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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15969 | ||||||||||||
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タイトル | Photosystem I assembly intermediate of Avena sativa | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | PSI structure / assembly intermediate / Monocotyledons / etiolation / PHOTOSYNTHESIS | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthesis, light harvesting / thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis ...photosynthesis, light harvesting / thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Avena sativa (エンバク) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Naschberger A / Amunts A / Nelson N | ||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, イスラエル, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Photosystem I assembly intermediate of Avena sativa 著者: Naschberger A / Amunts A / Nelson N | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15969.map.gz | 270.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15969-v30.xml emd-15969.xml | 32.7 KB 32.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15969_fsc.xml | 17.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15969.png | 123.1 KB | ||
マスクデータ | emd_15969_msk_1.map | 476.8 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-15969.cif.gz | 9 KB | ||
その他 | emd_15969_half_map_1.map.gz emd_15969_half_map_2.map.gz | 384.4 MB 384.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15969 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15969 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15969_validation.pdf.gz | 904.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15969_full_validation.pdf.gz | 904 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15969_validation.xml.gz | 24.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15969_validation.cif.gz | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15969 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15969 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8bcvMC 8bcwC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15969.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15969_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15969_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15969_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Assembly Intermediate of PSI from Avena sativa
+超分子 #1: Assembly Intermediate of PSI from Avena sativa
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV
+分子 #6: Photosystem I reaction center subunit VI
+分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit XI
+分子 #9: Photosystem I reaction center subunit III
+分子 #10: Photosystem I reaction center subunit V
+分子 #11: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #12: Photosystem I reaction center subunit X
+分子 #13: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
+分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic
+分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
+分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic
+分子 #17: CHLOROPHYLL A ISOMER
+分子 #18: CHLOROPHYLL A
+分子 #19: PHYLLOQUINONE
+分子 #20: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #21: BETA-CAROTENE
+分子 #22: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #23: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #24: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
+分子 #25: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
+分子 #26: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
+分子 #27: CHLOROPHYLL B
+分子 #28: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...
+分子 #29: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},...
+分子 #30: Antheraxanthin
+分子 #31: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 51.346 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |