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- EMDB-15960: Ligand-Free Structure of the decameric sulfofructose transaldolas... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15960
タイトルLigand-Free Structure of the decameric sulfofructose transaldolase BmSF-TAL
マップデータ
試料
  • 細胞: Decameric complex of BmSF-TAL in a ligand-free state.
    • タンパク質・ペプチド: Transaldolase
  • リガンド: water
キーワードtransaldolase / cryo-EM / decamer / sulfofructose / TRANSFERASE
機能・相同性6-deoxy-6-sulfo-D-fructose transaldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase, archaeal/bacterial / transaldolase activity / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / aldehyde-lyase activity / Aldolase-type TIM barrel / carbohydrate metabolic process / 6-deoxy-6-sulfo-D-fructose transaldolase
機能・相同性情報
生物種Priestia megaterium DSM 319 (バクテリア) / Bacillus aryabhattai (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Snow AJD / Sharma M / Blaza J / Davies GJ
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Leverhulme TrustRPG-2017-190 英国
Wellcome Trust206161/Z/17/Z 英国
UK Research and Innovation (UKRI)MR/T040742/1 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structure and mechanism of sulfofructose transaldolase, a key enzyme in sulfoquinovose metabolism.
著者: Alexander J D Snow / Mahima Sharma / Palika Abayakoon / Spencer J Williams / James N Blaza / Gideon J Davies /
要旨: Sulfoquinovose (SQ) is a key component of plant sulfolipids (sulfoquinovosyl diacylglycerols) and a major environmental reservoir of biological sulfur. Breakdown of SQ is achieved by bacteria through ...Sulfoquinovose (SQ) is a key component of plant sulfolipids (sulfoquinovosyl diacylglycerols) and a major environmental reservoir of biological sulfur. Breakdown of SQ is achieved by bacteria through the pathways of sulfoglycolysis. The sulfoglycolytic sulfofructose transaldolase (sulfo-SFT) pathway is used by gut-resident firmicutes and soil saprophytes. After isomerization of SQ to sulfofructose (SF), the namesake enzyme catalyzes the transaldol reaction of SF transferring dihydroxyacetone to 3C/4C acceptors to give sulfolactaldehyde and fructose-6-phosphate or sedoheptulose-7-phosphate. We report the 3D cryo-EM structure of SF transaldolase from Bacillus megaterium in apo and ligand bound forms, revealing a decameric structure formed from two pentameric rings of the protomer. We demonstrate a covalent "Schiff base" intermediate formed by reaction of SF with Lys89 within a conserved Asp-Lys-Glu catalytic triad and defined by an Arg-Trp-Arg sulfonate recognition triad. The structural characterization of the signature enzyme of the sulfo-SFT pathway provides key insights into molecular recognition of the sulfonate group of sulfosugars.
履歴
登録2022年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月18日-
マップ公開2023年1月18日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15960.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15960.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0304
最小 - 最大-0.07312639 - 0.12796505
平均 (標準偏差)0.00012992723 (±0.0030385277)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 302.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15960_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15960_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15960_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Decameric complex of BmSF-TAL in a ligand-free state.

全体名称: Decameric complex of BmSF-TAL in a ligand-free state.
要素
  • 細胞: Decameric complex of BmSF-TAL in a ligand-free state.
    • タンパク質・ペプチド: Transaldolase
  • リガンド: water

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超分子 #1: Decameric complex of BmSF-TAL in a ligand-free state.

超分子名称: Decameric complex of BmSF-TAL in a ligand-free state.
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Priestia megaterium DSM 319 (バクテリア)

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分子 #1: Transaldolase

分子名称: Transaldolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO / EC番号: transaldolase
由来(天然)生物種: Bacillus aryabhattai (バクテリア)
分子量理論値: 24.443545 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKYFLDSAIL EEIRYAYENW AIDGVTTNPR HIMNSGKPFL TVLDEFASEF KGVENFPISV EINPHLDNAK DMVEEGTKIA KLSSNFVIK IPCTEPGLIA AKEFEKQGIS TNVTLVFSPS QALQPARIGA KFVSPFVGWK ENSGDDTTYI QDIVNIYKNY N YNTEIIVA ...文字列:
MKYFLDSAIL EEIRYAYENW AIDGVTTNPR HIMNSGKPFL TVLDEFASEF KGVENFPISV EINPHLDNAK DMVEEGTKIA KLSSNFVIK IPCTEPGLIA AKEFEKQGIS TNVTLVFSPS QALQPARIGA KFVSPFVGWK ENSGDDTTYI QDIVNIYKNY N YNTEIIVA ALRNGKQIVD AAKAGAHIVT CGFDVYKESF QHAFTDYGLN KFRNAWDNTV

UniProtKB: 6-deoxy-6-sulfo-D-fructose transaldolase

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 460 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3TRIS
200.0 mMNaClNaCl

詳細: Buffer was clarified in a 0.22um filter and used for final SEC polishing.
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4690 / 平均露光時間: 3.68 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 153063
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Modified alphafold prediction of the monomer.
詳細: AF model had the C-terminus truncated, and was fitted to a map lowpass-filtered to 5 A/px. Model was then copied 9 more times and fitted to density with NCS restraints.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 59063
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 38266
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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