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- EMDB-16017: Molecular view of ER membrane remodeling by the Sec61/TRAP translocon. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16017
タイトルMolecular view of ER membrane remodeling by the Sec61/TRAP translocon.
マップデータ
試料
  • 複合体: Mammlian Ribosome Sec61 TRAP complex
    • タンパク質・ペプチド: x 16種
    • RNA: x 2種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
キーワードMembrane protein / protein translocation / protein biogenesis. / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Ssh1 translocon complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / post-translational protein targeting to membrane, translocation / protein transmembrane transporter activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding ...Ssh1 translocon complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / post-translational protein targeting to membrane, translocation / protein transmembrane transporter activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translocon-associated protein beta (TRAPB) / Translocon-associated / Translocon-associated protein subunit beta / Translocon-associated protein subunit gamma / Translocon-associated protein, delta subunit precursor (TRAP-delta) / Translocon-associated protein, gamma subunit (TRAP-gamma) / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Protein secE/sec61-gamma signature. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex ...Translocon-associated protein beta (TRAPB) / Translocon-associated / Translocon-associated protein subunit beta / Translocon-associated protein subunit gamma / Translocon-associated protein, delta subunit precursor (TRAP-delta) / Translocon-associated protein, gamma subunit (TRAP-gamma) / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Protein secE/sec61-gamma signature. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / 60S ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L37e signature. / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L37ae/L37e / Ribosomal protein L26/L24, eukaryotic/archaeal / Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L22p/L17e / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / Zinc-binding ribosomal protein / KOW motif / KOW / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / Translocon-associated protein subunit gamma / Ribosomal protein L37 / Translocon-associated protein subunit beta / Translocon-associated protein subunit delta / Ribosomal protein L19 ...Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / Translocon-associated protein subunit gamma / Ribosomal protein L37 / Translocon-associated protein subunit beta / Translocon-associated protein subunit delta / Ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein uL22
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Karki S / Javanainen M / Tranter D / Rehan S / Huiskonen J / Happonen L / Paavilainen V
資金援助 フィンランド, 2件
OrganizationGrant number国
Academy of Finland338836 フィンランド
Jane and Aatos Erkko Foundation フィンランド
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2023
タイトル: Molecular view of ER membrane remodeling by the Sec61/TRAP translocon.
著者: Sudeep Karki / Matti Javanainen / Shahid Rehan / Dale Tranter / Juho Kellosalo / Juha T Huiskonen / Lotta Happonen / Ville Paavilainen /
要旨: Protein translocation across the endoplasmic reticulum (ER) membrane is an essential step during protein entry into the secretory pathway. The conserved Sec61 protein-conducting channel facilitates ...Protein translocation across the endoplasmic reticulum (ER) membrane is an essential step during protein entry into the secretory pathway. The conserved Sec61 protein-conducting channel facilitates polypeptide translocation and coordinates cotranslational polypeptide-processing events. In cells, the majority of Sec61 is stably associated with a heterotetrameric membrane protein complex, the translocon-associated protein complex (TRAP), yet the mechanism by which TRAP assists in polypeptide translocation remains unknown. Here, we present the structure of the core Sec61/TRAP complex bound to a mammalian ribosome by cryogenic electron microscopy (cryo-EM). Ribosome interactions anchor the Sec61/TRAP complex in a conformation that renders the ER membrane locally thinner by significantly curving its lumenal leaflet. We propose that TRAP stabilizes the ribosome exit tunnel to assist nascent polypeptide insertion through Sec61 and provides a ratcheting mechanism into the ER lumen mediated by direct polypeptide interactions.
履歴
登録2022年10月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2023年12月20日-
現状2023年12月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16017.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16017.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 800 pix.
= 664. Å		0.83 Å/pix.
x 800 pix.
= 664. Å		0.83 Å/pix.
x 800 pix.
= 664. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00275
最小 - 最大-1.5345773 - 3.3123946
平均 (標準偏差)0.0023221828 (±0.046807267)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ800800800
Spacing800800800
セルA=B=C: 664.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16017_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_16017_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mammlian Ribosome Sec61 TRAP complex

全体名称: Mammlian Ribosome Sec61 TRAP complex
要素
  • 複合体: Mammlian Ribosome Sec61 TRAP complex
    • タンパク質・ペプチド: Translocon-associated protein subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Translocon-associated protein subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Translocon-associated protein subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Translocon-associated protein subunit gamma
    • RNA: RNA (1766)
    • RNA: RNA (156-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL22
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: RL22 protein (Fragment)
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L23/L25 N-terminal domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: RL26 protein (Fragment)
    • タンパク質・ペプチド: Sec61b
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL31
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein Sec61 subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL29
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L37
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL38
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L39
  • タンパク質・ペプチド: Sec61a

+
超分子 #1: Mammlian Ribosome Sec61 TRAP complex

超分子名称: Mammlian Ribosome Sec61 TRAP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3-#6, #1-#2, #7-#11, #13-#19 / 詳細: Mammlian ribosome-Sec61 TRAP complex
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 3.2 MDa

+
分子 #1: RNA (1766)

分子名称: RNA (1766) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 1.1865795 MDa
配列文字列: CGCGACCUCA GAUCAGACGU GGCGACCCGC UGAAUUUAAG CAUAUUAGUC AGCGGAGGAG AAGAAACUAA CCAGGAUUCC CUCAGUAAC GGCGAGUGAA CAGGGAAGAG CCCAGCGCCG AAUCCCCGCC CCGCGGCGGG GCGCGGGACA UGUGGCGUAC G GAAGACCC ...文字列:
CGCGACCUCA GAUCAGACGU GGCGACCCGC UGAAUUUAAG CAUAUUAGUC AGCGGAGGAG AAGAAACUAA CCAGGAUUCC CUCAGUAAC GGCGAGUGAA CAGGGAAGAG CCCAGCGCCG AAUCCCCGCC CCGCGGCGGG GCGCGGGACA UGUGGCGUAC G GAAGACCC GCUCCCCGGC GCCGCUCGUG GGGGGCCCAA GUCCUUCUGA UCGAGGCCCA GCCCGUGGAC GGUGUGAGGC CG GUAGCGG CCCCCGGCGC GCCGGGCCCG GGUCUUCCCG GAGUCGGGUU GCUUGGGAAU GCAGCCCAAA GCGGGUGGUA AAC UCCAUC UAAGGCUAAA UACCGGCACG AGACCGAUAG UCAACAAGUA CCGUAAGGGA AAGUUGAAAA GAACUUUGAA GAGA GAGUU CAAGAGGGCG UGAAACCGUU AAGAGGUAAA CGGGUGGGGU CCGCGCAGUC CGCCCGGAGG AUUCAACCCG GCGGC GGGU CCGGCCGUGU CGGCGGCCCG GCGGAUCUUU CCCGCGCGGG GGACCGUCCC CCGACCGGCG ACCGGCCGCC GCCGGG CGC AUUUCCACCG CGGCGGUGCG CCGCGACCGG CUCCGGGACG GCUGGGAAGG CCCGGCGGGG AAGGUGGCUC GGCCGAG UG UUACAGCCCC CCCGGCAGCA GCACUCGCCG AAUCCCGGGG CCGAGGGAGC GAGACCCGUC GCCGCGCUCU CCCCCCUC C CGGCGCCGCC GGGGGGGGCC GGGCCACCCC UCCCACGGCG CGACCGCUCG GGGCGGACUG UCCCCAGUGC GCCCCGGGC GGGUCGCGCC GUCGGGCCCG GGGGAGGGGC CACGCGCGCG UCCCCCGAAG AGGGGGACGG CGGAGCGAGC GCACGGGGUC GGCGGCGAC GUCGGCUACC CACCCGACCC GUCUUGAAAC ACGGACCAAG GAGUCUAACA CGUGCGCGAG UCGGGGGCUC G CACGAAAG CCGCCGUGGC GCAAUGAAGG UGAAGGCCGG CGCGCUCGCC GGCCGAGGUG GGAUCCCGAG GCCUCUCCAG UC CGCCGAG GGCGCACCAC CGGCCCGUCU CGCCCGCCGC GCCGGGGAGG UGGAGCACGA GCGCACGUGU UAGGACCCGA AAG AUGGUG AACUAUGCCU GGGCAGGGCG AAGCCAGAGG AAACUCUGGU GGAGGUCCGU AGCGGUCCUG ACGUGCAAAU CGGU CGUCC GACCUGGGUA UAGGGGCGAA AGACUAAUCG AACCAUCUAG UAGCUGGUUC CCUCCGAAGU UUCCCUCAGG AUAGC UGGC GCUCUCGCAC ACGCAGUUUU AUCCGGUAAA GCGAAUGAUU AGAGGUCUUG GGGCCGAAAC GAUCUCAACC UAUUCU CAA ACUUUAAAUG GGUAAGAAGC CCGGCUCGCU GGCGUGAGCC GGGCGUGGAA UGGAGUGCCU AGUGGGCCAC UUUUGGU AA GCAGAACUGG CGCUGCGGGA UGAACCGAAC GCCGGGUUAA GGCGCCCGAU GCCGACGCUC AUCAGACCCC AGAAAAGG U GUUGGUUGAU AUAGACAGCA GGACGGUGGC CAUGGAAGUC GGAAUCCGCU AAGGAGUGUG UAACAACUCA CCUGCCGAA UCAACUAGCC CUGAAAAUGG AUGGCGCUGG AGCGUCGGGC CCAUACCCGG CCGUCGCCGG CAGUCGAGAG UGGACGGGAG CGGCGGGGG CGGCGCGCGC GCGCGCCCGC CCCCGGAGCC CCGCGGACGC UACGCCGCGA CGAGUAGGAG GGCCGCUGCG G UGAGCCUU GAAGCCUAGG GCGCGGGCCC GGGUGGAGCC GCCGCAGGUG CAGAUCUUGG UGGUAGUAGC AAAUAUUCAA AC GAGAACU UUGAAGGCCG AAGUGGAGAA GGGUUCCAUG UGAACAGCAG UUGAACAUGG GUCAGUCGGU CCUGAGAGAU GGG CGAGCG CCGUUCCGAA GGGACGGGCG AUGGCCUCCG UUGCCCUCGG CCGAUCGAAA GGGAGUCGGG UUCAGAUCCC CGAA UCCGG AGUGGCGGAG AUGGGCGCCG CGAGGCGUCC AGUGCGGUAA CGCGACCGAU CCCGGAGAAG CCGGCGGGAG CCCCG GGGA GAGUUCUCUU UUCUUUGUGA AGGGCAGGGC GCCCUGGAAU GGGUUCGCCC CGAGAGAGGG GCCCGUGCCU UGGAAA GCG UCGCGGUUCC GGCGGCGUCC GGUGAGCUCU CGCUGGCCCU UGAAAAUCCG GGGGAGAGGG UGUAAAUCUC GCGCCGG GC CGUACCCAUA UCCGCAGCAG GUCUCCAAGG UGAACAGCCU CUGGCAUGUU GGAACAAUGU AGGUAAGGGA AGUCGGCA A GCCGGAUCCG UAACUUCGGG AUAAGGAUUG GCUCUAAGGG CUGGGUCGGU CGUCGGCCGG CGCCUAGCAG CCGACUUAG AACUGGUGCG GACCAGGGGA AUCCGACUGU UUAAUUAAAA CAAAGCAUCG CGAAGGCCCG CGGCGGGUGU UGACGCGAUG UGAUUUCUG CCCAGUGCUC UGAAUGUCAA AGUGAAGAAA UUCAAUGAAG CGCGGGUAAA CGGCGGGAGU AACUAUGACU C UCUUAAGG UAGCCAAAUG CCUCGUCAUC UAAUUAGUGA CGCGCAUGAA UGGAUGAACG AGAUUCCCAC UGUCCCUACC UA CUAUCCA GCGAAACCAC AGCCAAGGGA ACGGGCUUGG CGGAAUCAGC GGGGAAAGAA GACCCUGUUG AGCUUGACUC UAG UCUGGC ACGGUGAAGA GACAUGUUUU UUCACUGACC CGGUGAGGCG GGGGGGCGAG CCCCGAGGGG CUCUCGCUUC UGGC GCCAA GCGCCCGGCC GCGCGCCGGC CGGGCGCGAC CCGCUCCGGG GACAGUGCCA GGUGGGGAGU UUGACUGGGG CGGUA CACC UGUCAAACGG UAACGCAGGU GUCCUAAGGC GAGCUCAGGG AGGACAGAAA CCUCCCGUGG AGCAGAAGGG CAAAAG CUC GCUUGAUCUU GAUUUUCAGU ACGAAUACAG ACCGUGAAAG CGGGGCCUCA CGAUCCUUCU GACCUUUUGG GUUUUAA GC AGGAGGUGUC AGAAAAGUUA CCACAGGGAU AACUGGCUUG UGGCGGCCAA GCGUUCAUAG CGACGUCGCU UUUUGAUC C UUCGAUGUCG GCUCUUCCUA UCAUUGUGAA GCAGAAUUCA CCAAGCGUUG GAUUGUUCAC CCACUAAUAG GGAACGUGA GCUGGGUUUA GACCGUCGUG AGACAGGUUA GUUUUACCCU ACUGAUGAUG UGUUGUUGCC AUGGUAAUCC UGCUCAGUAC GAGAGGAAC CGCAGGUUCA GACAUUUGGU GUAUGUGCUU GGCUGAGGAG CCAAUGGGGC GAAGCUACCA UCUGUGGGAU U AUGACUGA ACGCCUCUAA GUCAGAAUCC CGCCCAGGCG GAACGAUACG GCAGCGCCGC GGAGCCUCGG UUGGCCUCGG AU AGCCGGU CCCCCGCGGG GUCCGGUGCG GAGUGCCCUU CGUCCUGGGA AACGGGGCGC GGCCGGAGAG GCGGCCGCCC CCU CGCCCG UCACGCACGC CGUUCGUGGG GAACCUGGCG CUAAACCAUU CGUAGACGAC CUGCUUCUGG GUCGGGGUUU CGUA CGUAG CAGAGCAGCU CCCUCGCUGC GAUCUAUUGA AAGUCAGCCC UCGACACAAG GGUUUGU

+
分子 #2: RNA (156-MER)

分子名称: RNA (156-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 50.143648 KDa
配列文字列:
CGACUCUUAG CGGUGGAUCA CUCGGCUCGU GCGUCGAUGA AGAACGCAGC UAGCUGCGAG AAUUAAUGUG AAUUGCAGGA CACAUUGAU CAUCGACACU UCGAACGCAC UUGCGGCCCC GGGUUCCUCC CGGGGCUACG CCUGUCUGAG CGUCGCU

+
分子 #3: Translocon-associated protein subunit alpha

分子名称: Translocon-associated protein subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 39.38143 KDa
配列文字列: MRSLRRLLLL LLLVFPATLL LRGSPGGSLA VAQDLTEDEE TVEDSIIEDE DDEAEVEEDE PTDLAEDKEE DGVSGEPEAS PSADTTILF VKGEDFPANN IVKFLVGFTN KGTEDFIVES LDASFRYPQD YQFYIQNFTA LPLNTVVPPQ RQATFEYSFI P AEPMGGRP ...文字列:
MRSLRRLLLL LLLVFPATLL LRGSPGGSLA VAQDLTEDEE TVEDSIIEDE DDEAEVEEDE PTDLAEDKEE DGVSGEPEAS PSADTTILF VKGEDFPANN IVKFLVGFTN KGTEDFIVES LDASFRYPQD YQFYIQNFTA LPLNTVVPPQ RQATFEYSFI P AEPMGGRP FGLVINLNYK DLNGNVFQDA VFNQTVTIIE REDGLDGETI FMYMFLAGLG LLVVVGLHQL LESRKRKRPI QK VEMGTSS QNDVDMSWIP QETLNQIMQS RRVVSGLLKK HYKSSMTSFF KVKTFTSPAG STSPTLHELL VFTCYSRQFL HSH CCTPAA PMSVFTDGSC GTRFCSLSSR ALGVCLW

+
分子 #4: Translocon-associated protein subunit beta

分子名称: Translocon-associated protein subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 20.478418 KDa
配列文字列:
MCTMRLLAFA VLALFAVTQA EEGARLLASK SLLNRYAVEG RDLTLQYNIY NVGSSAALDV ELSDDSFPPE DFGIVSGMLN VKWDRIAPA SNVSHTVVLR PLKAGYFNFT SATVTYLAQE DGPVVIGFTS APGQGGILAQ REFDRRFSPH FLDWAAFGVM T LPSIGVPL LLWYSSKRKY DTPKTKKN

UniProtKB: Translocon-associated protein subunit beta

+
分子 #5: Translocon-associated protein subunit delta

分子名称: Translocon-associated protein subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 18.901377 KDa
配列文字列:
MAALASLGAL ALLLLSGLSC CSAEACVEPQ ITPSYYTTSD AVISTETVFI VEISLTCKNR VQNMALYADV SGKQFPVTRG QDVGRYQVS WSLDHKSAHA GTYEVRFFDE ESYSLLRKAQ RNNEDVSVIP PLFTVSVDHR GTWNGPWVST EVLAAAIGLV I YYLAFSAK SHIQA

UniProtKB: Translocon-associated protein subunit delta

+
分子 #6: Translocon-associated protein subunit gamma

分子名称: Translocon-associated protein subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 21.100504 KDa
配列文字列:
MAPKGGPKQQ SEEDLLLQDF SRNLSAKSSA LFFGNAFIVS AIPIWLYWRI WHMDLIQSAV LYSVMTLVST YLVAFAYKNV KFVLKHKVA QKREDAVSKE VTRKLSEADN RKMSRKEKDE RILWKKNEVA DYEATTFSIF YNNTLFLVLV IVASFFILKN F NPTVNYIL SISASSGLIA LLSTGSK

UniProtKB: Translocon-associated protein subunit gamma

+
分子 #7: Large ribosomal subunit protein uL22

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 21.414129 KDa
配列文字列:
MVRYSLDPEN PTKSCKSRGS NLRVHFKNTR ETAQAIKGMH IRKATKYLKD VTLKKQCVPF RRYNGGVGRC AQAKQWGWTQ GRWPKKSAE FLLHMLKNAE SNAELKGLDV DSLVIEHIQV NKAPKMRRRT YRAHGRINPY MSSPCHIEMI LTEKEQIVPK P EEEVAQKK KISQKKLKKQ KLTARE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #8: Ribosomal protein L19

分子名称: Ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 23.535281 KDa
配列文字列: MSMLRLQKRL ASSVLRCGKK KVWLDPNETN EIANANSRQQ IRKLIKDGLI IRKPVTVHSR ARCRKNTLAR RKGRHMGIGK RKGTANARM PEKVTWMRRM RILRRLLRRY RESKKIDRHM YHSLYLKVKG NVFKNKRILM EHIHKLKADK ARKKLLADQA E ARRSKTKE ...文字列:
MSMLRLQKRL ASSVLRCGKK KVWLDPNETN EIANANSRQQ IRKLIKDGLI IRKPVTVHSR ARCRKNTLAR RKGRHMGIGK RKGTANARM PEKVTWMRRM RILRRLLRRY RESKKIDRHM YHSLYLKVKG NVFKNKRILM EHIHKLKADK ARKKLLADQA E ARRSKTKE ARKRREERLQ AKKEEIIKTL SKEEETKK

UniProtKB: Ribosomal protein L19

+
分子 #9: RL22 protein (Fragment)

分子名称: RL22 protein (Fragment) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 14.784962 KDa
配列文字列:
MAPVKKLVAK GGKKKKQVLK FTLDCTHPVE DGIMDAANFE QFLQERIKVN GKAGNLGGGV VTIERSKSKI TVTSEVPFSK RYLKYLTKK YLKKNNLRDW LRVVANSKES YELRYFQINQ DEEEEEDED

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL22

+
分子 #10: Ribosomal protein L23/L25 N-terminal domain-containing protein

分子名称: Ribosomal protein L23/L25 N-terminal domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 17.740193 KDa
配列文字列:
MAPKAKKEAP APPKAEAKAK ALKAKKAVLK GVHSHKKKKI RTSPTFRRPK TLRLRRQPKY PRKSAPRRNK LDHYAIIKFP LTTESAMKK IEDNNTLVFI VDVKANKHQI KQAVKKLYDI DVAKVNTLIR PDGEKKAYVR LAPDYDALDV ANKIGII

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #11: RL26 protein (Fragment)

分子名称: RL26 protein (Fragment) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 15.891787 KDa
配列文字列:
MKFNPFVTSD RSKNRKRHFN APSHIRRKIM SSPLSKELRQ KYNVRSMPIR KDDEVQVVRG HYKGQQIGKV VQVYRKKYVI YIERVQREK ANGTTVHVGI HPSKVVITRL KLDKDRKKIL ERKAKSRQVG KEKGK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #12: Sec61a

分子名称: Sec61a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 52.034062 KDa
配列文字列: MGIKFLEVIK PFCVILPEIQ KPERKIQFKE KVLWTAITLF IFLVCCQIPL FGIMSSDSAD PYWMRVILAS NRGTLMALGI SPIVTSGLI MQLLAGAKII EVGDTPKDRA LFNGAQKLFG MTITIGQSIV YVMTGMYGDP SEMGAGVCLL ITIQLFVAGL I VLLLDELL ...文字列:
MGIKFLEVIK PFCVILPEIQ KPERKIQFKE KVLWTAITLF IFLVCCQIPL FGIMSSDSAD PYWMRVILAS NRGTLMALGI SPIVTSGLI MQLLAGAKII EVGDTPKDRA LFNGAQKLFG MTITIGQSIV YVMTGMYGDP SEMGAGVCLL ITIQLFVAGL I VLLLDELL QKGYGLGSGI SLFIATNICE TIVWKAFSPT TVNTGRGMEF EGAIIALFHL LATRTDKVRA LREAFYRQNL PN LMNLIAT IFVFAVVIYF QGFRVDLPIK SARYRGQYNT YPIKLFYTSN IPIILQSALV SNLYVISQML SARFSGNLLV SLL GTWSDT SSGGPARAYP VGGLCHYLSP PESFGSVLED PVHAVVYIVF MLGSCAFFSK TWIEVSGSSA KDVAKQLKEQ QMVM RGHRE TSMVHELNRY IPTAAAFGGL CIGALSVLAD FLGAIGSGTG ILLAVTIIYQ YFEIFVKEQS EVGSMGALLF

+
分子 #13: Sec61b

分子名称: Sec61b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 2.486056 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #14: Large ribosomal subunit protein eL31

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 14.494938 KDa
配列文字列:
MAPAKKGGEK KKGRSAINEV VTREYTINIH KRIHGVGFKK RAPRALKEIR KFAMKEMGTP DVRIDTRLNK AVWAKGIRNV PYRIRVRLS RKRNEDEDSP NKLYTLVTYV PVTTFKNLQT VNVDEN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL31

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分子 #15: Protein transport protein Sec61 subunit gamma

分子名称: Protein transport protein Sec61 subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 9.352173 KDa
配列文字列:
MEDGDIMDQV MQFVEPSRQF VKDSIRLVKR CTKPDRKEFQ KIAMATAIGF AIMGFIGFFV KLIHIPINNI IVYLLNFSGK K

UniProtKB: Protein transport protein Sec61 subunit gamma

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分子 #16: Large ribosomal subunit protein uL29

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 14.591649 KDa
配列文字列:
MAKIKARDLR GKKKEELLKQ LEDLKVELSQ LRVAKVTGGA ASKLSKIRVV RKSIARVLTV INQTQKENLR KFYKGKKYKP LDLRPKKTR AMRRRLNKHE ENLKTKKQQR KERLYPLRKF AVKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

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分子 #17: Ribosomal protein L37

分子名称: Ribosomal protein L37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 11.111032 KDa
配列文字列:
MTKGTSSFGK RRNKTHTLCR RCGSKAYHLQ KSTCGKCGYP AKRKRKYNWS AKAKRRNTTG TGRMRHLKIV YRRFRHGFRE GTTPKPKRA AVAASSSS

UniProtKB: Ribosomal protein L37

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分子 #18: Large ribosomal subunit protein eL38

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 8.238948 KDa
配列文字列:
MPRKIEEIKD FLLTARRKDA KSVKIKKNKD NVKFKVRCSR YLYTLVITDK EKAEKLKQSL PPGLAVKELK

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分子 #19: 60S ribosomal protein L39

分子名称: 60S ribosomal protein L39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 6.426759 KDa
配列文字列:
MSSHKTFRIK RFLAKKQKQN RPIPQWIRMK TGNKIRYNSK RRHWRRTKLG L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMHepesHepes
300.0 mMKoAcPotassium acetate
10.0 mMMgAcMagnesium acetate
1.0 mMDDTDithiothritol
0.003 percentLMNGLauryl maltose neopentyl glycol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA PLUNGER
詳細Purified Ribosome Sec61/TRAP complex

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 30294 / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1098031
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 61177
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-8bf9:
Molecular view of ER membrane remodeling by the Sec61/TRAP translocon.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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