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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16246 | |||||||||
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タイトル | ARE-ABCF VmlR2 bound to a 70S ribosome | |||||||||
マップデータ | Neobacillus subtilis VmlR2 in complex with 70S initiating ribosome from Bacillus subtilis. Unsharpened map from RELION 3D auto-refinement. | |||||||||
試料 |
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キーワード | ABC / ABCF / ABC-F / VmlR2 / antibiotic resistance / initiation / distorted P-tRNA / Shina-Dalgarno / Neobacillus vireti / Bacillus subtilis / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of rRNA processing / nucleoid / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity ...positive regulation of rRNA processing / nucleoid / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Neobacillus vireti (バクテリア) / Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Crowe-McAuliffe C / Wilson DN | |||||||||
資金援助 | ドイツ, スウェーデン, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: Genome-encoded ABCF factors implicated in intrinsic antibiotic resistance in Gram-positive bacteria: VmlR2, Ard1 and CplR. 著者: Nozomu Obana / Hiraku Takada / Caillan Crowe-McAuliffe / Mizuki Iwamoto / Artyom A Egorov / Kelvin J Y Wu / Shinobu Chiba / Victoriia Murina / Helge Paternoga / Ben I C Tresco / Nobuhiko ...著者: Nozomu Obana / Hiraku Takada / Caillan Crowe-McAuliffe / Mizuki Iwamoto / Artyom A Egorov / Kelvin J Y Wu / Shinobu Chiba / Victoriia Murina / Helge Paternoga / Ben I C Tresco / Nobuhiko Nomura / Andrew G Myers / Gemma C Atkinson / Daniel N Wilson / Vasili Hauryliuk / 要旨: Genome-encoded antibiotic resistance (ARE) ATP-binding cassette (ABC) proteins of the F subfamily (ARE-ABCFs) mediate intrinsic resistance in diverse Gram-positive bacteria. The diversity of ...Genome-encoded antibiotic resistance (ARE) ATP-binding cassette (ABC) proteins of the F subfamily (ARE-ABCFs) mediate intrinsic resistance in diverse Gram-positive bacteria. The diversity of chromosomally-encoded ARE-ABCFs is far from being fully experimentally explored. Here we characterise phylogenetically diverse genome-encoded ABCFs from Actinomycetia (Ard1 from Streptomyces capreolus, producer of the nucleoside antibiotic A201A), Bacilli (VmlR2 from soil bacterium Neobacillus vireti) and Clostridia (CplR from Clostridium perfringens, Clostridium sporogenes and Clostridioides difficile). We demonstrate that Ard1 is a narrow spectrum ARE-ABCF that specifically mediates self-resistance against nucleoside antibiotics. The single-particle cryo-EM structure of a VmlR2-ribosome complex allows us to rationalise the resistance spectrum of this ARE-ABCF that is equipped with an unusually long antibiotic resistance determinant (ARD) subdomain. We show that CplR contributes to intrinsic pleuromutilin, lincosamide and streptogramin A resistance in Clostridioides, and demonstrate that C. difficile CplR (CDIF630_02847) synergises with the transposon-encoded 23S ribosomal RNA methyltransferase Erm to grant high levels of antibiotic resistance to the C. difficile 630 clinical isolate. Finally, assisted by uORF4u, our novel tool for detection of upstream open reading frames, we dissect the translational attenuation mechanism that controls the induction of cplR expression upon an antibiotic challenge. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16246.map.gz | 178.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16246-v30.xml emd-16246.xml | 73.8 KB 73.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16246_fsc.xml | 13.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16246.png | 125.2 KB | ||
マスクデータ | emd_16246_msk_1.map | 226.3 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-16246.cif.gz | 14.7 KB | ||
その他 | emd_16246_additional_1.map.gz emd_16246_half_map_1.map.gz emd_16246_half_map_2.map.gz | 44.1 MB 180 MB 180 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16246 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16246 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16246_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16246_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16246_validation.xml.gz | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16246_validation.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16246 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16246 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8buuMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16246.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 226.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Neobacillus subtilis VmlR2 in complex with 70S initiating ribosome from Bacillus subtilis. Unsharpened map from RELION 3D auto-refinement. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16246_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Neobacillus subtilis VmlR2 in complex with 70S initiating...
ファイル | emd_16246_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Neobacillus subtilis VmlR2 in complex with 70S initiating ribosome from Bacillus subtilis. Map sharpened with B factor determined by Guinier analysis. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Neobacillus subtilis VmlR2 in complex with 70S initiating...
ファイル | emd_16246_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Neobacillus subtilis VmlR2 in complex with 70S initiating ribosome from Bacillus subtilis. Half map from RELION 3D auto-refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Neobacillus subtilis VmlR2 in complex with 70S initiating...
ファイル | emd_16246_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Neobacillus subtilis VmlR2 in complex with 70S initiating ribosome from Bacillus subtilis. Half map from RELION 3D auto-refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 70S ribosome with VmlR2 bound in the E site, a distorted tRNA in ...
+超分子 #1: 70S ribosome with VmlR2 bound in the E site, a distorted tRNA in ...
+分子 #1: 23S rRNA
+分子 #2: 5S rRNA
+分子 #20: tRNA-fMet
+分子 #26: mRNA
+分子 #39: 16S rRNA
+分子 #3: 50S ribosomal protein L2
+分子 #4: 50S ribosomal protein L3
+分子 #5: 50S ribosomal protein L4
+分子 #6: 50S ribosomal protein L5
+分子 #7: 50S ribosomal protein L6
+分子 #8: 50S ribosomal protein L13
+分子 #9: 50S ribosomal protein L14
+分子 #10: 50S ribosomal protein L15
+分子 #11: 50S ribosomal protein L16
+分子 #12: 50S ribosomal protein L17
+分子 #13: 50S ribosomal protein L18
+分子 #14: 50S ribosomal protein L19
+分子 #15: 50S ribosomal protein L20
+分子 #16: 50S ribosomal protein L21
+分子 #17: 50S ribosomal protein L22
+分子 #18: 50S ribosomal protein L23
+分子 #19: 50S ribosomal protein L24
+分子 #21: 50S ribosomal protein L27
+分子 #22: 50S ribosomal protein L28
+分子 #23: 50S ribosomal protein L29
+分子 #24: 50S ribosomal protein L30
+分子 #25: 30S ribosomal protein S2
+分子 #27: 50S ribosomal protein L32
+分子 #28: 50S ribosomal protein L33 1
+分子 #29: 50S ribosomal protein L34
+分子 #30: 50S ribosomal protein L35
+分子 #31: 50S ribosomal protein L36
+分子 #32: 30S ribosomal protein S6
+分子 #33: 30S ribosomal protein S16
+分子 #34: 30S ribosomal protein S18
+分子 #35: 30S ribosomal protein S20
+分子 #36: 30S ribosomal protein S4
+分子 #37: 30S ribosomal protein S5
+分子 #38: 30S ribosomal protein S8
+分子 #40: 30S ribosomal protein S11
+分子 #41: 30S ribosomal protein S12
+分子 #42: 30S ribosomal protein S15
+分子 #43: 30S ribosomal protein S17
+分子 #44: 30S ribosomal protein S3
+分子 #45: 30S ribosomal protein S7
+分子 #46: 30S ribosomal protein S9
+分子 #47: 30S ribosomal protein S10
+分子 #48: 30S ribosomal protein S13
+分子 #49: 30S ribosomal protein S14
+分子 #50: 30S ribosomal protein S19
+分子 #51: ExpZ
+分子 #52: POTASSIUM ION
+分子 #53: MAGNESIUM ION
+分子 #54: ZINC ION
+分子 #55: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 28.25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 1.9000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 165000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL 当てはまり具合の基準: Map-model cross correlation and MolProbity score |
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得られたモデル | PDB-8buu: |