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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Translating 70S ribosome in the unrotated state (A and P tRNAs) | |||||||||||||||
![]() | Post-processed (localfilter from cryoSPARC) map from Homogeneous Refinement | |||||||||||||||
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![]() | 70S / ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Fromm SA / O'Connor KM / Purdy M / Bhatt PR / Loughran G / Atkins JF / Jomaa A / Mattei S | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The translating bacterial ribosome at 1.55 Å resolution generated by cryo-EM imaging services. 著者: Simon A Fromm / Kate M O'Connor / Michael Purdy / Pramod R Bhatt / Gary Loughran / John F Atkins / Ahmad Jomaa / Simone Mattei / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Our understanding of protein synthesis has been conceptualised around the structure and function of the bacterial ribosome. This complex macromolecular machine is the target of important ...Our understanding of protein synthesis has been conceptualised around the structure and function of the bacterial ribosome. This complex macromolecular machine is the target of important antimicrobial drugs, an integral line of defence against infectious diseases. Here, we describe how open access to cryo-electron microscopy facilities combined with bespoke user support enabled structural determination of the translating ribosome from Escherichia coli at 1.55 Å resolution. The obtained structures allow for direct determination of the rRNA sequence to identify ribosome polymorphism sites in the E. coli strain used in this study and enable interpretation of the ribosomal active and peripheral sites at unprecedented resolution. This includes scarcely populated chimeric hybrid states of the ribosome engaged in several tRNA translocation steps resolved at ~2 Å resolution. The current map not only improves our understanding of protein synthesis but also allows for more precise structure-based drug design of antibiotics to tackle rising bacterial resistance. #1: ![]() タイトル: The translating bacterial ribosome at 1.55 angstrom resolution by open access cryo-EM 著者: Fromm SA / O'Connor KM / Purdy M / Bhatt PR / Loughran G / Atkins JF / Jomaa A / Mattei S | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 64.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 26.9 KB 26.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 102.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 669.9 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 622.1 MB 622.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Post-processed (localfilter from cryoSPARC) map from Homogeneous Refinement | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.731 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_15796_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_15796_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : 70S ribosome
全体 | 名称: 70S ribosome![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: 70S ribosome
超分子 | 名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#53 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 2.5 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Fischione 1070 | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 19449 / 平均露光時間: 5.2 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 詳細: saved in EER format; 16 exposures per hole/stage movement. 11 in outer ring around the hole edge, 5 in inner ring around the hole center. |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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