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- EMDB-15389: 3 A CRYO-EM STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FERRITIN FROM... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15389
タイトル3 A CRYO-EM STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FERRITIN FROM TIMEPIX3 detector
マップデータThe map is sharpened by Locspiral.
試料
  • 複合体: MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FERRITIN
    • タンパク質・ペプチド: Ferritin BfrB
  • リガンド: water
キーワードIRON STORAGE / FERROXIDASE / BACTERIAL FERRITIN / OCTAHEDRAL SYMMETRY. / METAL TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Mtb iron assimilation by chelation / response to nitrosative stress / encapsulin nanocompartment / iron ion sequestering activity / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / peptidoglycan-based cell wall / ferrous iron binding ...Mtb iron assimilation by chelation / response to nitrosative stress / encapsulin nanocompartment / iron ion sequestering activity / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / peptidoglycan-based cell wall / ferrous iron binding / iron ion transport / response to hypoxia / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterioferritin BfrB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Zhang Y / van Schayck JP / Knoops K / Peters PJ / Ravelli RBG
資金援助 オランダ, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)31.014.248 オランダ
European Union (EU)76697European Union
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Mycobacterium tuberculosis ferritin: a suitable workhorse protein for cryo-EM development.
著者: Abril Gijsbers / Yue Zhang / Ye Gao / Peter J Peters / Raimond B G Ravelli /
要旨: The use of cryo-EM continues to expand worldwide and calls for good-quality standard proteins with simple protocols for their production. Here, a straightforward expression and purification protocol ...The use of cryo-EM continues to expand worldwide and calls for good-quality standard proteins with simple protocols for their production. Here, a straightforward expression and purification protocol is presented that provides an apoferritin, bacterioferritin B (BfrB), from Mycobacterium tuberculosis with high yield and purity. A 2.12 Å resolution cryo-EM structure of BfrB is reported, showing the typical cage-like oligomer constituting of 24 monomers related by 432 symmetry. However, it also contains a unique C-terminal extension (164-181), which loops into the cage region of the shell and provides extra stability to the protein. Part of this region was ambiguous in previous crystal structures but could be built within the cryo-EM map. These findings and this protocol could serve the growing cryo-EM community in characterizing and pushing the limits of their electron microscopes and workflows.
履歴
登録2022年7月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月18日-
マップ公開2023年1月18日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15389.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15389.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 229.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The map is sharpened by Locspiral.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.6 Å/pix.
x 392 pix.
= 235.2 Å		0.6 Å/pix.
x 392 pix.
= 235.2 Å		0.6 Å/pix.
x 392 pix.
= 235.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.5
最小 - 最大0.0 - 19.51117
平均 (標準偏差)0.33478373 (±1.1990533)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ392392392
Spacing392392392
セルA=B=C: 235.20001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15389_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: The map is sharpened by Relion postprocessing.

ファイルemd_15389_additional_1.map
注釈The map is sharpened by Relion postprocessing.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15389_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15389_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FERRITIN

全体名称: MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FERRITIN
要素
  • 複合体: MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FERRITIN
    • タンパク質・ペプチド: Ferritin BfrB
  • リガンド: water

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超分子 #1: MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FERRITIN

超分子名称: MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FERRITIN / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FERRITIN
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

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分子 #1: Ferritin BfrB

分子名称: Ferritin BfrB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferroxidase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 20.463936 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MTEYEGPKTK FHALMQEQIH NEFTAAQQYV AIAVYFDSED LPQLAKHFYS QAVEERNHAM MLVQHLLDRD LRVEIPGVDT VRNQFDRPR EALALALDQE RTVTDQVGRL TAVARDEGDF LGEQFMQWFL QEQIEEVALM ATLVRVADRA GANLFELENF V AREVDVAP AASGAPHAAG GRL

UniProtKB: Bacterioferritin BfrB

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 240 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度40 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
ソフトウェア名称: SerialEM (ver. 4.0)
詳細BASIC DIRECT ALIGNMENTS WERE DONE AS WELL AS ASTIGMATISM AND COMA ALIGNMENT USING AUTOCTF
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 512 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 512 pixel / 実像数: 2977 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 215000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

Image processing ID1
詳細Timepix3
粒子像選択選択した数: 14911
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7o6e

最終 再構成想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 11422
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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画像解析 #2

Image processing ID2
詳細Timepix3
粒子像選択選択した数: 14911
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7o6e

最終 再構成想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 11422
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7o6e


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 79.7 / 当てはまり具合の基準: CORRELATION COEFFICIENT
得られたモデル

PDB-8aey:
3 A CRYO-EM STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS FERRITIN FROM TIMEPIX3 detector

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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