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万見
- EMDB-1569: Keyhole limpet hemocyanin (KLH): 9A cryoEM structure and molecula... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1569
タイトルKeyhole limpet hemocyanin (KLH): 9A cryoEM structure and molecular model of the didecamer reveal the interfaces and intricate topology of the 160 functional units
マップデータKeyhole Limpet Hemocyanin Isoform 1
試料
  • 試料: Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 1 (KLH1)
  • タンパク質・ペプチド: Keyhole Limpet hemocyanin Isoform 1
キーワードkeyhole limpet hemocyanin / KLH / Gastropoda / Megathura crenulata / oxygen carrier
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haemocyanin beta-sandwich domain / Haemocyanin C-terminal domain superfamily / Haemocyanin beta-sandwich / Tyrosinase CuA-binding region signature. / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemocyanin 1 / Hemocyanin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Megathura crenulata (無脊椎動物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 9.1 Å
データ登録者Gatsogiannis C / Markl J
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2009
タイトル: Keyhole limpet hemocyanin: 9-A CryoEM structure and molecular model of the KLH1 didecamer reveal the interfaces and intricate topology of the 160 functional units.
著者: Christos Gatsogiannis / Jürgen Markl /
要旨: Hemocyanins are blue copper-containing respiratory proteins in the hemolymph of many arthropods and molluscs. Molluscan hemocyanins are decamers, didecamers, or multidecamers of a 340- to 400-kDa ...Hemocyanins are blue copper-containing respiratory proteins in the hemolymph of many arthropods and molluscs. Molluscan hemocyanins are decamers, didecamers, or multidecamers of a 340- to 400-kDa polypeptide subunit containing seven or eight globular functional units (FUs; FU-a to FU-h), each with an oxygen-binding site. The decamers are short 35-nm hollow cylinders, with their lumen narrowed by a collar complex. Our recently published 9-A cryo-electron microscopy/crystal structure hybrid model of a 3.4-MDa cephalopod hemocyanin decamer [Nautilus pompilius hemocyanin (NpH)] revealed the pathway of the seven-FU subunit (340 kDa), 15 types of inter-FU interface, and an asymmetric collar consisting of five "arcs" (FU-g pairs). We now present a comparable hybrid model of an 8-MDa gastropod hemocyanin didecamer assembled from two asymmetric decamers [isoform keyhole limpet hemocyanin (KLH) 1 of the established immunogen KLH]. Compared to NpH, the KLH1 subunit (400 kDa) is C-terminally elongated by FU-h, which is further extended by a unique tail domain. We have found that the wall-and-arc structure of the KLH1 decamer is very similar to that of NpH. We have traced the subunit pathway and how it continues from KLH1-g to KLH1-h to form an annulus of five "slabs" (FU-h pairs) at one cylinder edge. The 15 types of inter-FU interface detected in NpH are also present in KLH1. Moreover, we have identified one arc/slab interface, two slab/slab interfaces, five slab/wall interfaces, and four decamer/decamer interfaces. The 27 interfaces are described on the basis of two subunit conformers, yielding an asymmetric homodimer. Six protrusions from the cryo-electron microscopy structure per subunit are associated with putative attachment sites for N-linked glycans, indicating a total of 120 sugar trees in KLH1. Also, putative binding sites for divalent cations have been detected. In conclusion, the present 9-A data on KLH1 confirm and substantially broaden our recent analysis of the smaller cephalopod hemocyanin and essentially solve the gastropod hemocyanin structure.
履歴
登録2008年10月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年10月7日-
マップ公開2010年11月12日-
更新2014年1月8日-
現状2014年1月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4bed
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4bed
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1569.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1569.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 339.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.24 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.006 / ムービー #1: 0.006
最小 - 最大-0.022887 - 0.036899
平均 (標準偏差)0.000381167 (±0.00267905)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-224-225-225
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 558 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.241.241.24
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z558.000558.000558.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-225-224-225
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-0.0230.0370.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 1 (KLH1)

全体名称: Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 1 (KLH1)
要素
  • 試料: Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 1 (KLH1)
  • タンパク質・ペプチド: Keyhole Limpet hemocyanin Isoform 1

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超分子 #1000: Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 1 (KLH1)

超分子名称: Keyhole Limpet Hemocyanin Isoform 1 (KLH1) / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: KLH1 is a didecamer of a 400 kDa subunit. Each subunit is composed by 8 paralogous O2 binding functional units
Number unique components: 1
分子量理論値: 8 MDa

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分子 #1: Keyhole Limpet hemocyanin Isoform 1

分子名称: Keyhole Limpet hemocyanin Isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: KLH1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Megathura crenulata (無脊椎動物)
分子量理論値: 8 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-Hcl, 150 mM NaCl, 5mM CaCl, 5mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryoEM, no stain
グリッド詳細: 400 mesh copper
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 86 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Home made. Vitrification carried out in 25 percent oxygen atmosphere
手法: Single side blotting and rapid plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度平均: 86 K
日付2007年7月25日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.24 µm / 実像数: 98 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan single-tilt cryoholde / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: CTFFIND3 and TRANSFER, IMAGIC 5
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC-5 / 使用した粒子像数: 4762

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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