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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16134 | ||||||||||||
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タイトル | Escherichia coli anaerobic fatty acid beta oxidation trifunctional enzyme (anEcTFE) octameric complex | ||||||||||||
マップデータ | AnEcTFE octamer | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | complex / heterooctamer / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fatty acid beta-oxidation, unsaturated, even number / fatty acid beta-oxidation multienzyme complex / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase activity / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / enoyl-CoA hydratase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity ...fatty acid beta-oxidation, unsaturated, even number / fatty acid beta-oxidation multienzyme complex / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase activity / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / enoyl-CoA hydratase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sah-Teli SK / Pinkas M / Novacek J / Venkatesan R | ||||||||||||
資金援助 | チェコ, フィンランド, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Structural basis for different membrane-binding properties of E. coli anaerobic and human mitochondrial β-oxidation trifunctional enzymes. 著者: Shiv K Sah-Teli / Matyas Pinkas / Mikko J Hynönen / Sarah J Butcher / Rik K Wierenga / Jiri Novacek / Rajaram Venkatesan / 要旨: Facultative anaerobic bacteria such as Escherichia coli have two αβ heterotetrameric trifunctional enzymes (TFE), catalyzing the last three steps of the β-oxidation cycle: soluble aerobic TFE ...Facultative anaerobic bacteria such as Escherichia coli have two αβ heterotetrameric trifunctional enzymes (TFE), catalyzing the last three steps of the β-oxidation cycle: soluble aerobic TFE (EcTFE) and membrane-associated anaerobic TFE (anEcTFE), closely related to the human mitochondrial TFE (HsTFE). The cryo-EM structure of anEcTFE and crystal structures of anEcTFE-α show that the overall assembly of anEcTFE and HsTFE is similar. However, their membrane-binding properties differ considerably. The shorter A5-H7 and H8 regions of anEcTFE-α result in weaker α-β as well as α-membrane interactions, respectively. The protruding H-H region of anEcTFE-β is therefore more critical for membrane-association. Mutational studies also show that this region is important for the stability of the anEcTFE-β dimer and anEcTFE heterotetramer. The fatty acyl tail binding tunnel of the anEcTFE-α hydratase domain, as in HsTFE-α, is wider than in EcTFE-α, accommodating longer fatty acyl tails, in good agreement with their respective substrate specificities. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16134.map.gz | 14.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16134-v30.xml emd-16134.xml | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16134_fsc.xml | 12.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16134.png | 76.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16134.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_16134_half_map_1.map.gz emd_16134_half_map_2.map.gz | 164.9 MB 164.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16134 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16134 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16134_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16134_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16134_validation.xml.gz | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16134_validation.cif.gz | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16134 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16134 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16134.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | AnEcTFE octamer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.828 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: AnEcTFE octamer half2 map
ファイル | emd_16134_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | AnEcTFE octamer half2 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: AnEcTFE octamer half1 map
ファイル | emd_16134_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | AnEcTFE octamer half1 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : anEcTFE octamer
全体 | 名称: anEcTFE octamer |
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要素 |
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-超分子 #1: anEcTFE octamer
超分子 | 名称: anEcTFE octamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: heterooctamer complex |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: 3-ketoacyl-CoA thiolase FadI
分子 | 名称: 3-ketoacyl-CoA thiolase FadI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: acetyl-CoA C-acyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 48.20207 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SQDPMGQVLP LVTRQGDRIA IVSGLRTPFA RQATAFHGIP AVDLGKMVVG ELLARSEIPA EVIEQLVFGQ VVQMPEAPN IAREIVLGTG MNVHTDAYSV SRACATSFQA VANVAESLMA GTIRAGIAGG ADSSSVLPIG VSKKLARVLV D VNKARTMS ...文字列: MGSSHHHHHH SQDPMGQVLP LVTRQGDRIA IVSGLRTPFA RQATAFHGIP AVDLGKMVVG ELLARSEIPA EVIEQLVFGQ VVQMPEAPN IAREIVLGTG MNVHTDAYSV SRACATSFQA VANVAESLMA GTIRAGIAGG ADSSSVLPIG VSKKLARVLV D VNKARTMS QRLKLFSRLR LRDLMPVPPA VAEYSTGLRM GDTAEQMAKT YGITREQQDA LAHRSHQRAA QAWSDGKLKE EV MTAFIPP YKQPLVEDNN IRGNSSLADY AKLRPAFDRK HGTVTAANST PLTDGAAAVI LMTESRAKEL GLVPLGYLRS YAF TAIDVW QDMLLGPAWS TPLALERAGL TMSDLTLIDM HEAFAAQTLA NIQLLGSERF AREALGRAHA TGEVDDSKFN VLGG SIAYG HPFAATGARM ITQTLHELRR RGGGFGLVTA CAAGGLGAAM VLEAE UniProtKB: 3-ketoacyl-CoA thiolase FadI |
-分子 #2: Fatty acid oxidation complex subunit alpha
分子 | 名称: Fatty acid oxidation complex subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: enoyl-CoA hydratase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 77.169125 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MEMTSAFTLN VRLDNIAVIT IDVPGEKMNT LKAEFASQVR AIIKQLRENK ELRGVVFVSA KPDNFIAGAD INMIGNCKTA QEAEALARQ GQQLMAEIHA LPIQVIAAIH GACLGGGLEL ALACHGRVCT DDPKTVLGLP EVQLGLLPGS GGTQRLPRLI G VSTALEMI ...文字列: MEMTSAFTLN VRLDNIAVIT IDVPGEKMNT LKAEFASQVR AIIKQLRENK ELRGVVFVSA KPDNFIAGAD INMIGNCKTA QEAEALARQ GQQLMAEIHA LPIQVIAAIH GACLGGGLEL ALACHGRVCT DDPKTVLGLP EVQLGLLPGS GGTQRLPRLI G VSTALEMI LTGKQLRAKQ ALKLGLVDDV VPHSILLEAA VELAKKERPS SRPLPVRERI LAGPLGRALL FKMVGKKTEH KT QGNYPAT ERILEVVETG LAQGTSSGYD AEARAFGELA MTPQSQALRS IFFASTDVKK DPGSDAPPAP LNSVGILGGG LMG GGIAYV TACKAGIPVR IKDINPQGIN HALKYSWDQL EGKVRRRHLK ASERDKQLAL ISGTTDYRGF AHRDLIIEAV FENL ELKQQ MVAEVEQNCA AHTIFASNTS SLPIGDIAAH ATRPEQVIGL HFFSPVEKMP LVEIIPHAGT SAQTIATTVK LAKKQ GKTP IVVRDKAGFY VNRILAPYIN EAIRMLTQGE RVEHIDAALV KFGFPVGPIQ LLDEVGIDTG TKIIPVLEAA YGERFS APA NVVSSILNDD RKGRKNGRGF YLYGQKGRKS KKQVDPAIYP LIGTQGQGRI SAPQVAERCV MLMLNEAVRC VDEQVIR SV RDGDIGAVFG IGFPPFLGGP FRYIDSLGAG EVVAIMQRLA TQYGSRFTPC ERLVEMGARG ESFWKTTATD LQ UniProtKB: Fatty acid oxidation complex subunit alpha |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 50 mM Tris, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 2.5 mM DTT, 0.0033% amphipol A8-35, pH 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL 当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-8bnr: |