serotype X in complex with NTNH/X -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16330
タイトルBotulinum neurotoxin serotype X in complex with NTNH/X
マップデータ
試料
  • 複合体: Botulinum neurotoxin serotype X in complex with NTNH/X
    • タンパク質・ペプチド: NTNH/X
    • タンパク質・ペプチド: Botulinum neurotoxin type X
キーワードBotulinum neurotoxin / botulism / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding ...bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type X
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Martinez-Carranza M / Skerlova J / Stenmark P
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Regional Development FundCZ.02.2.69/0.0/0.0/16_027/0008477European Union
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Structure and activity of botulinum neurotoxin X.
著者: Markel Martínez-Carranza / Jana Škerlová / Pyung-Gang Lee / Jie Zhang / Dave Burgin / Mark Elliott / Jules Philippe / Sarah Donald / Fraser Hornby / Linda Henriksson / Geoffrey Masuyer / ...著者: Markel Martínez-Carranza / Jana Škerlová / Pyung-Gang Lee / Jie Zhang / Dave Burgin / Mark Elliott / Jules Philippe / Sarah Donald / Fraser Hornby / Linda Henriksson / Geoffrey Masuyer / Matthew Beard / Min Dong / Pål Stenmark
要旨: Botulinum neurotoxins (BoNTs) are the most potent toxins known and are used to treat an increasing number of medical disorders. All BoNTs are naturally co-expressed with a protective partner protein ...Botulinum neurotoxins (BoNTs) are the most potent toxins known and are used to treat an increasing number of medical disorders. All BoNTs are naturally co-expressed with a protective partner protein (NTNH) with which they form a 300 kDa complex, to resist acidic and proteolytic attack from the digestive tract. We have previously identified a new botulinum neurotoxin serotype, BoNT/X, that has unique and therapeutically attractive properties. We present the cryo-EM structure of the BoNT/X-NTNH/X complex at 3.1 Å resolution. Unexpectedly, the BoNT/X complex is stable and protease resistant at both neutral and acidic pH and disassembles only in alkaline conditions. Using the stabilizing effect of NTNH, we isolated BoNT/X and showed that it has very low potency both and . Given the high catalytic activity and translocation efficacy of BoNT/X, low activity of the full toxin is likely due to the receptor-binding domain, which presents weak ganglioside binding and exposed hydrophobic surfaces.
履歴
登録2022年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2023年10月18日-
現状2023年10月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_16330.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16330.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315. Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315. Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-2.26634 - 3.8607788
平均 (標準偏差)0.0015429693 (±0.15424018)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 315.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_16330_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_16330_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_16330_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Botulinum neurotoxin serotype X in complex with NTNH/X

全体名称: Botulinum neurotoxin serotype X in complex with NTNH/X
要素
  • 複合体: Botulinum neurotoxin serotype X in complex with NTNH/X
    • タンパク質・ペプチド: NTNH/X
    • タンパク質・ペプチド: Botulinum neurotoxin type X

-
超分子 #1: Botulinum neurotoxin serotype X in complex with NTNH/X

超分子名称: Botulinum neurotoxin serotype X in complex with NTNH/X
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
分子量理論値: 300 KDa

-
分子 #1: NTNH/X

分子名称: NTNH/X / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
分子量理論値: 137.394984 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDINDKLSID SPIDNKNIIE FITFRTDTSG IQKKIKAYQI AKHIWVVPER YYAEPLNISD EYKIDGGIYN ENYLTTDKER QEYLDAICI LFKRINNVIE GKKLLSLLSS ASPFPFKDDT NKYLLKEALL YVNEENFEFK FFTSNIILFG PGTNISKNQV L PLNGDDAT ...文字列:
MDINDKLSID SPIDNKNIIE FITFRTDTSG IQKKIKAYQI AKHIWVVPER YYAEPLNISD EYKIDGGIYN ENYLTTDKER QEYLDAICI LFKRINNVIE GKKLLSLLSS ASPFPFKDDT NKYLLKEALL YVNEENFEFK FFTSNIILFG PGTNISKNQV L PLNGDDAT SGVGSVSEIC YNPFFTKKFG EYSLDPVIGL IECLLKSLYN LYGIKVSDDI KIPYKLQRAL NTDKYSYINL EE ALIFGGN DYKIFTEKPY WLSNDYFLKS LNTFEENKAK YEKDLKNDPN LNNELNQYLQ QKYSFSISKI WSLNLTAFAD IFN INIPTS FLASITFWDR SQYYKINYPN DYNIDGFVNG QWNTNLKNIE KDNNFIIFDK PKQIITYIND IFNLRYTSNL YEDN LDIES NNYYLNFMFE YDKGNNFTIN QYKALLDTLD NDFIDSLPPI QGMNAQNKLT SLPIISKGTD TENINSELLL PIHYL KSQT YNLDMYSSIK FTTNIYEVVS EKNSELVYTF LPHINEIMEN YSINNTIKTE EEFYNWMENL FINYSIDILE KRNSII PGI TAVLPWIGKA LNILNTNNDF EEELQLSGIK GLIKEYENFI IPDMIVPDIP LDNMPRTYDD IDKKLSEIYT KNKFLFL KG YYFIVQEWWT TYYIQFIELK YLCSGAINKQ QQLLITVLEK QLFYFTNNGL FPFDAMERMI NEFNRSIDIF SRISQQAL N NVDIFINECA LFIFNNEVYP LFLNNVENNI NKANDNVLNY INKATSLTEE QIKELTVKYT FSSIAEVEFF NESYFKKIT NMDIKNILTN IKNINNLILS GSQINDDITI FDESGNNLNI KFDPSIRIVD GHTNVAFKLD KSSQYINIPT ENINFSFMES FSIDFWLKI LDSTESTTLL NCIEDDIGWK LSIQNNNLLW EMKDNLGNNF TSLFTFNINN IWHNITLSID RLTNTFNCFL D GKLINTDN ISNIFSLETN TPIEIQSDNG AILLEAFSIL NYPLQQQEVL NRYREAFSNN YTRNYYGDIL KYNENYQLYN KT SPDKEVK KVFTNDKDYI AIEYNQNTNN PTFFSLIQKE QSKIYVEEND EVYICVQGDP LNYITIDNNQ AVLTKDINLA TSF KLKTNL NKPNSLIFSE NSQALRLSNR LNDENYILLD LVSKLDDEPL NIFYWEFI

-
分子 #2: Botulinum neurotoxin type X

分子名称: Botulinum neurotoxin type X / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
分子量理論値: 150.348891 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKLEINKFNY NDPIDGINVI TMRPPRHSDK INKGKGPFKA FQVIKNIWIV PERYNFTNNT NDLNIPSEPI MEADAIYNPN YLNTPSEKD EFLQGVIKVL ERIKSKPEGE KLLELISSSI PLPLVSNGAL TLSDNETIAY QENNNIVSNL QANLVIYGPG P DIANNATY ...文字列:
MKLEINKFNY NDPIDGINVI TMRPPRHSDK INKGKGPFKA FQVIKNIWIV PERYNFTNNT NDLNIPSEPI MEADAIYNPN YLNTPSEKD EFLQGVIKVL ERIKSKPEGE KLLELISSSI PLPLVSNGAL TLSDNETIAY QENNNIVSNL QANLVIYGPG P DIANNATY GLYSTPISNG EGTLSEVSFS PFYLKPFDES YGNYRSLVNI VNKFVKREFA PDPASTLMHE LVHVTHNLYG IS NRNFYYN FDTGKIETSR QQNSLIFEEL LTFGGIDSKA ISSLIIKKII ETAKNNYTTL ISERLNTVTV ENDLLKYIKN KIP VQGRLG NFKLDTAEFE KKLNTILFVL NESNLAQRFS ILVAKHFLKE RPIDPIYVNI LDDNSYSTLE GFNISSQGSN DFQG QLLES SYFEKIESNA LRAFIKICPR NGLLYNAIYR NSKNYLNNID LEDKKTTSKT NVSYPCSLLN GCIEVENKDL FLISN KDSL NDINLSEEKI KPETTVFFKD KLPPQDITLS NYDFTEANSI PSISQQNILE RNEELYEPIR NSLFEIKTIY VDKLTT FHF LEAQNIDESI DSSKIRVELT DSVDEALSNP NKVYSPFKNM SNTINSIETG ITSTYIFYQW LRSIVKDFSD ETGKIDV ID KSSDTLAIVP YIGPLLNIGN DIRHGDFVGA IELAGITALL EYVPEFTIPI LVGLEVIGGE LAREQVEAIV NNALDKRD Q KWAEVYNITK AQWWGTIHLQ INTRLAHTYK ALSRQANAIK MNMEFQLANY KGNIDDKAKI KNAISETEIL LNKSVEQAM KNTEKFMIKL SNSYLTKEMI PKVQDNLKNF DLETKKTLDK FIKEKEDILG TNLSSSLRRK VSIRLNKNIA FDINDIPFSE FDDLINQYK NEIEDYEVLN LGAEDGKIKD LSGTTSDINI GSDIELADGR ENKAIKIKGS ENSTIKIAMN KYLRFSATDN F SISFWIKH PKPTNLLNNG IEYTLVENFN QRGWKISIQD SKLIWYLRDH NNSIKIVTPD YIAFNGWNLI TITNNRSKGS IV YVNGSKI EEKDISSIWN TEVDDPIIFR LKNNRDTQAF TLLDQFSIYR KELNQNEVVK LYNYYFNSNY IRDIWGNPLQ YNK KYYLQT QDKPGKGLIR EYWSSFGYDY VILSDSKTIT FPNNIRYGAL YNGSKVLIKN SKKLDGLVRN KDFIQLEIDG YNMG ISADR FNEDTNYIGT TYGTTHDLTT DFEIIQRQEK YRNYCQLKTP YNIFHKSGLM STETSKPTFH DYRDWVYSSA WYFQN YENL NLRKHTKTNW YFIPKDEGWD ED

UniProtKB: Botulinum neurotoxin type X

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 5.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3v0a

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 432063
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8byp:
Botulinum neurotoxin serotype X in complex with NTNH/X

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る