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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15713 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Complement C5 in Complex with small molecule inhibitor and CVF | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / complement activation / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of chemokine production ...Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / complement activation / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / chemotaxis / toxin activity / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / human (ヒト) / monocled cobra (コブラ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Srinivas H | ||||||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2019 タイトル: A small-molecule inhibitor of C5 complement protein. 著者: Keith Jendza / Mitsunori Kato / Michael Salcius / Honnappa Srinivas / Andrea De Erkenez / Anh Nguyen / Doug McLaughlin / Celine Be / Christian Wiesmann / Jason Murphy / Philippe Bolduc / ...著者: Keith Jendza / Mitsunori Kato / Michael Salcius / Honnappa Srinivas / Andrea De Erkenez / Anh Nguyen / Doug McLaughlin / Celine Be / Christian Wiesmann / Jason Murphy / Philippe Bolduc / Muneto Mogi / Jose Duca / Abdel Namil / Michael Capparelli / Veronique Darsigny / Erik Meredith / Ritesh Tichkule / Luciana Ferrara / Jessica Heyder / Fang Liu / Patricia A Horton / Michael J Romanowski / Markus Schirle / Nello Mainolfi / Karen Anderson / Gregory A Michaud / 要旨: The complement pathway is an important part of the immune system, and uncontrolled activation is implicated in many diseases. The human complement component 5 protein (C5) is a validated drug target ...The complement pathway is an important part of the immune system, and uncontrolled activation is implicated in many diseases. The human complement component 5 protein (C5) is a validated drug target within the complement pathway, as an anti-C5 antibody (Soliris) is an approved therapy for paroxysmal nocturnal hemoglobinuria. Here, we report the identification, optimization and mechanism of action for the first small-molecule inhibitor of C5 complement protein. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15713.map.gz | 8.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15713-v30.xml emd-15713.xml | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15713_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15713.png | 51.4 KB | ||
その他 | emd_15713_half_map_1.map.gz emd_15713_half_map_2.map.gz | 80.8 MB 80.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15713 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15713 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15713_validation.pdf.gz | 835.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15713_full_validation.pdf.gz | 835.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15713_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15713_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15713 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15713 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ayhMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15713.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15713_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15713_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complement C5-Inhibitor-CVF complex
全体 | 名称: Complement C5-Inhibitor-CVF complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Complement C5-Inhibitor-CVF complex
超分子 | 名称: Complement C5-Inhibitor-CVF complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 320 KDa |
-分子 #1: Complement C5 beta chain
分子 | 名称: Complement C5 beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: human (ヒト) |
分子量 | 理論値: 73.615766 KDa |
配列 | 文字列: QEQTYVISAP KIFRVGASEN IVIQVYGYTE AFDATISIKS YPDKKFSYSS GHVHLSSENK FQNSAILTIQ PKQLPGGQNP VSYVYLEVV SKHFSKSKRM PITYDNGFLF IHTDKPVYTP DQSVKVRVYS LNDDLKPAKR ETVLTFIDPE GSEVDMVEEI D HIGIISFP ...文字列: QEQTYVISAP KIFRVGASEN IVIQVYGYTE AFDATISIKS YPDKKFSYSS GHVHLSSENK FQNSAILTIQ PKQLPGGQNP VSYVYLEVV SKHFSKSKRM PITYDNGFLF IHTDKPVYTP DQSVKVRVYS LNDDLKPAKR ETVLTFIDPE GSEVDMVEEI D HIGIISFP DFKIPSNPRY GMWTIKAKYK EDFSTTGTAY FEVKEYVLPH FSVSIEPEYN FIGYKNFKNF EITIKARYFY NK VVTEADV YITFGIREDL KDDQKEMMQT AMQNTMLING IAQVTFDSET AVKELSYYSL EDLNNKYLYI AVTVIESTGG FSE EAEIPG IKYVLSPYKL NLVATPLFLK PGIPYPIKVQ VKDSLDQLVG GVPVTLNAQT IDVNQETSDL DPSKSVTRVD DGVA SFVLN LPSGVTVLEF NVKTDAPDLP EENQAREGYR AIAYSSLSQS YLYIDWTDNH KALLVGEHLN IIVTPKSPYI DKITH YNYL ILSKGKIIHF GTREKFSDAS YQSINIPVTQ NMVPSSRLLV YYIVTGEQTA ELVSDSVWLN IEEKCGNQLQ VHLSPD ADA YSPGQTVSLN MATGMDSWVA LAAVDSAVYG VQRGAKKPLE RVFQFLEKSD LGCGAGGGLN NANVFHLAGL TFLTNAN AD DSQENDEPCK EILRP |
-分子 #2: Complement C5 alpha chain
分子 | 名称: Complement C5 alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: human (ヒト) |
分子量 | 理論値: 112.635008 KDa |
配列 | 文字列: TLQKKIEEIA AKYKHSVVKK CCYDGACVNN DETCEQRAAR ISLGPRCIKA FTECCVVASQ LRANISHKDM QLGRLHMKTL LPVSKPEIR SYFPESWLWE VHLVPRRKQL QFALPDSLTT WEIQGVGISN TGICVADTVK AKVFKDVFLE MNIPYSVVRG E QIQLKGTV ...文字列: TLQKKIEEIA AKYKHSVVKK CCYDGACVNN DETCEQRAAR ISLGPRCIKA FTECCVVASQ LRANISHKDM QLGRLHMKTL LPVSKPEIR SYFPESWLWE VHLVPRRKQL QFALPDSLTT WEIQGVGISN TGICVADTVK AKVFKDVFLE MNIPYSVVRG E QIQLKGTV YNYRTSGMQF CVKMSAVEGI CTSESPVIDH QGTKSSKCVR QKVEGSSSHL VTFTVLPLEI GLHNINFSLE TW FGKEILV KTLRVVPEGV KRESYSGVTL DPRGIYGTIS RRKEFPYRIP LDLVPKTEIK RILSVKGLLV GEILSAVLSQ EGI NILTHL PKGSAEAELM SVVPVFYVFH YLETGNHWNI FHSDPLIEKQ KLKKKLKEGM LSIMSYRNAD YSYSVWKGGS ASTW LTAFA LRVLGQVNKY VEQNQNSICN SLLWLVENYQ LDNGSFKENS QYQPIKLQGT LPVEARENSL YLTAFTVIGI RKAFD ICPL VKIDTALIKA DNFLLENTLP AQSTFTLAIS AYALSLGDKT HPQFRSIVSA LKREALVKGN PPIYRFWKDN LQHKDS SVP NTGTARMVET TAYALLTSLN LKDINYVNPV IKWLSEEQRY GGGFYSTQDT INAIEGLTEY SLLVKQLRLS MDIDVSY KH KGALHNYKMT DKNFLGRPVE VLLNDDLIVS TGFGSGLATV HVTTVVHKTS TSEEVCSFYL KIDTQDIEAS HYRGYGNS D YKRIVACASY KPSREESSSG SSHAVMDISL PTGISANEED LKALVEGVDQ LFTDYQIKDG HVILQLNSIP SSDFLCVRF RIFELFEVGF LSPATFTVYE YHRPDKQCTM FYSTSNIKIQ KVCEGAACKC VEADCGQMQE ELDLTISAET RKQTACKPEI AYAYKVSIT SITVENVFVK YKATLLDIYK TGEAVAEKDS EITFIKKVTC TNAELVKGRQ YLIMGKEALQ IKYNFSFRYI Y PLDSLTWI EYWPRDTTCS SCQAFLANLD EFAEDIFLNG C |
-分子 #3: Cobra venom factor
分子 | 名称: Cobra venom factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: monocled cobra (コブラ) |
分子量 | 理論値: 184.726734 KDa |
配列 | 文字列: MERMALYLVA ALLIGFPGSS HGALYTLITP AVLRTDTEEQ ILVEAHGDST PKQLDIFVHD FPRKQKTLFQ TRVDMNPAGG MLVTPTIEI PAKEVSTDSR QNQYVVVQVT GPQVRLEKVV LLSYQSSFLF IQTDKGIYTP GSPVLYRVFS MDHNTSKMNK T VIVEFQTP ...文字列: MERMALYLVA ALLIGFPGSS HGALYTLITP AVLRTDTEEQ ILVEAHGDST PKQLDIFVHD FPRKQKTLFQ TRVDMNPAGG MLVTPTIEI PAKEVSTDSR QNQYVVVQVT GPQVRLEKVV LLSYQSSFLF IQTDKGIYTP GSPVLYRVFS MDHNTSKMNK T VIVEFQTP EGILVSSNSV DLNFFWPYNL PDLVSLGTWR IVAKYEHSPE NYTAYFDVRK YVLPSFEVRL QPSEKFFYID GN ENFHVSI TARYLYGEEV EGVAFVLFGV KIDDAKKSIP DSLTRIPIID GDGKATLKRD TFRSRFPNLN ELVGHTLYAS VTV MTESGS DMVVTEQSGI HIVASPYQIH FTKTPKYFKP GMPYELTVYV TNPDGSPAAH VPVVSEAFHS MGTTLSDGTA KLIL NIPLN AQSLPITVRT NHGDLPRERQ ATKSMTAIAY QTQGGSGNYL HVAITSTEIK PGDNLPVNFN VKGNANSLKQ IKYFT YLIL NKGKIFKVGR QPRRDGQNLV TMNLHITPDL IPSFRFVAYY QVGNNEIVAD SVWVDVKDTC MGTLVVKGDN LIQMPG AAM KIKLEGDPGA RVGLVAVDKA VYVLNDKYKI SQAKIWDTIE KSDFGCTAGS GQNNLGVFED AGLALTTSTN LNTKQRS AA KCPQPANRRR RSSVLLLDSN ASKAAEFQDQ DLRKCCEDVM HENPMGYTCE KRAKYIQEGD ACKAAFLECC RYIKGVRD E NQRESELFLA RDDNEDGFIA DSDIISRSDF PKSWLWLTKD LTEEPNSQGI SSKTMSFYLR DSITTWVVLA VSFTPTKGI CVAEPYEIRV MKVFFIDLQM PYSVVKNEQV EIRAILHNYV NEDIYVRVEL LYNPAFCSAS TKGQRYRQQF PIKALSSRAV PFVIVPLEQ GLHDVEIKAS VQEALWSDGV RKKLKVVPEG VQKSIVTIVK LDPRAKGVGG TQLEVIKARK LDDRVPDTEI E TKIIIQGD PVAQIIENSI DGSKLNHLII TPSGCGEQNM IRMAAPVIAT YYLDTTEQWE TLGINRRTEA VNQIVTGYAQ QM VYKKADH SYAAFTNRAS SSWLTAYVVK VFAMAAKMVA GISHEIICGG VRWLILNRQQ PDGAFKENAP VLSGTMQGGI QGA EEEVYL TAFILVALLE SKTICNDYVN SLDSSIKKAT NYLLKKYEKL QRPYTTALTA YALAAADQLN DDRVLMAAST GRDH WEEYN AHTHNIEGTS YALLALLKMK KFDQTGPIVR WLTDQNFYGE TYGQTQATVM AFQALAEYEI QMPTHKDLNL DITIE LPDR EVPIRYRINY ENALLARTVE TKLNQDITVT ASGDGKATMT ILTFYNAQLQ EKANVCNKFH LNVSVENIHL NAMGAK GAL MLKICTRYLG EVDSTMTIID ISMLTGFLPD AEDLTRLSKG VDRYISRYEV DNNMAQKVAV IIYLNKVSHS EDECLHF KI LKHFEVGFIQ PGSVKVYSYY NLDEKCTKFY HPDKGTGLLN KICIGNVCRC AGETCSSLNH QERIDVPLQI EKACETNV D YVYKTKLLRI EEQDGNDIYV MDVLEVIKQG TDENPRAKTH QYISQRKCQE ALNLKVNDDY LIWGSRSDLL PTKDKISYI ITKNTWIERW PHEDECQEEE FQKLCDDFAQ FSYTLTEFGC PT |
-分子 #4: 5-methoxy-2-[[(1~{S})-1-(2-methoxyphenyl)ethyl]carbamoylamino]-4-...
分子 | 名称: 5-methoxy-2-[[(1~{S})-1-(2-methoxyphenyl)ethyl]carbamoylamino]-4-(4-methylpentoxy)benzoic acid タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: H1H |
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分子量 | 理論値: 444.521 Da |
Chemical component information | ChemComp-H1H: |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50mM HEPES pH 7.5 100mM NaCl |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | Complement C5-Inhibitor-CVF complex |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 1.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |