+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15781 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 2C9, C5b9-CD59 cryoEM structure | |||||||||
マップデータ | Locally filtered 2C9-CD59 map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of activation of membrane attack complex / cell killing / Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / other organism cell membrane / regulation of complement activation / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis ...negative regulation of activation of membrane attack complex / cell killing / Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / other organism cell membrane / regulation of complement activation / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / Cargo concentration in the ER / complement activation, alternative pathway / complement activation / chemokine activity / COPII-mediated vesicle transport / retinol binding / endopeptidase inhibitor activity / tertiary granule membrane / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / specific granule membrane / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of chemokine production / transport vesicle / complement activation, classical pathway / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / ER to Golgi transport vesicle membrane / protein homooligomerization / chemotaxis / positive regulation of immune response / blood coagulation / extracellular vesicle / G alpha (i) signalling events / vesicle / in utero embryonic development / killing of cells of another organism / blood microparticle / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / human (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Couves EC / Gardner S / Bubeck D | |||||||||
資金援助 | European Union, 英国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis for membrane attack complex inhibition by CD59. 著者: Emma C Couves / Scott Gardner / Tomas B Voisin / Jasmine K Bickel / Phillip J Stansfeld / Edward W Tate / Doryen Bubeck / 要旨: CD59 is an abundant immuno-regulatory receptor that protects human cells from damage during complement activation. Here we show how the receptor binds complement proteins C8 and C9 at the membrane to ...CD59 is an abundant immuno-regulatory receptor that protects human cells from damage during complement activation. Here we show how the receptor binds complement proteins C8 and C9 at the membrane to prevent insertion and polymerization of membrane attack complex (MAC) pores. We present cryo-electron microscopy structures of two inhibited MAC precursors known as C5b8 and C5b9. We discover that in both complexes, CD59 binds the pore-forming β-hairpins of C8 to form an intermolecular β-sheet that prevents membrane perforation. While bound to C8, CD59 deflects the cascading C9 β-hairpins, rerouting their trajectory into the membrane. Preventing insertion of C9 restricts structural transitions of subsequent monomers and indirectly halts MAC polymerization. We combine our structural data with cellular assays and molecular dynamics simulations to explain how the membrane environment impacts the dual roles of CD59 in controlling pore formation of MAC, and as a target of bacterial virulence factors which hijack CD59 to lyse human cells. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15781.map.gz | 331.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-15781-v30.xml emd-15781.xml | 31.5 KB 31.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15781_fsc.xml | 19.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15781.png | 39.8 KB | ||
マスクデータ | emd_15781_msk_1.map | 600.7 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_15781_additional_1.map.gz emd_15781_half_map_1.map.gz emd_15781_half_map_2.map.gz | 485.5 MB 483.6 MB 484.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15781 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15781 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15781_validation.pdf.gz | 781 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_15781_full_validation.pdf.gz | 780.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15781_validation.xml.gz | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15781_validation.cif.gz | 35.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15781 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15781 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8b0hMC 8b0fC 8b0gC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15781.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Locally filtered 2C9-CD59 map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.831 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15781_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Relion refinement map of 2C9-CD59 (full structure)
ファイル | emd_15781_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Relion refinement map of 2C9-CD59 (full structure) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Relion refinement map of 2C9-CD59 (full structure) unfiltered...
ファイル | emd_15781_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Relion refinement map of 2C9-CD59 (full structure) unfiltered half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Relion refinement map of 2C9-CD59 (full structure) unfiltered...
ファイル | emd_15781_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Relion refinement map of 2C9-CD59 (full structure) unfiltered half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 2C9, CD59 inhibited MAC Complex
+超分子 #1: 2C9, CD59 inhibited MAC Complex
+超分子 #2: CD59 glycoprotein
+超分子 #3: Complement components C5, C6, C7, C8 and C9
+分子 #1: CD59 glycoprotein
+分子 #2: Complement component C8 beta chain
+分子 #3: Complement component C8 gamma chain
+分子 #4: Complement component C8 alpha chain
+分子 #5: Complement C5
+分子 #6: Complement component C7
+分子 #7: Complement component C6
+分子 #8: Complement component C9
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: 20 mM HEPES pH 7.4, 120 mM NaCl | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 52838 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / 詳細: Collected over 4 separate data collections |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 4.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 9.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |