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- EMDB-16280: Cryo-EM structure of rat SLC22A6 bound to alpha-ketoglutaric acid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16280
タイトルCryo-EM structure of rat SLC22A6 bound to alpha-ketoglutaric acid
マップデータ
試料
  • 複合体: OAT1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 member 6
    • タンパク質・ペプチド: Synthetic nanobody (Sybody)
  • リガンド: 2-OXOGLUTARIC ACID
  • リガンド: CHLORIDE ION塩化物
キーワードmembrane protein (膜タンパク質) / transporter (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Organic anion transport / renal tubular secretion / alpha-ketoglutarate transmembrane transporter activity / alpha-ketoglutarate transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / metanephric proximal tubule development / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / organic anion transport ...Organic anion transport / renal tubular secretion / alpha-ketoglutarate transmembrane transporter activity / alpha-ketoglutarate transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / sodium-independent organic anion transport / metanephric proximal tubule development / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / organic anion transport / organic anion transmembrane transporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / monoatomic anion transport / antiporter activity / chloride ion binding / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / basal plasma membrane / カベオラ / response to organic cyclic compound / basolateral plasma membrane / protein-containing complex / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Organic cation transport protein/SVOP / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 22 member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者Parker JL / Kato T / Newstead S
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust215519 英国
Wellcome Trust219531 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S021043/1 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for selective uptake and elimination of organic anions in the kidney by OAT1.
著者: Joanne L Parker / Takafumi Kato / Gabriel Kuteyi / Oleg Sitsel / Simon Newstead /
要旨: In mammals, the kidney plays an essential role in maintaining blood homeostasis through the selective uptake, retention or elimination of toxins, drugs and metabolites. Organic anion transporters ...In mammals, the kidney plays an essential role in maintaining blood homeostasis through the selective uptake, retention or elimination of toxins, drugs and metabolites. Organic anion transporters (OATs) are responsible for the recognition of metabolites and toxins in the nephron and their eventual urinary excretion. Inhibition of OATs is used therapeutically to improve drug efficacy and reduce nephrotoxicity. The founding member of the renal organic anion transporter family, OAT1 (also known as SLC22A6), uses the export of α-ketoglutarate (α-KG), a key intermediate in the Krebs cycle, to drive selective transport and is allosterically regulated by intracellular chloride. However, the mechanisms linking metabolite cycling, drug transport and intracellular chloride remain obscure. Here, we present cryogenic-electron microscopy structures of OAT1 bound to α-KG, the antiviral tenofovir and clinical inhibitor probenecid, used in the treatment of Gout. Complementary in vivo cellular assays explain the molecular basis for α-KG driven drug elimination and the allosteric regulation of organic anion transport in the kidney by chloride.
履歴
登録2022年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月19日-
マップ公開2023年7月19日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16280.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16280.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.616 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.616 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.616 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-2.1946266 - 2.820617
平均 (標準偏差)-0.0012810869 (±0.06023781)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 239.616 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16280_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16280_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_16280_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : OAT1

全体名称: OAT1
要素
  • 複合体: OAT1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 member 6
    • タンパク質・ペプチド: Synthetic nanobody (Sybody)
  • リガンド: 2-OXOGLUTARIC ACID
  • リガンド: CHLORIDE ION塩化物

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超分子 #1: OAT1

超分子名称: OAT1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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分子 #1: Solute carrier family 22 member 6

分子名称: Solute carrier family 22 member 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 60.553559 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAFNDLLKQV GGVGRFQLIQ VTMVVAPLLL MASHNTLQNF TAAIPPHHCR PPANANLSKD GGLEAWLPLD KQGQPESCLR FTSPQWGPP FYNGTEANGT RVTEPCIDGW VYDNSTFPST IVTEWNLVCS HRAFRQLAQS LYMVGVLLGA MVFGYLADRL G RRKVLILN ...文字列:
MAFNDLLKQV GGVGRFQLIQ VTMVVAPLLL MASHNTLQNF TAAIPPHHCR PPANANLSKD GGLEAWLPLD KQGQPESCLR FTSPQWGPP FYNGTEANGT RVTEPCIDGW VYDNSTFPST IVTEWNLVCS HRAFRQLAQS LYMVGVLLGA MVFGYLADRL G RRKVLILN YLQTAVSGTC AAYAPNYTVY CVFRLLSGMS LASIAINCMT LNVEWMPIHT RAYVGTLIGY VYSLGQFLLA GI AYAVPHW RHLQLVVSVP FFIAFIYSWF FIESARWYSS SGRLDLTLRA LQRVARINGK QEEGAKLSIE VLRTSLQKEL TLS KGQASA MELLRCPTLR HLFLCLSMLW FATSFAYYGL VMDLQGFGVS MYLIQVIFGA VDLPAKFVCF LVINSMGRRP AQMA SLLLA GICILVNGII PKSHTIIRTS LAVLGKGCLA SSFNCIFLYT GELYPTVIRQ TGLGMGSTMA RVGSIVSPLV SMTAE FYPS MPLFIFGAVP VVASAVTALL PETLGQPLPD TVQDLKSRSR GKQNQQQQEQ QKQMMPLENL YFQ

UniProtKB: Solute carrier family 22 member 6

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分子 #2: Synthetic nanobody (Sybody)

分子名称: Synthetic nanobody (Sybody) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 16.079819 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAGSSSQVQL VESGGGLVQA GGSLRLSCAA SGFPVKTEWM EWYRQAPGKE REWVAAIWSY GSGTRYADSV KGRFTISRDN AKNTVYLQM NSLKPEDTAV YYCLVRVGSW YHGQGTQVTV SAGRAGEQKL ISEEDLNSAV DHHHHHH

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分子 #3: 2-OXOGLUTARIC ACID

分子名称: 2-OXOGLUTARIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: AKG
分子量理論値: 146.098 Da
Chemical component information

ChemComp-AKG:
2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸

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分子 #4: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 240196
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8bw7:
Cryo-EM structure of rat SLC22A6 bound to alpha-ketoglutaric acid

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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