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万見
- EMDB-15689: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with vortioxetine -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15689
タイトルMouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with vortioxetine
マップデータMouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with vortioxetine
試料
  • 複合体: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with vortioxetine
    • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: Vortioxetine
キーワードPentameric ligand-gated ion channel / Serotonin receptor / vortioxetine / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin receptor signaling pathway / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / serotonin binding / inorganic cation transmembrane transport / cleavage furrow / transmembrane transporter complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin receptor signaling pathway / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / serotonin binding / inorganic cation transmembrane transport / cleavage furrow / transmembrane transporter complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / 5-hydroxytryptamine 3 receptor / 5-hydroxytryptamine 3 receptor, A subunit / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel ...: / 5-hydroxytryptamine 3 receptor / 5-hydroxytryptamine 3 receptor, A subunit / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
5-hydroxytryptamine receptor 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Lopez-Sanchez U / Nury H
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)637733European Union
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural determinants for activity of the antidepressant vortioxetine at human and rodent 5-HT receptors.
著者: Uriel López-Sánchez / Lachlan Jake Munro / Lucy Kate Ladefoged / Anders Juel Pedersen / Christian Colding Brun / Signe Meisner Lyngby / Delphine Baud / Céline Juillan-Binard / Miriam ...著者: Uriel López-Sánchez / Lachlan Jake Munro / Lucy Kate Ladefoged / Anders Juel Pedersen / Christian Colding Brun / Signe Meisner Lyngby / Delphine Baud / Céline Juillan-Binard / Miriam Grønlund Pedersen / Sarah C R Lummis / Benny Bang-Andersen / Birgit Schiøtt / Christophe Chipot / Guy Schoehn / Jacques Neyton / Francois Dehez / Hugues Nury / Anders S Kristensen /
要旨: Vortioxetine (VTX) is a recently approved antidepressant that targets a variety of serotonin receptors. Here, we investigate the drug's molecular mechanism of operation at the serotonin 5-HT receptor ...Vortioxetine (VTX) is a recently approved antidepressant that targets a variety of serotonin receptors. Here, we investigate the drug's molecular mechanism of operation at the serotonin 5-HT receptor (5-HTR), which features two properties: VTX acts differently on rodent and human 5-HTR, and VTX appears to suppress any subsequent response to agonists. Using a combination of cryo-EM, electrophysiology, voltage-clamp fluorometry and molecular dynamics, we show that VTX stabilizes a resting inhibited state of the mouse 5-HTR and an agonist-bound-like state of human 5-HTR, in line with the functional profile of the drug. We report four human 5-HTR structures and show that the human receptor transmembrane domain is intrinsically fragile. We also explain the lack of recovery after VTX administration via a membrane partition mechanism.
履歴
登録2022年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月6日-
マップ公開2024年3月6日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15689.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15689.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with vortioxetine
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-3.555834 - 5.2026415
平均 (標準偏差)0.011679642 (±0.15464896)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 251.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15689_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with vortioxetine...

ファイルemd_15689_half_map_1.map
注釈Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with vortioxetine half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with vortioxetine...

ファイルemd_15689_half_map_2.map
注釈Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with vortioxetine half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with vortioxetine

全体名称: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with vortioxetine
要素
  • 複合体: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with vortioxetine
    • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: Vortioxetine

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超分子 #1: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with vortioxetine

超分子名称: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with vortioxetine
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Homopentameric complex of 5-HT3A receptor subunits
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: 5-hydroxytryptamine receptor 3A

分子名称: 5-hydroxytryptamine receptor 3A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 63.765852 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRLCIPQVLL ALFLSMLTGP GEGSRRRWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWS HPQFEKENLY FQGSGATQAR DTTQPALLRL SDHLLANYKK GVRPVRDWRK PTTVSIDVIM YAILNVDEKN Q VLTTYIWY ...文字列:
MRLCIPQVLL ALFLSMLTGP GEGSRRRWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWS HPQFEKENLY FQGSGATQAR DTTQPALLRL SDHLLANYKK GVRPVRDWRK PTTVSIDVIM YAILNVDEKN Q VLTTYIWY RQYWTDEFLQ WTPEDFDNVT KLSIPTDSIW VPDILINEFV DVGKSPNIPY VYVHHRGEVQ NYKPLQLVTA CS LDIYNFP FDVQNCSLTF TSWLHTIQDI NITLWRSPEE VRSDKSIFIN QGEWELLEVF PQFKEFSIDI SNSYAEMKFY VII RRRPLF YAVSLLLPSI FLMVVDIVGF CLPPDSGERV SFKITLLLGY SVFLIIVSDT LPATAIGTPL IGVYFVVCMA LLVI SLAET IFIVRLVHKQ DLQRPVPDWL RHLVLDRAAW ILCLGEQPMA HRPPATFQAN KTDDCSGSDL LPAMGNHCSH VGGPQ DLEK TPRGRGSPLP PPREASLAVR GLLQELSSIR HFLEKRDEMR EVARDWLRVG YVLDRLLFRI YLLAVLAYSI TLVTLW SIW HLW

UniProtKB: 5-hydroxytryptamine receptor 3A

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #5: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #6: Vortioxetine

分子名称: Vortioxetine / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 5 / 式: VTX
分子量理論値: 298.446 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 37.73 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

10673

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.1) / 使用した粒子像数: 35013
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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