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- EMDB-1573: The bacteriophage T4 procapsid in the process of DNA packaging -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1573
タイトルThe bacteriophage T4 procapsid in the process of DNA packaging
マップデータThe bacteriophage T4 procapsid in the process of DNA packaging
試料
  • 試料: T4 procapsid in the process of DNA packaging
  • ウイルス: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
キーワードprocapsid / DNA packaging motor / large terminase
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 32.0 Å
データ登録者Sun S / Kondabagil K / Draper B / Alam TI / Bowman VD / Zhang Z / Hegde S / Fokine A / Rossmann MG / Rao VB
引用ジャーナル: Cell / 年: 2008
タイトル: The structure of the phage T4 DNA packaging motor suggests a mechanism dependent on electrostatic forces.
著者: Siyang Sun / Kiran Kondabagil / Bonnie Draper / Tanfis I Alam / Valorie D Bowman / Zhihong Zhang / Shylaja Hegde / Andrei Fokine / Michael G Rossmann / Venigalla B Rao /
要旨: Viral genomes are packaged into "procapsids" by powerful molecular motors. We report the crystal structure of the DNA packaging motor protein, gene product 17 (gp17), in bacteriophage T4. The ...Viral genomes are packaged into "procapsids" by powerful molecular motors. We report the crystal structure of the DNA packaging motor protein, gene product 17 (gp17), in bacteriophage T4. The structure consists of an N-terminal ATPase domain, which provides energy for compacting DNA, and a C-terminal nuclease domain, which terminates packaging. We show that another function of the C-terminal domain is to translocate the genome into the procapsid. The two domains are in close contact in the crystal structure, representing a "tensed state." A cryo-electron microscopy reconstruction of the T4 procapsid complexed with gp17 shows that the packaging motor is a pentamer and that the domains within each monomer are spatially separated, representing a "relaxed state." These structures suggest a mechanism, supported by mutational and other data, in which electrostatic forces drive the DNA packaging by alternating between tensed and relaxed states. Similar mechanisms may occur in other molecular motors.
履歴
登録2008年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年10月23日-
マップ公開2009年5月5日-
更新2009年5月5日-
現状2009年5月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1573.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1573.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 54.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The bacteriophage T4 procapsid in the process of DNA packaging
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.48 Å/pix.
x 244 pix.
= 1581.12 Å		6.48 Å/pix.
x 244 pix.
= 1581.12 Å		6.48 Å/pix.
x 244 pix.
= 1581.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.48 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.3 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-6.80765 - 10.076499999999999
平均 (標準偏差)-0.00000000305768 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-122-122-122
サイズ244244244
Spacing244244244
セルA=B=C: 1581.12 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.486.486.48
M x/y/z244244244
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1581.1201581.1201581.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-122-122-122
NC/NR/NS244244244
D min/max/mean-6.80810.076-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : T4 procapsid in the process of DNA packaging

全体名称: T4 procapsid in the process of DNA packaging
要素
  • 試料: T4 procapsid in the process of DNA packaging
  • ウイルス: Enterobacteria phage T4 (ファージ)

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超分子 #1000: T4 procapsid in the process of DNA packaging

超分子名称: T4 procapsid in the process of DNA packaging / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: T4 procapsids with gp17, 4Kb DNA and ATP / Number unique components: 4

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超分子 #1: Enterobacteria phage T4

超分子名称: Enterobacteria phage T4 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: bacteriophage T4 / NCBI-ID: 10665 / 生物種: Enterobacteria phage T4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: bacteriophage T4
宿主生物種: E. Coli (大腸菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 50mM Tris-HCl, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 3mM beta-mercaptoethanol
グリッド詳細: quantifoil copper grid 2um holes
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: in-house, gravity driven plunger
手法: 3.5ul of sample hand blotted approx. 1sec

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度平均: 97 K
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 39190 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 38000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: phase flipping for each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 2001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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