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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15377 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of full-length human immunoglobulin M - F(ab')2 conformation 3 | |||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) / human (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Chen Q / Rosenthal P / Tolar P | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Cryomicroscopy reveals the structural basis for a flexible hinge motion in the immunoglobulin M pentamer. 著者: Qu Chen / Rajesh Menon / Lesley J Calder / Pavel Tolar / Peter B Rosenthal / 要旨: Immunoglobulin M (IgM) is the most ancient of the five isotypes of immunoglobulin (Ig) molecules and serves as the first line of defence against pathogens. Here, we use cryo-EM to image the structure ...Immunoglobulin M (IgM) is the most ancient of the five isotypes of immunoglobulin (Ig) molecules and serves as the first line of defence against pathogens. Here, we use cryo-EM to image the structure of the human full-length IgM pentamer, revealing antigen binding domains flexibly attached to the asymmetric and rigid core formed by the Cμ4 and Cμ3 constant regions and the J-chain. A hinge is located at the Cμ3/Cμ2 domain interface, allowing Fabs and Cμ2 to pivot as a unit both in-plane and out-of-plane. This motion is different from that observed in IgG and IgA, where the two Fab arms are able to swing independently. A biased orientation of one pair of Fab arms results from asymmetry in the constant domain (Cμ3) at the IgM subunit interacting most extensively with the J-chain. This may influence the multi-valent binding to surface-associated antigens and complement pathway activation. By comparison, the structure of the Fc fragment in the IgM monomer is similar to that of the pentamer, but is more dynamic in the Cμ4 domain. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15377.map.gz | 51.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15377-v30.xml emd-15377.xml | 21.2 KB 21.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15377_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15377.png | 43.1 KB | ||
マスクデータ | emd_15377_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_15377_additional_1.map.gz emd_15377_half_map_1.map.gz emd_15377_half_map_2.map.gz | 53 MB 95.6 MB 95.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15377 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15377 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15377_validation.pdf.gz | 681.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15377_full_validation.pdf.gz | 681.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15377_validation.xml.gz | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15377_validation.cif.gz | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15377 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15377 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15377.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.18 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15377_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_15377_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15377_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15377_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Full-length human IgM pentamer
全体 | 名称: Full-length human IgM pentamer |
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要素 |
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-超分子 #1: Full-length human IgM pentamer
超分子 | 名称: Full-length human IgM pentamer / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: IgM Fab, light chain
分子 | 名称: IgM Fab, light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: human (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.367873 KDa |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASETVS NDKVAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLSISGLE PEDFVVYYC QQYASSPRTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASETVS NDKVAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLSISGLE PEDFVVYYC QQYASSPRTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #2: IgM Fab, heavy chain
分子 | 名称: IgM Fab, heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: human (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.57473 KDa |
配列 | 文字列: QVTLKESGPT LVKPTQTLTL TCTFSGFSLT TTGEGVGWIR QPPGKALEFL AFIYWNDAKR YNPSLQSRLT ITKDASKKQV VLTLTNLDP VDTATYYCAR TSGWDIEFEY WGQGTLVTVS SGSASAPTLF PLVSCENSSP SSTVAVGCLA QDFLPDSITF S WKYKNNSD ...文字列: QVTLKESGPT LVKPTQTLTL TCTFSGFSLT TTGEGVGWIR QPPGKALEFL AFIYWNDAKR YNPSLQSRLT ITKDASKKQV VLTLTNLDP VDTATYYCAR TSGWDIEFEY WGQGTLVTVS SGSASAPTLF PLVSCENSSP SSTVAVGCLA QDFLPDSITF S WKYKNNSD ISSTRGFPSV LRGGKYAATS QVLLPSKDVM QGTDEHVVCK VQHPNGNKEK DVPLPVVI |
-分子 #3: IgM C2-domain from mouse
分子 | 名称: IgM C2-domain from mouse / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: human (ヒト) |
分子量 | 理論値: 12.769625 KDa |
配列 | 文字列: MGIPAVAEMN PNVNVFVPPR DGFSGPAPRK SKLICEATNF TPKPITVSWL KDGKLVESGF TTDPVTIENK GSTPQTYKVI STLTISEID WLNLNVYTCR VDHRGLTFLK NVSSTCAA |
-分子 #4: Immunoglobulin heavy constant mu
分子 | 名称: Immunoglobulin heavy constant mu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: human (ヒト) |
分子量 | 理論値: 41.875766 KDa |
配列 | 文字列: ASAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KIDTTIAELP PKVSVFVPPR DGFFGNPRKS KLICQATGFS PRQIQVSWLR EGKQVGSGV TTDQVQAEAK ESGPTTYKVT STLTIKESDW LGQSMFTCRV DHRGLTFQQN ASSMCVPDQD TAIRVFAIPP S FASIFLTK ...文字列: ASAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KIDTTIAELP PKVSVFVPPR DGFFGNPRKS KLICQATGFS PRQIQVSWLR EGKQVGSGV TTDQVQAEAK ESGPTTYKVT STLTIKESDW LGQSMFTCRV DHRGLTFQQN ASSMCVPDQD TAIRVFAIPP S FASIFLTK STKLTCLVTD LTTYDSVTIS WTRQNGEAVK THTNISESHP NATFSAVGEA SICEDDWNSG ERFTCTVTHT DL PSPLKQT ISRPKGVALH RPDVYLLPPA REQLNLRESA TITCLVTGFS PADVFVQWMQ RGQPLSPEKY VTSAPMPEPQ APG RYFAHS ILTVSEEEWN TGETYTCVVA HEALPNRVTE RTVDKSTGKP TLYNVSLVMS DTAGTCY |
-分子 #5: Immunoglobulin J chain
分子 | 名称: Immunoglobulin J chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: human (ヒト) |
分子量 | 理論値: 15.483329 KDa |
配列 | 文字列: EDERIVLVDN KCKCARITSR IIRSSEDPNE DIVERNIRII VPLNNRENIS DPTSPLRTRF VYHLSDLCKK CDPTEVELDN QIVTATQSN ICDEDSATET CYTYDRNKCY TAVVPLVYGG ETKMVETALT PDACYPD |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 10 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 34.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 128440 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |