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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of MLE in complex with ADP:AlF4 and U10 RNA | |||||||||
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![]() | RNA Helicase / Drosophila dosage compensation / RNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / dosage compensation complex assembly / positive regulation of heterochromatin formation / 3'-5' DNA/RNA helicase activity / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / male courtship behavior, veined wing generated song production / regulation of cytoplasmic translation / X chromosome / regulatory region RNA binding ...RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / dosage compensation complex assembly / positive regulation of heterochromatin formation / 3'-5' DNA/RNA helicase activity / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / male courtship behavior, veined wing generated song production / regulation of cytoplasmic translation / X chromosome / regulatory region RNA binding / PKR-mediated signaling / MSL complex / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity / sex-chromosome dosage compensation / 3'-5' RNA helicase activity / regulation of mRNA processing / axon extension / lncRNA binding / DNA duplex unwinding / 3'-5' DNA helicase activity / nuclear chromosome / DNA helicase activity / helicase activity / determination of adult lifespan / chromosome / double-stranded RNA binding / double-stranded DNA binding / RNA helicase activity / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / chromatin binding / chromatin / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å | |||||||||
![]() | Jagtap PKA / Hennig J | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of RNA-induced autoregulation of the DExH-type RNA helicase maleless. 著者: Pravin Kumar Ankush Jagtap / Marisa Müller / Anna E Kiss / Andreas W Thomae / Karine Lapouge / Martin Beck / Peter B Becker / Janosch Hennig / ![]() 要旨: RNA unwinding by DExH-type helicases underlies most RNA metabolism and function. It remains unresolved if and how the basic unwinding reaction of helicases is regulated by auxiliary domains. We ...RNA unwinding by DExH-type helicases underlies most RNA metabolism and function. It remains unresolved if and how the basic unwinding reaction of helicases is regulated by auxiliary domains. We explored the interplay between the RecA and auxiliary domains of the RNA helicase maleless (MLE) from Drosophila using structural and functional studies. We discovered that MLE exists in a dsRNA-bound open conformation and that the auxiliary dsRBD2 domain aligns the substrate RNA with the accessible helicase tunnel. In an ATP-dependent manner, dsRBD2 associates with the helicase module, leading to tunnel closure around ssRNA. Furthermore, our structures provide a rationale for blunt-ended dsRNA unwinding and 3'-5' translocation by MLE. Structure-based MLE mutations confirm the functional relevance of our model for RNA unwinding. Our findings contribute to our understanding of the fundamental mechanics of auxiliary domains in DExH helicase MLE, which serves as a model for its human ortholog and potential therapeutic target, DHX9/RHA. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 31 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 122.4 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8b9gMC ![]() 8b9iC ![]() 8b9jC ![]() 8b9kC ![]() 8b9lC ![]() 8pjbC ![]() 8pjjC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.822 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15931_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15931_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : MLE in complex with ADP:AlF4 and U10 RNA
全体 | 名称: MLE in complex with ADP:AlF4 and U10 RNA |
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要素 |
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-超分子 #1: MLE in complex with ADP:AlF4 and U10 RNA
超分子 | 名称: MLE in complex with ADP:AlF4 and U10 RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 133.2 KDa |
-分子 #1: Dosage compensation regulator
分子 | 名称: Dosage compensation regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 130.46507 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDIKSFLYQF CAKSQIEPKF DIRQTGPKNR QRFLCEVRVE PNTYIGVGNS TNKKDAEKNA CRDFVNYLVR VGKLNTNDVP ADAGASGGG PRTGLEGAGM AGGSGQQKRV FDGQSGPQDL GEAYRPLNHD GGDGGNRYSV IDRIQEQRDM NEAEAFDVNA A IHGNWTIE ...文字列: MDIKSFLYQF CAKSQIEPKF DIRQTGPKNR QRFLCEVRVE PNTYIGVGNS TNKKDAEKNA CRDFVNYLVR VGKLNTNDVP ADAGASGGG PRTGLEGAGM AGGSGQQKRV FDGQSGPQDL GEAYRPLNHD GGDGGNRYSV IDRIQEQRDM NEAEAFDVNA A IHGNWTIE NAKERLNIYK QTNNIRDDYK YTPVGPEHAR SFLAELSIYV PALNRTVTAR ESGSNKKSAS KSCALSLVRQ LF HLNVIEP FSGTLKKKKD EQLKPYPVKL SPNLINKIDE VIKGLDLPVV NPRNIKIELD GPPIPLIVNL SRIDSSQQDG EKR QESSVI PWAPPQANWN TWHACNIDEG ELATTSIDDL SMDYERSLRD RRQNDNEYRQ FLEFREKLPI AAMRSEILTA INDN PVVII RGNTGCGKTT QIAQYILDDY ICSGQGGYAN IYVTQPRRIS AISVAERVAR ERCEQLGDTV GYSVRFESVF PRPYG AILF CTVGVLLRKL EAGLRGVSHI IVDEIHERDV NSDFLLVILR DMVDTYPDLH VILMSATIDT TKFSKYFGIC PVLEVP GRA FPVQQFFLED IIQMTDFVPS AESRRKRKEV EDEEQLLSED KDEAEINYNK VCEDKYSQKT RNAMAMLSES DVSFELL EA LLMHIKSKNI PGAILVFLPG WNLIFALMKF LQNTNIFGDT SQYQILPCHS QIPRDEQRKV FEPVPEGVTK IILSTNIA E TSITIDDIVF VIDICKARMK LFTSHNNLTS YATVWASKTN LEQRKGRAGR VRPGFCFTLC SRARFQALED NLTPEMFRT PLHEMALTIK LLRLGSIHHF LSKALEPPPV DAVIEAEVLL REMRCLDAND ELTPLGRLLA RLPIEPRLGK MMVLGAVFGC ADLMAIMAS YSSTFSEVFS LDIGQRRLAN HQKALSGTKC SDHVAMIVAS QMWRREKQRG EHMEARFCDW KGLQMSTMNV I WDAKQQLL DLLQQAGFPE ECMISHEVDE RIDGDDPVLD VSLALLCLGL YPNICVHKEK RKVLTTESKA ALLHKTSVNC SN LAVTFPY PFFVFGEKIR TRAVSCKQLS MVSPLQVILF GSRKIDLAAN NIVRVDNWLN FDIEPELAAK IGALKPALED LIT VACDNP SDILRLEEPY AQLVKVVKDL CVKSAGDFGL QRE UniProtKB: Dosage compensation regulator mle |
-分子 #2: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 3.0167 KDa |
配列 | 文字列: UUUUUUUUUU |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ADP: |
-分子 #4: TETRAFLUOROALUMINATE ION
分子 | 名称: TETRAFLUOROALUMINATE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ALF |
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分子量 | 理論値: 102.975 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ALF: |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.612 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM Tris pH 7.5, 50 mM NaCl, 1mM DTT, 1mM ADP, 1mM AlF3, 10 mM NaF, 2mM MgCl2, 0.5% glycerol, 0.005% Triton X-100 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 61.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |