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- EMDB-15779: CryoEM structure of C5b8-CD59 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15779
タイトルCryoEM structure of C5b8-CD59
マップデータCryoEM reconstruction of C5b8-CD59.
試料
  • 複合体: C5b8-CD59
    • 複合体: Complement components C5, C6, C7 and C8
      • タンパク質・ペプチド: Complement C5
      • タンパク質・ペプチド: Complement component C6
      • タンパク質・ペプチド: Complement component C7
      • タンパク質・ペプチド: Complement component C8 beta chain
      • タンパク質・ペプチド: Complement component C8 alpha chain
      • タンパク質・ペプチド: Complement component C8 gamma chain
    • 複合体: CD59 glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: CD59 glycoprotein
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of activation of membrane attack complex / Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / Cargo concentration in the ER / complement activation ...negative regulation of activation of membrane attack complex / Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / Cargo concentration in the ER / complement activation / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / COPII-mediated vesicle transport / retinol binding / endopeptidase inhibitor activity / tertiary granule membrane / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / COPI-mediated anterograde transport / specific granule membrane / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production / transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / ER to Golgi transport vesicle membrane / chemotaxis / positive regulation of immune response / blood coagulation / extracellular vesicle / G alpha (i) signalling events / in utero embryonic development / vesicle / blood microparticle / killing of cells of another organism / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Kazal-type serine protease inhibitor domain / : / : / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Complement component C7, FIM2 N-terminal / Complement component C7, Kazal domain / : / Complement component C6, KAZAL domain / Complement component C8 gamma chain / : ...Kazal-type serine protease inhibitor domain / : / : / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Complement component C7, FIM2 N-terminal / Complement component C7, Kazal domain / : / Complement component C6, KAZAL domain / Complement component C8 gamma chain / : / Complement components C8A/B/C6, EGF-like domain / Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Alpha-1-microglobulin / Factor I / membrane attack complex / factor I membrane attack complex / CD59 antigen, conserved site / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / Ly-6 / u-PAR domain signature. / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / : / Complement component 5, CUB domain / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Kazal domain / Kazal domain profile. / : / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Thrombospondin type 1 domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Lipocalin family conserved site / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Snake toxin-like superfamily / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Calycin / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Lipocalin signature. / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C5 / Complement component C8 alpha chain / Complement component C8 beta chain / Complement component C8 gamma chain / Complement component C7 / Complement component C6 / CD59 glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Escherichia coli (大腸菌) / human (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Bubeck D / Couves EC / Gardner S
資金援助European Union, 英国, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)864751European Union
Cancer Research UKC24523/A26234 英国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for membrane attack complex inhibition by CD59.
著者: Emma C Couves / Scott Gardner / Tomas B Voisin / Jasmine K Bickel / Phillip J Stansfeld / Edward W Tate / Doryen Bubeck /
要旨: CD59 is an abundant immuno-regulatory receptor that protects human cells from damage during complement activation. Here we show how the receptor binds complement proteins C8 and C9 at the membrane to ...CD59 is an abundant immuno-regulatory receptor that protects human cells from damage during complement activation. Here we show how the receptor binds complement proteins C8 and C9 at the membrane to prevent insertion and polymerization of membrane attack complex (MAC) pores. We present cryo-electron microscopy structures of two inhibited MAC precursors known as C5b8 and C5b9. We discover that in both complexes, CD59 binds the pore-forming β-hairpins of C8 to form an intermolecular β-sheet that prevents membrane perforation. While bound to C8, CD59 deflects the cascading C9 β-hairpins, rerouting their trajectory into the membrane. Preventing insertion of C9 restricts structural transitions of subsequent monomers and indirectly halts MAC polymerization. We combine our structural data with cellular assays and molecular dynamics simulations to explain how the membrane environment impacts the dual roles of CD59 in controlling pore formation of MAC, and as a target of bacterial virulence factors which hijack CD59 to lyse human cells.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography
著者: Afonine PV / Poon BK / Read RJ / Sobolev OV / Terwilliger TC / Urzhumtsev A / Adams PD
履歴
登録2022年9月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2023年3月1日-
現状2023年3月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15779.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15779.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM reconstruction of C5b8-CD59.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.17 Å/pix.
x 448 pix.
= 524.608 Å		1.17 Å/pix.
x 448 pix.
= 524.608 Å		1.17 Å/pix.
x 448 pix.
= 524.608 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.171 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.75
最小 - 最大-4.269096 - 9.492268
平均 (標準偏差)0.00413231 (±0.12551086)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 524.60803 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15779_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: CryoEM reconstruction of C5b8-CD59.

ファイルemd_15779_half_map_1.map
注釈CryoEM reconstruction of C5b8-CD59.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM reconstruction of C5b8-CD59.

ファイルemd_15779_half_map_2.map
注釈CryoEM reconstruction of C5b8-CD59.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : C5b8-CD59

全体名称: C5b8-CD59
要素
  • 複合体: C5b8-CD59
    • 複合体: Complement components C5, C6, C7 and C8
      • タンパク質・ペプチド: Complement C5
      • タンパク質・ペプチド: Complement component C6
      • タンパク質・ペプチド: Complement component C7
      • タンパク質・ペプチド: Complement component C8 beta chain
      • タンパク質・ペプチド: Complement component C8 alpha chain
      • タンパク質・ペプチド: Complement component C8 gamma chain
    • 複合体: CD59 glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: CD59 glycoprotein
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
超分子 #1: C5b8-CD59

超分子名称: C5b8-CD59 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 / 詳細: Inhibited complement membrane attack complex

+
超分子 #2: Complement components C5, C6, C7 and C8

超分子名称: Complement components C5, C6, C7 and C8 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: CD59 glycoprotein

超分子名称: CD59 glycoprotein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: Complement C5

分子名称: Complement C5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human (ヒト)
分子量理論値: 188.512094 KDa
配列文字列: MGLLGILCFL IFLGKTWGQE QTYVISAPKI FRVGASENIV IQVYGYTEAF DATISIKSYP DKKFSYSSGH VHLSSENKFQ NSAILTIQP KQLPGGQNPV SYVYLEVVSK HFSKSKRMPI TYDNGFLFIH TDKPVYTPDQ SVKVRVYSLN DDLKPAKRET V LTFIDPEG ...文字列:
MGLLGILCFL IFLGKTWGQE QTYVISAPKI FRVGASENIV IQVYGYTEAF DATISIKSYP DKKFSYSSGH VHLSSENKFQ NSAILTIQP KQLPGGQNPV SYVYLEVVSK HFSKSKRMPI TYDNGFLFIH TDKPVYTPDQ SVKVRVYSLN DDLKPAKRET V LTFIDPEG SEVDMVEEID HIGIISFPDF KIPSNPRYGM WTIKAKYKED FSTTGTAYFE VKEYVLPHFS VSIEPEYNFI GY KNFKNFE ITIKARYFYN KVVTEADVYI TFGIREDLKD DQKEMMQTAM QNTMLINGIA QVTFDSETAV KELSYYSLED LNN KYLYIA VTVIESTGGF SEEAEIPGIK YVLSPYKLNL VATPLFLKPG IPYPIKVQVK DSLDQLVGGV PVTLNAQTID VNQE TSDLD PSKSVTRVDD GVASFVLNLP SGVTVLEFNV KTDAPDLPEE NQAREGYRAI AYSSLSQSYL YIDWTDNHKA LLVGE HLNI IVTPKSPYID KITHYNYLIL SKGKIIHFGT REKFSDASYQ SINIPVTQNM VPSSRLLVYY IVTGEQTAEL VSDSVW LNI EEKCGNQLQV HLSPDADAYS PGQTVSLNMA TGMDSWVALA AVDSAVYGVQ RGAKKPLERV FQFLEKSDLG CGAGGGL NN ANVFHLAGLT FLTNANADDS QENDEPCKEI LRPRRTLQKK IEEIAAKYKH SVVKKCCYDG ACVNNDETCE QRAARISL G PRCIKAFTEC CVVASQLRAN ISHKDMQLGR LHMKTLLPVS KPEIRSYFPE SWLWEVHLVP RRKQLQFALP DSLTTWEIQ GVGISNTGIC VADTVKAKVF KDVFLEMNIP YSVVRGEQIQ LKGTVYNYRT SGMQFCVKMS AVEGICTSES PVIDHQGTKS SKCVRQKVE GSSSHLVTFT VLPLEIGLHN INFSLETWFG KEILVKTLRV VPEGVKRESY SGVTLDPRGI YGTISRRKEF P YRIPLDLV PKTEIKRILS VKGLLVGEIL SAVLSQEGIN ILTHLPKGSA EAELMSVVPV FYVFHYLETG NHWNIFHSDP LI EKQKLKK KLKEGMLSIM SYRNADYSYS VWKGGSASTW LTAFALRVLG QVNKYVEQNQ NSICNSLLWL VENYQLDNGS FKE NSQYQP IKLQGTLPVE ARENSLYLTA FTVIGIRKAF DICPLVKIDT ALIKADNFLL ENTLPAQSTF TLAISAYALS LGDK THPQF RSIVSALKRE ALVKGNPPIY RFWKDNLQHK DSSVPNTGTA RMVETTAYAL LTSLNLKDIN YVNPVIKWLS EEQRY GGGF YSTQDTINAI EGLTEYSLLV KQLRLSMDID VSYKHKGALH NYKMTDKNFL GRPVEVLLND DLIVSTGFGS GLATVH VTT VVHKTSTSEE VCSFYLKIDT QDIEASHYRG YGNSDYKRIV ACASYKPSRE ESSSGSSHAV MDISLPTGIS ANEEDLK AL VEGVDQLFTD YQIKDGHVIL QLNSIPSSDF LCVRFRIFEL FEVGFLSPAT FTVYEYHRPD KQCTMFYSTS NIKIQKVC E GAACKCVEAD CGQMQEELDL TISAETRKQT ACKPEIAYAY KVSITSITVE NVFVKYKATL LDIYKTGEAV AEKDSEITF IKKVTCTNAE LVKGRQYLIM GKEALQIKYN FSFRYIYPLD SLTWIEYWPR DTTCSSCQAF LANLDEFAED IFLNGC

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分子 #2: Complement component C6

分子名称: Complement component C6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human (ヒト)
分子量理論値: 104.91818 KDa
配列文字列: MARRSVLYFI LLNALINKGQ ACFCDHYAWT QWTSCSKTCN SGTQSRHRQI VVDKYYQENF CEQICSKQET RECNWQRCPI NCLLGDFGP WSDCDPCIEK QSKVRSVLRP SQFGGQPCTA PLVAFQPCIP SKLCKIEEAD CKNKFRCDSG RCIARKLECN G ENDCGDNS ...文字列:
MARRSVLYFI LLNALINKGQ ACFCDHYAWT QWTSCSKTCN SGTQSRHRQI VVDKYYQENF CEQICSKQET RECNWQRCPI NCLLGDFGP WSDCDPCIEK QSKVRSVLRP SQFGGQPCTA PLVAFQPCIP SKLCKIEEAD CKNKFRCDSG RCIARKLECN G ENDCGDNS DERDCGRTKA VCTRKYNPIP SVQLMGNGFH FLAGEPRGEV LDNSFTGGIC KTVKSSRTSN PYRVPANLEN VG FEVQTAE DDLKTDFYKD LTSLGHNENQ QGSFSSQGGS SFSVPIFYSS KRSENINHNS AFKQAIQASH KKDSSFIRIH KVM KVLNFT TKAKDLHLSD VFLKALNHLP LEYNSALYSR IFDDFGTHYF TSGSLGGVYD LLYQFSSEEL KNSGLTEEEA KHCV RIETK KRVLFAKKTK VEHRCTTNKL SEKHEGSFIQ GAEKSISLIR GGRSEYGAAL AWEKGSSGLE EKTFSEWLES VKENP AVID FELAPIVDLV RNIPCAVTKR NNLRKALQEY AAKFDPCQCA PCPNNGRPTL SGTECLCVCQ SGTYGENCEK QSPDYK SNA VDGQWGCWSS WSTCDATYKR SRTRECNNPA PQRGGKRCEG EKRQEEDCTF SIMENNGQPC INDDEEMKEV DLPEIEA DS GCPQPVPPEN GFIRNEKQLY LVGEDVEISC LTGFETVGYQ YFRCLPDGTW RQGDVECQRT ECIKPVVQEV LTITPFQR L YRIGESIELT CPKGFVVAGP SRYTCQGNSW TPPISNSLTC EKDTLTKLKG HCQLGQKQSG SECICMSPEE DCSHHSEDL CVFDTDSNDY FTSPACKFLA EKCLNNQQLH FLHIGSCQDG RQLEWGLERT RLSSNSTKKE SCGYDTCYDW EKCSASTSKC VCLLPPQCF KGGNQLYCVK MGSSTSEKTL NICEVGTIRC ANRKMEILHP GKCLA

+
分子 #3: Complement component C7

分子名称: Complement component C7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human (ヒト)
分子量理論値: 93.625328 KDa
配列文字列: MKVISLFILV GFIGEFQSFS SASSPVNCQW DFYAPWSECN GCTKTQTRRR SVAVYGQYGG QPCVGNAFET QSCEPTRGCP TEEGCGERF RCFSGQCISK SLVCNGDSDC DEDSADEDRC EDSERRPSCD IDKPPPNIEL TGNGYNELTG QFRNRVINTK S FGGQCRKV ...文字列:
MKVISLFILV GFIGEFQSFS SASSPVNCQW DFYAPWSECN GCTKTQTRRR SVAVYGQYGG QPCVGNAFET QSCEPTRGCP TEEGCGERF RCFSGQCISK SLVCNGDSDC DEDSADEDRC EDSERRPSCD IDKPPPNIEL TGNGYNELTG QFRNRVINTK S FGGQCRKV FSGDGKDFYR LSGNVLSYTF QVKINNDFNY EFYNSTWSYV KHTSTEHTSS SRKRSFFRSS SSSSRSYTSH TN EIHKGKS YQLLVVENTV EVAQFINNNP EFLQLAEPFW KELSHLPSLY DYSAYRRLID QYGTHYLQSG SLGGEYRVLF YVD SEKLKQ NDFNSVEEKK CKSSGWHFVV KFSSHGCKEL ENALKAASGT QNNVLRGEPF IRGGGAGFIS GLSYLELDNP AGNK RRYSA WAESVTNLPQ VIKQKLTPLY ELVKEVPCAS VKKLYLKWAL EEYLDEFDPC HCRPCQNGGL ATVEGTHCLC HCKPY TFGA ACEQGVLVGN QAGGVDGGWS CWSSWSPCVQ GKKTRSRECN NPPPSGGGRS CVGETTESTQ CEDEELEHLR LLEPHC FPL SLVPTEFCPS PPALKDGFVQ DEGTMFPVGK NVVYTCNEGY SLIGNPVARC GEDLRWLVGE MHCQKIACVL PVLMDGI QS HPQKPFYTVG EKVTVSCSGG MSLEGPSAFL CGSSLKWSPE MKNARCVQKE NPLTQAVPKC QRWEKLQNSR CVCKMPYE C GPSLDVCAQD ERSKRILPLT VCKMHVLHCQ GRNYTLTGRD SCTLPASAEK ACGACPLWGK CDAESSKCVC REASECEEE GFSICVEVNG KEQTMSECEA GALRCRGQSI SVTSIRPCAA ETQ

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分子 #4: Complement component C8 beta chain

分子名称: Complement component C8 beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human (ヒト)
分子量理論値: 67.136891 KDa
配列文字列: MKNSRTWAWR APVELFLLCA ALGCLSLPGS RGERPHSFGS NAVNKSFAKS RQMRSVDVTL MPIDCELSSW SSWTTCDPCQ KKRYRYAYL LQPSQFHGEP CNFSDKEVED CVTNRPCRSQ VRCEGFVCAQ TGRCVNRRLL CNGDNDCGDQ SDEANCRRIY K KCQHEMDQ ...文字列:
MKNSRTWAWR APVELFLLCA ALGCLSLPGS RGERPHSFGS NAVNKSFAKS RQMRSVDVTL MPIDCELSSW SSWTTCDPCQ KKRYRYAYL LQPSQFHGEP CNFSDKEVED CVTNRPCRSQ VRCEGFVCAQ TGRCVNRRLL CNGDNDCGDQ SDEANCRRIY K KCQHEMDQ YWGIGSLASG INLFTNSFEG PVLDHRYYAG GCSPHYILNT RFRKPYNVES YTPQTQGKYE FILKEYESYS DF ERNVTEK MASKSGFSFG FKIPGIFELG ISSQSDRGKH YIRRTKRFSH TKSVFLHARS DLEVAHYKLK PRSLMLHYEF LQR VKRLPL EYSYGEYRDL FRDFGTHYIT EAVLGGIYEY TLVMNKEAME RGDYTLNNVH ACAKNDFKIG GAIEEVYVSL GVSV GKCRG ILNEIKDRNK RDTMVEDLVV LVRGGASEHI TTLAYQELPT ADLMQEWGDA VQYNPAIIKV KVEPLYELVT ATDFA YSST VRQNMKQALE EFQKEVSSCH CAPCQGNGVP VLKGSRCDCI CPVGSQGLAC EVSYRKNTPI DGKWNCWSNW SSCSGR RKT RQRQCNNPPP QNGGSPCSGP ASETLDCS

+
分子 #5: Complement component C8 alpha chain

分子名称: Complement component C8 alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human (ヒト)
分子量理論値: 65.239152 KDa
配列文字列: MFAVVFFILS LMTCQPGVTA QEKVNQRVRR AATPAAVTCQ LSNWSEWTDC FPCQDKKYRH RSLLQPNKFG GTICSGDIWD QASCSSSTT CVRQAQCGQD FQCKETGRCL KRHLVCNGDQ DCLDGSDEDD CEDVRAIDED CSQYEPIPGS QKAALGYNIL T QEDAQSVY ...文字列:
MFAVVFFILS LMTCQPGVTA QEKVNQRVRR AATPAAVTCQ LSNWSEWTDC FPCQDKKYRH RSLLQPNKFG GTICSGDIWD QASCSSSTT CVRQAQCGQD FQCKETGRCL KRHLVCNGDQ DCLDGSDEDD CEDVRAIDED CSQYEPIPGS QKAALGYNIL T QEDAQSVY DASYYGGQCE TVYNGEWREL RYDSTCERLY YGDDEKYFRK PYNFLKYHFE ALADTGISSE FYDNANDLLS KV KKDKSDS FGVTIGIGPA GSPLLVGVGV SHSQDTSFLN ELNKYNEKKF IFTRIFTKVQ TAHFKMRKDD IMLDEGMLQS LME LPDQYN YGMYAKFIND YGTHYITSGS MGGIYEYILV IDKAKMESLG ITSRDITTCF GGSLGIQYED KINVGGGLSG DHCK KFGGG KTERARKAMA VEDIISRVRG GSSGWSGGLA QNRSTITYRS WGRSLKYNPV VIDFEMQPIH EVLRHTSLGP LEAKR QNLR RALDQYLMEF NACRCGPCFN NGVPILEGTS CRCQCRLGSL GAACEQTQTE GAKADGSWSC WSSWSVCRAG IQERRR ECD NPAPQNGGAS CPGRKVQTQA C

+
分子 #6: Complement component C8 gamma chain

分子名称: Complement component C8 gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human (ヒト)
分子量理論値: 22.302424 KDa
配列文字列: MLPPGTATLL TLLLAAGSLG QKPQRPRRPA SPISTIQPKA NFDAQQFAGT WLLVAVGSAC RFLQEQGHRA EATTLHVAPQ GTAMAVSTF RKLDGICWQV RQLYGDTGVL GRFLLQARDA RGAVHVVVAE TDYQSFAVLY LERAGQLSVK LYARSLPVSD S VLSGFEQR ...文字列:
MLPPGTATLL TLLLAAGSLG QKPQRPRRPA SPISTIQPKA NFDAQQFAGT WLLVAVGSAC RFLQEQGHRA EATTLHVAPQ GTAMAVSTF RKLDGICWQV RQLYGDTGVL GRFLLQARDA RGAVHVVVAE TDYQSFAVLY LERAGQLSVK LYARSLPVSD S VLSGFEQR VQEAHLTEDQ IFYFPKYGFC EAADQFHVLD EVRR

+
分子 #7: CD59 glycoprotein

分子名称: CD59 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.35533 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGIQGGSVLF GLLLVLAVFC HSGHSLQCYN CPNPTADCKT AVNCSSDFDA CLITKAGLQV YNKCWKFEHC NFNDVTTRLR ENELTYYCC KKDLCNFNEQ LENGGTSLSE KTVLLLVTPF L

+
分子 #10: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: NITROGEN
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 12805 / 平均露光時間: 9.8 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1138825
詳細: CrYOLO neural network based particle picking, standard model, low threshold (0.01).
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: An initial model was generated using ab-inito reconstruction in cryoSPARC.
最終 再構成使用したクラス数: 2 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 206782
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 51965 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: 3D Classification was used to remove junk particles and particles with graphene oxide edges.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Initial rigid body fits were performed using UCSF Chimera and UCSF ChimeraX. Carbohydrates were added using Coot. Models were refined iteratively using Isolde and Phenix Real Space Refine.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 87
得られたモデル

PDB-8b0f:
CryoEM structure of C5b8-CD59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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