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- EMDB-16244: Single-stranded Paranemic Crossover RNA Triangle (PXT) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16244
タイトルSingle-stranded Paranemic Crossover RNA Triangle (PXT)
マップデータ
試料
  • 複合体: Enzymatically synthesized and isothermally folded single stranded RNA origami
    • RNA: RNA Paranemic croosover triangle (PXT)
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.39 Å
データ登録者Sampedro N / McRae EKS / Andersen ES
資金援助 デンマーク, 1件
OrganizationGrant number国
Danish Council for Independent Research31789 デンマーク
引用ジャーナル: Small / 年: 2023
タイトル: An RNA Paranemic Crossover Triangle as A 3D Module for Cotranscriptional Nanoassembly.
著者: Néstor Sampedro Vallina / Ewan K S McRae / Cody Geary / Ebbe Sloth Andersen /
要旨: RNA nanotechnology takes advantage of structural modularity to build self-assembling nano-architectures with applications in medicine and synthetic biology. The use of paranemic motifs, that form ...RNA nanotechnology takes advantage of structural modularity to build self-assembling nano-architectures with applications in medicine and synthetic biology. The use of paranemic motifs, that form without unfolding existing secondary structure, allows for the creation of RNA nanostructures that are compatible with cotranscriptional folding in vitro and in vivo. In previous work, kissing-loop (KL) motifs have been widely used to design RNA nanostructures that fold cotranscriptionally. However, the paranemic crossover (PX) motif has not yet been explored for cotranscriptional RNA origami architectures and information about the structural geometry of the motif is unknown. Here, a six base pair-wide paranemic RNA interaction that arranges double helices in a perpendicular manner is introduced, allowing for the generation of a new and versatile building block: the paranemic-crossover triangle (PXT). The PXT is self-assembled by cotranscriptional folding and characterized by cryogenic electron microscopy, revealing for the first time an RNA PX interaction in high structural detail. The PXT is used as a building block for the construction of multimers that form filaments and rings and a duplicated PXT motif is used as a building block to self-assemble cubic structures, demonstrating the PXT as a rigid self-folding domain for the development of wireframe RNA origami architectures.
履歴
登録2022年11月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月28日-
マップ公開2022年12月28日-
更新2023年4月5日-
現状2023年4月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16244.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16244.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.41 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.124
最小 - 最大-0.16785075 - 0.6370303
平均 (標準偏差)0.0028441949 (±0.027258769)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 180.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_16244_half_map_1.map
注釈Half_map_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_16244_half_map_2.map
注釈Half_map_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Enzymatically synthesized and isothermally folded single stranded...

全体名称: Enzymatically synthesized and isothermally folded single stranded RNA origami
要素
  • 複合体: Enzymatically synthesized and isothermally folded single stranded RNA origami
    • RNA: RNA Paranemic croosover triangle (PXT)

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超分子 #1: Enzymatically synthesized and isothermally folded single stranded...

超分子名称: Enzymatically synthesized and isothermally folded single stranded RNA origami
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: In vitro transcribed RNA purified by SEC.
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 76.38 kDa/nm

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分子 #1: RNA Paranemic croosover triangle (PXT)

分子名称: RNA Paranemic croosover triangle (PXT) / タイプ: rna / ID: 1 / 詳細: In vitro transcribed RNA / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 76.393867 KDa
配列文字列: GGAAUAUCGU CAUGGUGAUU CGUCACCAUG AGGCUAGAUC UCAUAUCUAG CGCUUUCGAG CGCUAGAGUC CUUAUCUAGC CGGUUUAUA CUUUCGAGUG UGAACCCGAU AUUCCGCGGA UCACUAUGAG UCGUUCGCGG CUCAUAGUCC GGCUCAAAGG A CAUCAUGG ...文字列:
GGAAUAUCGU CAUGGUGAUU CGUCACCAUG AGGCUAGAUC UCAUAUCUAG CGCUUUCGAG CGCUAGAGUC CUUAUCUAGC CGGUUUAUA CUUUCGAGUG UGAACCCGAU AUUCCGCGGA UCACUAUGAG UCGUUCGCGG CUCAUAGUCC GGCUCAAAGG A CAUCAUGG CCUGUUCGCA GGUUGUGAUU AUGAGUGAGC CGGGUAAGGC AUACCGUUCG CGGUAUGUCU UACGAUCCGC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMHEPES
5.0 mMMagnesium ChlorideMgCl2
50.0 mMPotassium ChlorideKCl

詳細: Filtered through 0.22 micron filter
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: 3 microliter droplet, 4 second delay before blotting, 6 second blot, 0 second delay before plunging..
詳細Sample was purified by size exclusion chromatography and concentrated in an Amicon spin concentrator.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 437831
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8btz:
Single-stranded Paranemic Crossover RNA Triangle (PXT)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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