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万見
- EMDB-16265: Hfq-Crc-estA translation repression complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16265
タイトルHfq-Crc-estA translation repression complex
マップデータConsensus map
試料
  • 複合体: Complex of the RNA chaperone Hfq with helper protein Crc assembled on a fragment of estA mRNA
    • 複合体: RNA-binding protein Hfq and Catabolite repression control protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-binding protein Hfq
      • タンパク質・ペプチド: Catabolite repression control protein
    • 複合体: estA mRNA
      • RNA: estA mRNA
キーワードco-transcriptional RNA folding / Crc / metabolic regulation / ribonucleoprotein assembly / RNA chaperone Hfq / translational regulation / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease III / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Exodeoxyribonuclease III-like / RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein Hfq / Catabolite repression control protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Dendooven T / Luisi BF
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2023
タイトル: Translational regulation by Hfq-Crc assemblies emerges from polymorphic ribonucleoprotein folding.
著者: Tom Dendooven / Elisabeth Sonnleitner / Udo Bläsi / Ben F Luisi /
要旨: The widely occurring bacterial RNA chaperone Hfq is a key factor in the post-transcriptional control of hundreds of genes in Pseudomonas aeruginosa. How this broadly acting protein can contribute to ...The widely occurring bacterial RNA chaperone Hfq is a key factor in the post-transcriptional control of hundreds of genes in Pseudomonas aeruginosa. How this broadly acting protein can contribute to the regulatory requirements of many different genes remains puzzling. Here, we describe cryo-EM structures of higher order assemblies formed by Hfq and its partner protein Crc on control regions of different P. aeruginosa target mRNAs. Our results show that these assemblies have mRNA-specific quaternary architectures resulting from the combination of multivalent protein-protein interfaces and recognition of patterns in the RNA sequence. The structural polymorphism of these ribonucleoprotein assemblies enables selective translational repression of many different target mRNAs. This system elucidates how highly complex regulatory pathways can evolve with a minimal economy of proteinogenic components in combination with RNA sequence and fold.
履歴
登録2022年12月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月25日-
マップ公開2023年1月25日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16265.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16265.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Consensus map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.055
最小 - 最大-0.14269559 - 0.31319302
平均 (標準偏差)0.0021625462 (±0.012938484)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Locally refined map

ファイルemd_16265_additional_1.map
注釈Locally refined map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_16265_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_16265_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of the RNA chaperone Hfq with helper protein Crc assemble...

全体名称: Complex of the RNA chaperone Hfq with helper protein Crc assembled on a fragment of estA mRNA
要素
  • 複合体: Complex of the RNA chaperone Hfq with helper protein Crc assembled on a fragment of estA mRNA
    • 複合体: RNA-binding protein Hfq and Catabolite repression control protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-binding protein Hfq
      • タンパク質・ペプチド: Catabolite repression control protein
    • 複合体: estA mRNA
      • RNA: estA mRNA

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超分子 #1: Complex of the RNA chaperone Hfq with helper protein Crc assemble...

超分子名称: Complex of the RNA chaperone Hfq with helper protein Crc assembled on a fragment of estA mRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3, #2
分子量理論値: 260 KDa

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超分子 #2: RNA-binding protein Hfq and Catabolite repression control protein

超分子名称: RNA-binding protein Hfq and Catabolite repression control protein
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

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超分子 #3: estA mRNA

超分子名称: estA mRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

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分子 #1: RNA-binding protein Hfq

分子名称: RNA-binding protein Hfq / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 9.114487 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSKGHSLQDP YLNTLRKERV PVSIYLVNGI KLQGQIESFD QFVILLKNTV SQMVYKHAIS TVVPSRPVRL PSGDQPAEPG NA

UniProtKB: RNA-binding protein Hfq

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分子 #2: Catabolite repression control protein

分子名称: Catabolite repression control protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exodeoxyribonuclease III
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 30.101869 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPAMRIISVN VNGIQAAAER GLLSWLQAQN ADVICLQDTR ASAFDLDDPS FQLDGYFLYA CDAELPEQGG VALYSRLQPK AVISGLGFE TADRYGRYLQ ADFDKVSIAT LLLPSGQSGD ESLNQKFKFM DDFTHYLSKQ RRKRREYIYC GSLYVAHQKM D VKNWRECQ ...文字列:
GPAMRIISVN VNGIQAAAER GLLSWLQAQN ADVICLQDTR ASAFDLDDPS FQLDGYFLYA CDAELPEQGG VALYSRLQPK AVISGLGFE TADRYGRYLQ ADFDKVSIAT LLLPSGQSGD ESLNQKFKFM DDFTHYLSKQ RRKRREYIYC GSLYVAHQKM D VKNWRECQ QMPGFLAPER AWLDEVFGNL GYADALREVS REGDQFSWWP DSEQAEMLNL GWRFDYQVLT PGLRRFVRNA KL PRQPRFS QHAPLIVDYD WQLSI

UniProtKB: Catabolite repression control protein

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分子 #3: estA mRNA

分子名称: estA mRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 37.997801 KDa
配列文字列:
GCUGAGGAGG CUUUACGACG GGCCCCGAGG CGCAUGCCGA CGACACGGCG GCCCGACAAU AAAAACAAAU CAUGGAGUAA GAGAAUGAU CAGAAUGGCG CUCAAGCCAC UGGUAGCG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 46800
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8bvj:
Hfq-Crc-estA translation repression complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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