+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1572 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The T4 packaging motor, T4 procapsid with large terminase gp17 bound | |||||||||
マップデータ | The T4 packaging motor, T4 procapsid with large terminase gp17 bound. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | procapsid / DNA packaging motor / large terminase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral terminase, large subunit / DNA nuclease activity / viral genome packaging / viral procapsid maturation / viral DNA genome packaging / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity ...viral terminase, large subunit / DNA nuclease activity / viral genome packaging / viral procapsid maturation / viral DNA genome packaging / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 34.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun S / Kondabagil K / Draper B / Alam TI / Bowman VD / Zhang Z / Hegde S / Fokine A / Rossmann MG / Rao VB | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2008 タイトル: The structure of the phage T4 DNA packaging motor suggests a mechanism dependent on electrostatic forces. 著者: Siyang Sun / Kiran Kondabagil / Bonnie Draper / Tanfis I Alam / Valorie D Bowman / Zhihong Zhang / Shylaja Hegde / Andrei Fokine / Michael G Rossmann / Venigalla B Rao / 要旨: Viral genomes are packaged into "procapsids" by powerful molecular motors. We report the crystal structure of the DNA packaging motor protein, gene product 17 (gp17), in bacteriophage T4. The ...Viral genomes are packaged into "procapsids" by powerful molecular motors. We report the crystal structure of the DNA packaging motor protein, gene product 17 (gp17), in bacteriophage T4. The structure consists of an N-terminal ATPase domain, which provides energy for compacting DNA, and a C-terminal nuclease domain, which terminates packaging. We show that another function of the C-terminal domain is to translocate the genome into the procapsid. The two domains are in close contact in the crystal structure, representing a "tensed state." A cryo-electron microscopy reconstruction of the T4 procapsid complexed with gp17 shows that the packaging motor is a pentamer and that the domains within each monomer are spatially separated, representing a "relaxed state." These structures suggest a mechanism, supported by mutational and other data, in which electrostatic forces drive the DNA packaging by alternating between tensed and relaxed states. Similar mechanisms may occur in other molecular motors. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1572.map.gz | 21 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1572-v30.xml emd-1572.xml | 9.7 KB 9.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1572.gif | 131.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1572 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1572 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1572.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 54.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | The T4 packaging motor, T4 procapsid with large terminase gp17 bound. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.48 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : T4 procapsid with gp17 bound
全体 | 名称: T4 procapsid with gp17 bound |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: T4 procapsid with gp17 bound
超分子 | 名称: T4 procapsid with gp17 bound / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
---|
-超分子 #1: Enterobacteria phage T4
超分子 | 名称: Enterobacteria phage T4 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: bacteriophage T4 / NCBI-ID: 10665 / 生物種: Enterobacteria phage T4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: bacteriophage T4 |
---|---|
宿主 | 生物種: E. coli (大腸菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 50mM Tris-HCl, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 3mM beta-mercaptoethanol |
---|---|
グリッド | 詳細: quantifoil copper grid 2um holes |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Vitrification instrument: in-house, gravity driven plunger 手法: 3.5ul of sample hand blotted approx. 1sec |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
---|---|
温度 | 平均: 97 K |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 6.25 µm / 実像数: 108 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 39190 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 38000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: phase flipping for each micrograph |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: spider / 使用した粒子像数: 1716 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
---|---|
ソフトウェア | 名称: EMFIT |
詳細 | Protocol: Rigid Body. The N- and C-terminal domains of gp17 were separately fitted into their corresponding cryoEM densities |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-3ezk: |