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- EMDB-15522: RCII/PSI complex, class 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15522
タイトルRCII/PSI complex, class 3
マップデータ
試料
  • 複合体: RCII/PSI complex
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
  • タンパク質・ペプチド: x 4種
  • リガンド: x 15種
キーワードphotosystem / assembly factor / membrane protein (膜タンパク質) / PHOTOSYNTHESIS (光合成)
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / plasma membrane-derived photosystem I / チラコイド / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / 光化学系II / photosystem II reaction center / photosystem I reaction center / 光化学系I / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor ...plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / plasma membrane-derived photosystem I / チラコイド / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / 光化学系II / photosystem II reaction center / photosystem I reaction center / 光化学系I / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / 光化学系I / response to herbicide / 光化学系II / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / magnesium ion binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthesis system II assembly factor Ycf48/Hcf136 / Photosynthesis system II assembly factor Ycf48/Hcf136-like domain / Photosynthesis system II assembly factor YCF48 / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. ...Photosynthesis system II assembly factor Ycf48/Hcf136 / Photosynthesis system II assembly factor Ycf48/Hcf136-like domain / Photosynthesis system II assembly factor YCF48 / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II D2 protein / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem II protein D1 2 / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I iron-sulfur center ...Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II D2 protein / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem II protein D1 2 / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem II assembly lipoprotein Ycf48 / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhao Z / Vercellino I / Knoppova J / Sobotka R / Murray JW / Nixon PJ / Sazanov LA / Komenda J
資金援助 英国, European Union, チェコ, 5件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L003260/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P00931X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P00931X/1 英国
European Research Council (ERC)854126European Union
Czech Science Foundation19-29225X チェコ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The Ycf48 accessory factor occupies the site of the oxygen-evolving manganese cluster during photosystem II biogenesis.
著者: Ziyu Zhao / Irene Vercellino / Jana Knoppová / Roman Sobotka / James W Murray / Peter J Nixon / Leonid A Sazanov / Josef Komenda /
要旨: Robust oxygenic photosynthesis requires a suite of accessory factors to ensure efficient assembly and repair of the oxygen-evolving photosystem two (PSII) complex. The highly conserved Ycf48 assembly ...Robust oxygenic photosynthesis requires a suite of accessory factors to ensure efficient assembly and repair of the oxygen-evolving photosystem two (PSII) complex. The highly conserved Ycf48 assembly factor binds to the newly synthesized D1 reaction center polypeptide and promotes the initial steps of PSII assembly, but its binding site is unclear. Here we use cryo-electron microscopy to determine the structure of a cyanobacterial PSII D1/D2 reaction center assembly complex with Ycf48 attached. Ycf48, a 7-bladed beta propeller, binds to the amino-acid residues of D1 that ultimately ligate the water-oxidising MnCaO cluster, thereby preventing the premature binding of Mn and Ca ions and protecting the site from damage. Interactions with D2 help explain how Ycf48 promotes assembly of the D1/D2 complex. Overall, our work provides valuable insights into the early stages of PSII assembly and the structural changes that create the binding site for the MnCaO cluster.
履歴
登録2022年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2023年8月16日-
現状2023年8月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15522.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15522.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.22 Å/pix.
x 400 pix.
= 488. Å		1.22 Å/pix.
x 400 pix.
= 488. Å		1.22 Å/pix.
x 400 pix.
= 488. Å

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投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.22 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0845
最小 - 最大-0.10426141 - 0.5101757
平均 (標準偏差)-0.0000010006518 (±0.010567107)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 488.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_15522_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_15522_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RCII/PSI complex

全体名称: RCII/PSI complex
要素
  • 複合体: RCII/PSI complex
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II assembly lipoprotein Ycf48光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII光化学系I
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1 2光化学系II
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein光化学系II
  • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI光化学系I
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: PHEOPHYTIN Aフェオフィチン
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: PHYLLOQUINONEフィロキノン
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: beta,beta-carotene-4,4'-dione
  • リガンド: beta,beta-caroten-4-one
  • リガンド: (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one
  • リガンド: (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

+
超分子 #1: RCII/PSI complex

超分子名称: RCII/PSI complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3, #5-#15, #17
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: His-D2/DeltaCP47

+
分子 #1: Photosystem II protein D1 2

分子名称: Photosystem II protein D1 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: PsbA2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系II
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 38.280531 KDa
組換発現生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
配列文字列: MTTTLQQRES ASLWEQFCQW VTSTNNRIYV GWFGTLMIPT LLTATTCFII AFIAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIISG AVVPSSNAI GLHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLVVFHF LIGIFCYMGR QWELSYRLGM RPWICVAYSA PVSAATAVFL I YPIGQGSF ...文字列:
MTTTLQQRES ASLWEQFCQW VTSTNNRIYV GWFGTLMIPT LLTATTCFII AFIAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIISG AVVPSSNAI GLHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLVVFHF LIGIFCYMGR QWELSYRLGM RPWICVAYSA PVSAATAVFL I YPIGQGSF SDGMPLGISG TFNFMIVFQA EHNILMHPFH MLGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLVRETT EVESQNYGYK FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFNN SRSLHFFLGA WPVIGIWFTA MGVSTMAFNL NGFNFNQSIL DSQGRVIGTW ADV LNRANI GFEVMHERNA HNFPLDLA

UniProtKB: Photosystem II protein D1 2

+
分子 #2: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: PsbD / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系II
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 37.816359 KDa
組換発現生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
配列文字列: MHHHHHHTIA VGRAPVERGW FDVLDDWLKR DRFVFIGWSG LLLFPCAFMA LGGWLTGTTF VTSWYTHGLA SSYLEGANFL TVAVSSPAD AFGHSLLFLW GPEAQGNLTR WFQIGGLWPF VALHGAFGLI GFMLRQFEIS RLVGIRPYNA IAFSGPIAVF V SVFLMYPL ...文字列:
MHHHHHHTIA VGRAPVERGW FDVLDDWLKR DRFVFIGWSG LLLFPCAFMA LGGWLTGTTF VTSWYTHGLA SSYLEGANFL TVAVSSPAD AFGHSLLFLW GPEAQGNLTR WFQIGGLWPF VALHGAFGLI GFMLRQFEIS RLVGIRPYNA IAFSGPIAVF V SVFLMYPL GQSSWFFAPS FGVAGIFRFI LFLQGFHNWT LNPFHMMGVA GILGGALLCA IHGATVENTL FEDGEDSNTF RA FEPTQAE ETYSMVTANR FWSQIFGIAF SNKRWLHFFM LFVPVTGLWM SSVGIVGLAL NLRAYDFVSQ ELRAAEDPEF ETF YTKNIL LNEGMRAWMA

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #3: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 9.454577 KDa
組換発現生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
配列文字列:
MSGTTGERPF SDIVTSIRYW VIHSITIPML FIAGWLFVST GLAYDAFGTP RPDEYFTQTR QELPILQERY DINQEIQEFN Q

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #4: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 4.935784 KDa
組換発現生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
配列文字列:
MATQNPNQPV TYPIFTVRWL AVHTLAVPSV FFVGAIAAMQ FIQR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #5: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 4.310109 KDa
組換発現生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
配列文字列:
MLTLKIAVYI VVGLFISLFI FGFLSSDPTR NPGRKDFE

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #6: Photosystem II assembly lipoprotein Ycf48

分子名称: Photosystem II assembly lipoprotein Ycf48 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 37.321719 KDa
組換発現生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
配列文字列: MPVKFPSLKF EQLKQLVLVA AIAVFCVSCS HVPDLAFNPW QEIALETDST FADIAFTEDP NHGWLVGTKE TIFETTDGGD TWEQKLIDL GEEKASFSAV SFSGNEGWIT GKPSILLHTT DGGQTWARIP LSEKLPGAPY SIIALGPQTA EMITDLGAIY K TTNGGKNW ...文字列:
MPVKFPSLKF EQLKQLVLVA AIAVFCVSCS HVPDLAFNPW QEIALETDST FADIAFTEDP NHGWLVGTKE TIFETTDGGD TWEQKLIDL GEEKASFSAV SFSGNEGWIT GKPSILLHTT DGGQTWARIP LSEKLPGAPY SIIALGPQTA EMITDLGAIY K TTNGGKNW KALVEGAVGV ARTIQRSTDG RYVAVSARGN FYSTWAPGQT EWTPHNRNSS RRLQTMGYGK DGQLWLLARG GQ LQFSTDP DAEEWSDVIA PQDKGSWGLL DLSFRTPEEV WVAGASGNLL MSQDGGQTWA KDTGVEDIPA NLYRVVFLSP EKG FVLGQD GILLKYNPST EVAMVP

UniProtKB: Photosystem II assembly lipoprotein Ycf48

+
分子 #7: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 83.036398 KDa
組換発現生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
配列文字列: MTISPPEREA KAKVSVDNNP VPTSFEKWGK PGHFDRTLAR GPKTTTWIWN LHANAHDFDS QTSDLEDVSR KIFSAHFGHL AVVFVWLSG MYFHGAKFSN YEGWLADPTH IKPSAQVVWP IVGQGILNGD VGGGFHGIQI TSGLFYLWRA SGFTDSYQLY C TAIGGLVM ...文字列:
MTISPPEREA KAKVSVDNNP VPTSFEKWGK PGHFDRTLAR GPKTTTWIWN LHANAHDFDS QTSDLEDVSR KIFSAHFGHL AVVFVWLSG MYFHGAKFSN YEGWLADPTH IKPSAQVVWP IVGQGILNGD VGGGFHGIQI TSGLFYLWRA SGFTDSYQLY C TAIGGLVM AALMLFAGWF HYHVKAPKLE WFQNVESMMN HHLAGLLGLG SLGWAGHQIH VSMPINKLLD AGVAPKDIPL PH EFILEPS KMAELYPSFA QGLTPFFTLN WGVYSDFLTF KGGLNPVTGG LWLSDTAHHH LAIAVLFIIA GHMYRTNWGI GHS MKEILE AHKGPFTGEG HKGLYEILTT SWHAQLAINL ALLGSLTIIV AQHMYAMPPY PYQAIDYATQ LSLFTHHMWI GGFL IVGAG AHGAIFMVRD YDPAKNVNNL LDRMLRHRDA IISHLNWVCI FLGFHSFGLY IHNDTMRALG RPQDMFSDTA IQLQP IFAQ WVQHLHTLAP GATAPNALAT ASYAFGGETI AVAGKVAMMP ITLGTADFMV HHIHAFTIHV TALILLKGVL YARSSR LVP DKANLGFRFP CDGPGRGGTC QVSGWDHVFL GLFWMYNSLS IVIFHFSWKM QSDVWGTVSP DGSVTHVTLG NFAQSAI TI NGWLRDFLWA QAANVINSYG SALSAYGIMF LAGHFVFAFS LMFLFSGRGY WQELIESIVW AHNKLNVAPA IQPRALSI I QGRAVGVAHY LLGGIVTTWA FFLARSLSIG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #8: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 81.369531 KDa
組換発現生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
配列文字列: MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYGIATAHD FETHDGMTEE NLYQKIFASH FGHIAIIFLW TSGTLFHVAW QGNFEQWIKD PLNIRPIAH AIWDPHFGEG AVNAFTQAGA SNPVNIAYSG VYHWFYTIGM TTNQELYSGA VFLLVLASLF LFAGWLHLQP K FRPSLAWF ...文字列:
MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYGIATAHD FETHDGMTEE NLYQKIFASH FGHIAIIFLW TSGTLFHVAW QGNFEQWIKD PLNIRPIAH AIWDPHFGEG AVNAFTQAGA SNPVNIAYSG VYHWFYTIGM TTNQELYSGA VFLLVLASLF LFAGWLHLQP K FRPSLAWF KNAESRLNHH LAGLFGVSSL AWAGHLVHVA IPEARGQHVG WDNFLSTPPH PAGLMPFFTG NWGVYAADPD TA GHIFGTS EGAGTAILTF LGGFHPQTES LWLTDIAHHH LAIAVIFIIA GHMYRTNWGI GHSIKEILNA HKGPLTGAGH TNL YDTINN SLHFQLGLAL ASLGVITSLV AQHMYSLPSY AFIAQDHTTQ AALYTHHQYI AGFLMVGAFA HGAIFFVRDY DPVA NKDNV LARMLEHKEA LISHLSWVSL FLGFHTLGLY VHNDVVVAFG TPEKQILIEP VFAQWIQATS GKALYGFDVL LSNPD SIAS TTGAAWLPGW LDAINSGTNS LFLTIGPGDF LVHHAIALGL HTTALILIKG ALDARGSKLM PDKKDFGYSF PCDGPG RGG TCDISAWDAF YLAMFWMLNT LGWLTFYWHW KHLGVWSGNV AQFNENSTYL MGWFRDYLWA NSAQLINGYN PYGVNNL SV WAWMFLFGHL VWATGFMFLI SWRGYWQELI ETIVWAHERT PLANLVRWKD KPVALSIVQA RLVGLAHFTV GYVLTYAA F LIASTAGKFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #9: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 8.837261 KDa
組換発現生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
配列文字列:
MSHSVKIYDT CIGCTQCVRA CPLDVLEMVP WDGCKAAQIA SSPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLG AETTRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 15.663749 KDa
組換発現生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
配列文字列:
MTELSGQPPK FGGSTGGLLS KANREEKYAI TWTSASEQVF EMPTGGAAIM NEGENLLYLA RKEQCLALGT QLRTKFKPKI QDYKIYRVY PSGEVQYLHP ADGVFPEKVN EGREAQGTKT RRIGQNPEPV TIKFSGKAPY EV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 8.154086 KDa
組換発現生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
配列文字列:
MALNRGDKVR IKRTESYWYG DVGTVASVEK SGILYPVIVR FDRVNYNGFS GSASGVNTNN FAENELELVQ AAAK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #12: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 18.267082 KDa
組換発現生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
配列文字列:
MKHLLALLLA FTLWFNFAPS ASADDFANLT PCSENPAYLA KSKNFLNTTN DPNSGKIRAE RYASALCGPE GYPHLIVDGR FTHAGDFLI PSILFLYIAG WIGWVGRSYL IEIRESKNPE MQEVVINVPL AIKKMLGGFL WPLAAVGEYT SGKLVMKDSE I PTSPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #13: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 4.414148 KDa
組換発現生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
配列文字列:
MDGSYAASYL PWILIPMVGW LFPAVTMGLL FIHIESEGEG

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #14: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 4.535415 KDa
組換発現生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
配列文字列:
MDGLKSFLST APVMIMALLT FTAGILIEFN RFYPDLLFHP

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #15: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 8.649268 KDa
組換発現生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
配列文字列:
MHSFLLATAV PATLSWSPKV AGVMIACNIL AIAFGKLTIK QQNVGTPMPS SNFFGGFGLG AVLGTASFGH ILGAGVILGL ANMGVL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1

+
分子 #16: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 詳細: PsaL / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 16.631795 KDa
組換発現生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
配列文字列:
MAESNQVVQA YNGDPFVGHL STPISDSAFT RTFIGNLPAY RKGLSPILRG LEVGMAHGYF LIGPWTLLGP LRDSEYQYIG GLIGALALI LVATAALSSY GLVTFQGEQG SGDTLQTADG WSQFAAGFFV GGMGGAFVAY FLLENLSVVD GIFRGLFN

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #17: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa
分子量理論値: 3.382063 KDa
組換発現生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
配列文字列:
MALSDTQILA ALVVALLPAF LAFRLSTELY K

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #18: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #19: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 101 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #20: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 2 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略) / フェオフィチン

+
分子 #21: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 19 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #22: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

+
分子 #23: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa

+
分子 #24: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

+
分子 #25: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #26: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 5 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #27: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 4 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #28: beta,beta-carotene-4,4'-dione

分子名称: beta,beta-carotene-4,4'-dione / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 1 / 式: 45D
分子量理論値: 564.84 Da
Chemical component information

ChemComp-45D:
beta,beta-carotene-4,4'-dione / カンタキサンチン / カンタキサンチン

+
分子 #29: beta,beta-caroten-4-one

分子名称: beta,beta-caroten-4-one / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: ECH
分子量理論値: 550.856 Da
Chemical component information

ChemComp-ECH:
beta,beta-caroten-4-one / (9′Z)-β-エキネノン / Echinenone

+
分子 #30: (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one

分子名称: (3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 1 / 式: EQ3
分子量理論値: 566.856 Da
Chemical component information

ChemComp-EQ3:
(3'R)-3'-hydroxy-beta,beta-caroten-4-one / 3′-ヒドロキシエキネノン / 3'-Hydroxyechinenone

+
分子 #31: (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,...

分子名称: (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 2 / 式: ZEX
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-ZEX:
(1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol

+
分子 #32: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 1 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2853 / 平均電子線量: 90.9 e/Å2

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 1250000
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6wj6


詳細: 6wj6 was used for RCII, 5ojp for Ycf48 , 5oy0 for PSI
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 80000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
詳細: 80000 particles on average were in the two good classes, while the residual junk only contained c.a. 15000
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 178513
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6wj6

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6wj6

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6wj6

chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6wj6

chain_id: F, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6wj6

chain_id: I, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5oy0

chain_id: a, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5oy0

chain_id: b, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5oy0

chain_id: c, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5oy0

chain_id: d, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5oy0

chain_id: e, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5oy0

chain_id: f, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5oy0

chain_id: j, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5oy0

chain_id: k, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5oy0

chain_id: l, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5oy0

chain_id: l, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

2xbg

chain_id: S, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8am5:
RCII/PSI complex, class 3

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る