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- EMDB-16316: Alvinella pompejana nicotinic acetylcholine receptor Alpo4 in apo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16316
タイトルAlvinella pompejana nicotinic acetylcholine receptor Alpo4 in apo state (Alpo4_comb dataset 3)
マップデータ
試料
  • 複合体: Pentameric complex of Alpo4 in apo state
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water
キーワードCys-loop receptor / pentameric ligand-gated ion channel / Alpo / nAChR / MEMBRANE PROTEIN
生物種Alvinella pompejana (無脊椎動物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者De Gieter S / Efremov RG / Ulens C
資金援助 ベルギー, 5件
OrganizationGrant number国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0H5916N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G054617N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G087921N ベルギー
KU LeuvenC3/19/023 ベルギー
KU LeuvenC14/17/093 ベルギー
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Sterol derivative binding to the orthosteric site causes conformational changes in an invertebrate Cys-loop receptor.
著者: Steven De Gieter / Casey I Gallagher / Eveline Wijckmans / Diletta Pasini / Chris Ulens / Rouslan G Efremov /
要旨: Cys-loop receptors or pentameric ligand-gated ion channels are mediators of electrochemical signaling throughout the animal kingdom. Because of their critical function in neurotransmission and high ...Cys-loop receptors or pentameric ligand-gated ion channels are mediators of electrochemical signaling throughout the animal kingdom. Because of their critical function in neurotransmission and high potential as drug targets, Cys-loop receptors from humans and closely related organisms have been thoroughly investigated, whereas molecular mechanisms of neurotransmission in invertebrates are less understood. When compared with vertebrates, the invertebrate genomes underwent a drastic expansion in the number of the nACh-like genes associated with receptors of unknown function. Understanding this diversity contributes to better insight into the evolution and possible functional divergence of these receptors. In this work, we studied orphan receptor Alpo4 from an extreme thermophile worm . Sequence analysis points towards its remote relation to characterized nACh receptors. We solved the cryo-EM structure of the lophotrochozoan nACh-like receptor in which a CHAPS molecule is tightly bound to the orthosteric site. We show that the binding of CHAPS leads to extending of the loop C at the orthosteric site and a quaternary twist between extracellular and transmembrane domains. Both the ligand binding site and the channel pore reveal unique features. These include a conserved Trp residue in loop B of the ligand binding site which is flipped into an apparent self-liganded state in the apo structure. The ion pore of Alpo4 is tightly constricted by a ring of methionines near the extracellular entryway of the channel pore. Our data provide a structural basis for a functional understanding of Alpo4 and hints towards new strategies for designing specific channel modulators.
履歴
登録2022年12月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16316.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16316.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.76 Å/pix.
x 352 pix.
= 267.379 Å		0.76 Å/pix.
x 352 pix.
= 267.379 Å		0.76 Å/pix.
x 352 pix.
= 267.379 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7596 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.164
最小 - 最大-1.0130112 - 1.6530012
平均 (標準偏差)0.0018768663 (±0.046696283)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 267.37918 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16316_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16316_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16316_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pentameric complex of Alpo4 in apo state

全体名称: Pentameric complex of Alpo4 in apo state
要素
  • 複合体: Pentameric complex of Alpo4 in apo state
    • タンパク質・ペプチド: Acetylcholine receptor
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water

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超分子 #1: Pentameric complex of Alpo4 in apo state

超分子名称: Pentameric complex of Alpo4 in apo state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Alvinella pompejana (無脊椎動物)
分子量理論値: 270 KDa

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分子 #1: Acetylcholine receptor

分子名称: Acetylcholine receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Alvinella pompejana (無脊椎動物)
分子量理論値: 54.154934 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAGSKVDKTL CRLGDITGLL IVLSVLVSRG LCQDCNNTNA SSMADEKRLL KCILHDYDTA IRPVQNVSDV VNVALEVTVV KVIDLDEKE HVLTTNGWIY HEWNDFQLKW NPSDYSGLKK IRIPVDRIWT PDIVLFNNAD ESYRYVVDKL AVVYYTGKVM W VPHARLRS ...文字列:
MAGSKVDKTL CRLGDITGLL IVLSVLVSRG LCQDCNNTNA SSMADEKRLL KCILHDYDTA IRPVQNVSDV VNVALEVTVV KVIDLDEKE HVLTTNGWIY HEWNDFQLKW NPSDYSGLKK IRIPVDRIWT PDIVLFNNAD ESYRYVVDKL AVVYYTGKVM W VPHARLRS FCVLDLSRFP FDSQMCTLVF GSWTHDVSSV NVTLRNQSKV QYMIDGKEWQ VTSVQPKRYQ WTYNSNENYA GI ITGIKLK RTSIYYQYVF IMPTVLLAFL TLLMPFIPPL GKERITYGIG LVLGCTLLLM MLSDRMPTEL GNVPVVAAYL AYV FVMVAI NLLFAIMAIN MSMRDPKFGK VPGWVRWIFL TKLSKLVCLP VEPYTAVPAD LAYEETAAAR ELLDMNNGTA TADQ RVSGS DTKPALDRTL EDIRRYLRLV ATRTVVTPQL SHRDLVVQEW QQLTRVIDRL LFGSFLVLTV VITISMYAHY

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMNaPiPhosphate
150.0 mMNaClSodium Chlorate
0.003 %LMNGLMNG
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
特殊光学系位相板: OTHER
エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 25669 / 平均電子線量: 59.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model from cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 131380
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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