+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15699 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human serotonin 5-HT3A receptor (apo, resting conformation) | |||||||||
マップデータ | Human serotonin 5-HT3A receptor. Resting conformation. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Human pentameric ligand-gated ion channel / Human serotonin receptor (セロトニン受容体) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin receptor signaling pathway / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / serotonin binding / inorganic cation transmembrane transport / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / transmembrane transporter complex / 分裂溝 ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin receptor signaling pathway / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / serotonin binding / inorganic cation transmembrane transport / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / transmembrane transporter complex / 分裂溝 / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic membrane / neuron projection / シナプス / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å | |||||||||
データ登録者 | Lopez-Sanchez U / Nury H | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structural determinants for activity of the antidepressant vortioxetine at human and rodent 5-HT receptors. 著者: Uriel López-Sánchez / Lachlan Jake Munro / Lucy Kate Ladefoged / Anders Juel Pedersen / Christian Colding Brun / Signe Meisner Lyngby / Delphine Baud / Céline Juillan-Binard / Miriam ...著者: Uriel López-Sánchez / Lachlan Jake Munro / Lucy Kate Ladefoged / Anders Juel Pedersen / Christian Colding Brun / Signe Meisner Lyngby / Delphine Baud / Céline Juillan-Binard / Miriam Grønborg Pedersen / Sarah C R Lummis / Benny Bang-Andersen / Birgit Schiøtt / Christophe Chipot / Guy Schoehn / Jacques Neyton / Francois Dehez / Hugues Nury / Anders S Kristensen / 要旨: Vortioxetine (VTX) is a recently approved antidepressant that targets a variety of serotonin receptors. Here, we investigate the drug's molecular mechanism of operation at the serotonin 5-HT receptor ...Vortioxetine (VTX) is a recently approved antidepressant that targets a variety of serotonin receptors. Here, we investigate the drug's molecular mechanism of operation at the serotonin 5-HT receptor (5-HTR), which features two properties: VTX acts differently on rodent and human 5-HTR, and VTX appears to suppress any subsequent response to agonists. Using a combination of cryo-EM, electrophysiology, voltage-clamp fluorometry and molecular dynamics, we show that VTX stabilizes a resting inhibited state of the mouse 5-HTR and an agonist-bound-like state of human 5-HTR, in line with the functional profile of the drug. We report four human 5-HTR structures and show that the human receptor transmembrane domain is intrinsically fragile. We also explain the lack of recovery after VTX administration via a membrane partition mechanism. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15699.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-15699-v30.xml emd-15699.xml | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15699_fsc.xml | 8.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15699.png | 51 KB | ||
マスクデータ | emd_15699_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-15699.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_15699_half_map_1.map.gz emd_15699_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15699 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15699 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15699.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Human serotonin 5-HT3A receptor. Resting conformation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.145 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15699_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Human serotonin 5-HT3A receptor. Resting conformation. Half map B
ファイル | emd_15699_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Human serotonin 5-HT3A receptor. Resting conformation. Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Human serotonin 5-HT3A receptor. Resting conformation. Half map A
ファイル | emd_15699_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Human serotonin 5-HT3A receptor. Resting conformation. Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human serotonin 5-HT3A receptor
全体 | 名称: Human serotonin 5-HT3A receptor |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Human serotonin 5-HT3A receptor
超分子 | 名称: Human serotonin 5-HT3A receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: apo, resting conformation |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
分子 | 名称: 5-hydroxytryptamine receptor 3A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 62.82182 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MLLWVQQALL ALLLPTLLAQ GEARRSWSHP QFEKGGGSGG GSGGGSWSHP QFEKGGGSGG GSGGGSWSHP QFEKGGGSGG GSGGGSWSH PQFEKENLYF QGSGRNTTRP ALLRLSDYLL TNYRKGVRPV RDWRKPTTVS IDVIVYAILN VDEKNQVLTT Y IWYRQYWT ...文字列: MLLWVQQALL ALLLPTLLAQ GEARRSWSHP QFEKGGGSGG GSGGGSWSHP QFEKGGGSGG GSGGGSWSHP QFEKGGGSGG GSGGGSWSH PQFEKENLYF QGSGRNTTRP ALLRLSDYLL TNYRKGVRPV RDWRKPTTVS IDVIVYAILN VDEKNQVLTT Y IWYRQYWT DEFLQWNPED FDNITKLSIP TDSIWVPDIL INEFVDVGKS PNIPYVYIRH QGEVQNYKPL QVVTACSLDI YN FPFDVQN CSLTFTSWLH TIQDINISLW RLPEKVKSDR SVFMNQGEWE LLGVLPYFRE FSMESSNYYA EMKFYVVIRR RPL FYVVSL LLPSIFLMVM DIVGFYLPPN SGERVSFKIT LLLGYSVFLI IVSDTLPATA IGTPLIGVYF VVCMALLVIS LAET IFIVR LVHKQDLQQP VPAWLRHLVL ERIAWLLCLR EQSTSQRPPA TSQATKTDDC SAMGNHCSHM GGPQDFEKSP RDRCS PPPP PREASLAVCG LLQELSSIRQ FLEKRDEIRE VARDWLRVGS VLDKLLFHIY LLAVLAYSIT LVMLWSIWQY A UniProtKB: 5-hydroxytryptamine receptor 3A |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6.0 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |