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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Photosystem I assembly intermediate of Avena sativa | ||||||||||||
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![]() | PSI structure / assembly intermediate / Monocotyledons / etiolation / PHOTOSYNTHESIS | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.11 Å | ||||||||||||
![]() | Naschberger A / Amunts A / Nelson N | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Photosystem I assembly intermediate of Avena sativa 著者: Naschberger A / Amunts A / Nelson N | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 148.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24.1 KB 24.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 80.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 244.1 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 195.6 MB 195.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 866.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 865.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8bcwMC ![]() 8bcvC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15970_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15970_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Assembly Intermediate of PSI from Avena sativa
+超分子 #1: Assembly Intermediate of PSI from Avena sativa
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic
+分子 #6: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic
+分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #8: PSI subunit V
+分子 #9: CHLOROPHYLL A ISOMER
+分子 #10: CHLOROPHYLL A
+分子 #11: PHYLLOQUINONE
+分子 #12: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #13: BETA-CAROTENE
+分子 #14: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #15: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
+分子 #16: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #17: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
+分子 #18: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 51.346 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |