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- EMDB-15365: Vairimorpha necatrix 20S proteasome from spores -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15365
タイトルVairimorpha necatrix 20S proteasome from spores
マップデータ
試料
  • 複合体: 20S proteasome
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
キーワードPeptidase Activity / Reductive Evolution / Bound Peptide / Microsporidia / HYDROLASE
生物種Vairimorpha necatrix (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Jespersen N / Ehrenbolger K / Winiger R / Svedberg D / Vossbrinck CR / Barandun J
資金援助 スウェーデン, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2019-02011 スウェーデン
European Research Council (ERC)948655European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of the reduced microsporidian proteasome bound by PI31-like peptides in dormant spores.
著者: Nathan Jespersen / Kai Ehrenbolger / Rahel R Winiger / Dennis Svedberg / Charles R Vossbrinck / Jonas Barandun /
要旨: Proteasomes play an essential role in the life cycle of intracellular pathogens with extracellular stages by ensuring proteostasis in environments with limited resources. In microsporidia, divergent ...Proteasomes play an essential role in the life cycle of intracellular pathogens with extracellular stages by ensuring proteostasis in environments with limited resources. In microsporidia, divergent parasites with extraordinarily streamlined genomes, the proteasome complexity and structure are unknown, which limits our understanding of how these unique pathogens adapt and compact essential eukaryotic complexes. We present cryo-electron microscopy structures of the microsporidian 20S and 26S proteasome isolated from dormant or germinated Vairimorpha necatrix spores. The discovery of PI31-like peptides, known to inhibit proteasome activity, bound simultaneously to all six active sites within the central cavity of the dormant spore proteasome, suggests reduced activity in the environmental stage. In contrast, the absence of the PI31-like peptides and the existence of 26S particles post-germination in the presence of ATP indicates that proteasomes are reactivated in nutrient-rich conditions. Structural and phylogenetic analyses reveal that microsporidian proteasomes have undergone extensive reductive evolution, lost at least two regulatory proteins, and compacted nearly every subunit. The highly derived structure of the microsporidian proteasome, and the minimized version of PI31 presented here, reinforce the feasibility of the development of specific inhibitors and provide insight into the unique evolution and biology of these medically and economically important pathogens.
履歴
登録2022年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15365.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15365.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 400 pix.
= 416.8 Å		1.04 Å/pix.
x 400 pix.
= 416.8 Å		1.04 Å/pix.
x 400 pix.
= 416.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.042 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-2.3581913 - 4.4773793
平均 (標準偏差)0.0010418438 (±0.13545288)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 416.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15365_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15365_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : 20S proteasome

全体名称: 20S proteasome
要素
  • 複合体: 20S proteasome
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome Inhibitor 31-Like
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-7
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-7
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-1

+
超分子 #1: 20S proteasome

超分子名称: 20S proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Purified from spores
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)

+
分子 #1: Proteasome Inhibitor 31-Like

分子名称: Proteasome Inhibitor 31-Like / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
分子量理論値: 17.070094 KDa
組換発現生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
配列文字列:
MDFQDYIQSL KKDFKLVKIN DHTYILHKNK KTLELTPDKM YNIQEINDIL NVSYPDISYD RNLEDLGSKN KGILNGFGNV GEDDLHPQI GRRKGKKKGA IFSPEEFKEE EDSDGIDKTD IFPLKKKRDP DSDHFKKTGG DDDNPFLY

+
分子 #2: Proteasome subunit alpha type-2

分子名称: Proteasome subunit alpha type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
分子量理論値: 25.849268 KDa
組換発現生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
配列文字列: MFLDTHKQLT LFTSEGKLDQ CDNALKAATQ GSLSVGCVSE NGVVLASLKE SNNLVILSEY KKIYQISPNL GITYSGCQPD FRIQYNLSL KISEEYTDIY STNIPIRLFV EQFSRQIQEY TIKKGYRPFG TLLLIVGDNK MYRVDPSGSY TSLQVGTIGR E YTESGRLL ...文字列:
MFLDTHKQLT LFTSEGKLDQ CDNALKAATQ GSLSVGCVSE NGVVLASLKE SNNLVILSEY KKIYQISPNL GITYSGCQPD FRIQYNLSL KISEEYTDIY STNIPIRLFV EQFSRQIQEY TIKKGYRPFG TLLLIVGDNK MYRVDPSGSY TSLQVGTIGR E YTESGRLL ERRKGMLDDN ISTCVECIRE YCGRSVKSED IDIGVYRGQE FRVYSKEEVQ EVFDSINKI

+
分子 #3: Proteasome subunit alpha type-3

分子名称: Proteasome subunit alpha type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
分子量理論値: 26.84858 KDa
組換発現生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
配列文字列: MSSNTFTEEG RLLQTEYAIK NVSKGGTIIG LVCKDGVILL GINKTELLDE REKIYKINPK VYVSVSGLFG DAMLLKKYGQ VKAQDFLYE FDYDCDIDRI CNFISEKKQL FTQYNSTRPF GFSFIYAGMK NNKFKLCSTD PSGTINEWKG VCFGENEDAI N NGLRNDFP ...文字列:
MSSNTFTEEG RLLQTEYAIK NVSKGGTIIG LVCKDGVILL GINKTELLDE REKIYKINPK VYVSVSGLFG DAMLLKKYGQ VKAQDFLYE FDYDCDIDRI CNFISEKKQL FTQYNSTRPF GFSFIYAGMK NNKFKLCSTD PSGTINEWKG VCFGENEDAI N NGLRNDFP DEEMDMERGL FEIFKILSKV TECSAKDHKK YEILYFKNEE SRFLEFEEIE NILLRIEEEK NKK

+
分子 #4: Proteasome subunit alpha type-4

分子名称: Proteasome subunit alpha type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
分子量理論値: 25.596154 KDa
組換発現生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
配列文字列: MEYENALGIF SPDGRLIQVE YAQQASEQGS LVVFSSDTNE ICLSIETKTH NKMLIDQNKL LPVDKDLNIW YTFSGIKPDS YKVLNEARL ICRNYKIKTG TNISFDELAY ELSLYKQKFT LDSSMRPFGI RSILLQVKDM AKIYVLEPDG NYSEYKCGAV G QKSVSVCE ...文字列:
MEYENALGIF SPDGRLIQVE YAQQASEQGS LVVFSSDTNE ICLSIETKTH NKMLIDQNKL LPVDKDLNIW YTFSGIKPDS YKVLNEARL ICRNYKIKTG TNISFDELAY ELSLYKQKFT LDSSMRPFGI RSILLQVKDM AKIYVLEPDG NYSEYKCGAV G QKSVSVCE YLEKCEEEDI IFRSVSGLGT VVQSDKNKVM SYVISKDEIR RVEDETVSQI ISTVSVK

+
分子 #5: Proteasome subunit alpha type-5

分子名称: Proteasome subunit alpha type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
分子量理論値: 26.520125 KDa
組換発現生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
配列文字列: MSIVSRQNAN TYSAEGRLYQ VEYAMQAMNL GTSSIGIKTK DYVLLASEKK IISKLQNPSS VKKHYRVYDH IALGFSGISA DVKTIVDKS RNFAINHEYL YDENCKVERL LEHLADLSLN FDKKEADEKI FSRPFGASLL IIGYDTEPRL FSLDPSGSYL E YHAKAIGS ...文字列:
MSIVSRQNAN TYSAEGRLYQ VEYAMQAMNL GTSSIGIKTK DYVLLASEKK IISKLQNPSS VKKHYRVYDH IALGFSGISA DVKTIVDKS RNFAINHEYL YDENCKVERL LEHLADLSLN FDKKEADEKI FSRPFGASLL IIGYDTEPRL FSLDPSGSYL E YHAKAIGS GSEVIENMLE QEFDPNVDIN SGLKNILNML SKVMKDKINN FNVEITAITK NECKILTPEE IEQFLE

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分子 #6: Proteasome subunit alpha type-6

分子名称: Proteasome subunit alpha type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
分子量理論値: 26.29792 KDa
組換発現生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
配列文字列: MNSQTDYTNY IIFNPEGKIK QLEFINNTVQ LGSTVVALKN KSFGVFVTYN EKRSKFALQQ KKIFPINSKS LFSFSGITND GTKIVKYLK NSTVFENIRK GRDIHPIHVF DDLCYSACIR TLTNGNRLYG VQGLLLTDYQ GISLVLFDPK GSAKEVRGMS I GSRSQSCR ...文字列:
MNSQTDYTNY IIFNPEGKIK QLEFINNTVQ LGSTVVALKN KSFGVFVTYN EKRSKFALQQ KKIFPINSKS LFSFSGITND GTKIVKYLK NSTVFENIRK GRDIHPIHVF DDLCYSACIR TLTNGNRLYG VQGLLLTDYQ GISLVLFDPK GSAKEVRGMS I GSRSQSCR TILEDECDKF EEYNKEELVR LGIKALRNAY PETGVLNKDN VDIWILETNQ ESKQIKSEEY LQ

+
分子 #7: Proteasome subunit alpha type-7

分子名称: Proteasome subunit alpha type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
分子量理論値: 27.835818 KDa
組換発現生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
配列文字列: MAILDVDTVY TNTGDILQIG YAQKAADNGN TAICMKNKKG LIMIAEKPIE SKLYVSEKNF RIKKVNNSIF QISSGIETDL VYINENLKN NLISEKHSND MDVSHESVRN QIVNIIHQFT RYSGVRPIGI NLLTCSKYKN EYKILQTDCT GKSLFFKSSV I GKGSRIVK ...文字列:
MAILDVDTVY TNTGDILQIG YAQKAADNGN TAICMKNKKG LIMIAEKPIE SKLYVSEKNF RIKKVNNSIF QISSGIETDL VYINENLKN NLISEKHSND MDVSHESVRN QIVNIIHQFT RYSGVRPIGI NLLTCSKYKN EYKILQTDCT GKSLFFKSSV I GKGSRIVK TELEKLNLEN MEIRDLVENG IRILYKSYDP LKDKPFDIEI GIMCEETNGE FVRLEKNQYS EIIEKYKDFS VD GEE

+
分子 #8: Proteasome subunit alpha type-1

分子名称: Proteasome subunit alpha type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
分子量理論値: 26.308912 KDa
組換発現生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
配列文字列: MSIKDEIYNI FNADGKILQI EYGLEAVNKS LPLVVLKNKN MIVCAAKKNQ GHLLEDEVQT SFQPIYPNLY SAFTGNWADV FYVNSKAKD LAHYASYKLG FSVTPDILCR KLADELQPLI QSTGERAPAF AGALFGFDNG KPVVYMTNIS AVCYPVYGSM V GSKNQNMY ...文字列:
MSIKDEIYNI FNADGKILQI EYGLEAVNKS LPLVVLKNKN MIVCAAKKNQ GHLLEDEVQT SFQPIYPNLY SAFTGNWADV FYVNSKAKD LAHYASYKLG FSVTPDILCR KLADELQPLI QSTGERAPAF AGALFGFDNG KPVVYMTNIS AVCYPVYGSM V GSKNQNMY KYVEKYYNED IEDEKLFEVA VGGLLESLGE NSVYQEMEVA YLRNGEVLKY LDDKEIESLL LSIADK

+
分子 #9: Proteasome subunit beta type-2

分子名称: Proteasome subunit beta type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
分子量理論値: 24.776287 KDa
組換発現生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
配列文字列: MFTKTGTTIV GVKYKGGVVI CADTRSTSGP IVADKNCSKI HYISDNIQAC GAGTSADITR VTRKASKVLS IFSKTYNRLP RVSHCVRTC QLHLHPYQGH ISAALVVGGV DDTGAHLYDV YPHGSSNSVS YTALGSGSLA AISILEAGYK DMNREEAMEL A CAAIEAGI ...文字列:
MFTKTGTTIV GVKYKGGVVI CADTRSTSGP IVADKNCSKI HYISDNIQAC GAGTSADITR VTRKASKVLS IFSKTYNRLP RVSHCVRTC QLHLHPYQGH ISAALVVGGV DDTGAHLYDV YPHGSSNSVS YTALGSGSLA AISILEAGYK DMNREEAMEL A CAAIEAGI MNDLYSGSNI DVCVISQEGR EMFRNYKKVG VRNEVPKFQY PRSSVKILKE DIYKYIEEK

+
分子 #10: Proteasome subunit beta type-3

分子名称: Proteasome subunit beta type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
分子量理論値: 23.016334 KDa
組換発現生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
配列文字列: MSDISQHYGG SLLAMIGKSS VAFLSDKRLG SGPISVSKNF TKIYSLTPRL FFGFTGLVSD GEMLFKKIRK NYNLFVQDNN KDMEPSELS NMISYILYQK RLQPYYVAVI VCGMTLDKKP YASSMDCIGA MKETSEFVTS GTASKNLMGL SEALFYPEME D EDLFTTSV ...文字列:
MSDISQHYGG SLLAMIGKSS VAFLSDKRLG SGPISVSKNF TKIYSLTPRL FFGFTGLVSD GEMLFKKIRK NYNLFVQDNN KDMEPSELS NMISYILYQK RLQPYYVAVI VCGMTLDKKP YASSMDCIGA MKETSEFVTS GTASKNLMGL SEALFYPEME D EDLFTTSV QTFLNSSDRD TFGGMGFECL LINPEGYKRR EFVGRCD

+
分子 #11: Proteasome subunit beta type-4

分子名称: Proteasome subunit beta type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
分子量理論値: 21.945895 KDa
組換発現生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
配列文字列: MESSVALKGN DFVIIGTDSS VKNSYLVLKR EEDKFYNINN KVVFTYLGDQ GDAFRTSSFI NEKLVYEEIQ NNVEITPKVT ANVIQKTLY DNLRSHPKNC YFLVGGLSQD GPELYSVDLY GSLHENDFMA VGISTYFCYG VLDKEYHKNI TKEDGIKIIQ K CFDVLKQR ...文字列:
MESSVALKGN DFVIIGTDSS VKNSYLVLKR EEDKFYNINN KVVFTYLGDQ GDAFRTSSFI NEKLVYEEIQ NNVEITPKVT ANVIQKTLY DNLRSHPKNC YFLVGGLSQD GPELYSVDLY GSLHENDFMA VGISTYFCYG VLDKEYHKNI TKEDGIKIIQ K CFDVLKQR CSVDISNIEI KIVSKEGVET INKVL

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分子 #12: Proteasome subunit beta type-5

分子名称: Proteasome subunit beta type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
分子量理論値: 25.29076 KDa
組換発現生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
配列文字列: MEKLFTGDIM EIQNTKVDSA FMKNKIVPYK GTTTLAFIFQ GGMVIAVDSR ASAGSYIASQ NVHKVIRVNK HLIGTMAGGA SDCYFWEKK MGLYAKLYEL KNNKRISVSA ASMYLSNCVY SYKGQGLSLG SMVCGYDGDK PVIYYVDDAG QRLSGDLFSV G SGSTIAYG ...文字列:
MEKLFTGDIM EIQNTKVDSA FMKNKIVPYK GTTTLAFIFQ GGMVIAVDSR ASAGSYIASQ NVHKVIRVNK HLIGTMAGGA SDCYFWEKK MGLYAKLYEL KNNKRISVSA ASMYLSNCVY SYKGQGLSLG SMVCGYDGDK PVIYYVDDAG QRLSGDLFSV G SGSTIAYG VLNESYRFDL TKEEALNLGK KAIWHATHRD AYSGGNVNLY FMDKNGWEHL GTFDVDKFEQ

+
分子 #13: Proteasome subunit beta type-6

分子名称: Proteasome subunit beta type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
分子量理論値: 34.081102 KDa
組換発現生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
配列文字列: MFTLQANTKD QIIKDLNIGD LTIRDLNIKD LNIGDSSTVN LFKVDIPLLS NEIPLDFTFD NLPSNKKEIF ESFDSFTDFV EGKTKSQES KFNPYEDNSG STVSIRLNNS IIIAADTRHC SEMGIYSRNT SKIFRIGDFL LTITGFYADG YELYNRLKYQ V QIYESFNK ...文字列:
MFTLQANTKD QIIKDLNIGD LTIRDLNIKD LNIGDSSTVN LFKVDIPLLS NEIPLDFTFD NLPSNKKEIF ESFDSFTDFV EGKTKSQES KFNPYEDNSG STVSIRLNNS IIIAADTRHC SEMGIYSRNT SKIFRIGDFL LTITGFYADG YELYNRLKYQ V QIYESFNK ISIHSLANLA SKIMYSKRLF PYYSYVTLSG FEGDNPYVYS FDCLGHFEEV DSVCNGSGSP LIQPLLDSTI EK KNWAGEN YEVTEEYVKD IVRRGFNAAS ERDVKTGDNV EIWIIKKDGM TKEYERLRQD

+
分子 #14: Proteasome subunit beta type-7

分子名称: Proteasome subunit beta type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
分子量理論値: 23.806217 KDa
組換発現生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
配列文字列: MKNFVIGSGV ISLRYKNGVI TCTDTQASYG NLCKFNDVRR IFRLSSNTLI SLSGEISDIQ FLMNELNKLN ESDPVKMSPR GYLNLVQGI LYNKRSRVEP LNVSVSIVGV DDDDFLVSCV NHLGNFYEDN IVCTGLSNMI ALPFLRTCNV LDLERDEAIS L VEKAMTVM ...文字列:
MKNFVIGSGV ISLRYKNGVI TCTDTQASYG NLCKFNDVRR IFRLSSNTLI SLSGEISDIQ FLMNELNKLN ESDPVKMSPR GYLNLVQGI LYNKRSRVEP LNVSVSIVGV DDDDFLVSCV NHLGNFYEDN IVCTGLSNMI ALPFLRTCNV LDLERDEAIS L VEKAMTVM CYRSCRSSNR IQIGVVEKGL VDISDPYVLN TDWQVGHNEE EIVL

+
分子 #15: Proteasome subunit beta type-1

分子名称: Proteasome subunit beta type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
分子量理論値: 23.654027 KDa
組換発現生物種: Vairimorpha necatrix (菌類)
配列文字列: MVAYDNKNNE GFSPNLPEMT GTTIMAVKYA DGILIGADCR TSMGTYVSSR FTDKLTKISD NIYCCRSGSA ADTQAITQYI TELVQRSSF IDKEIPSVKK AAMAAKDIIY RYPNMLAGLI IAGYDTKPRI FNISLGGTMT EAEWQIGGSG SAYIYGLCDT T FKPNMNLE ...文字列:
MVAYDNKNNE GFSPNLPEMT GTTIMAVKYA DGILIGADCR TSMGTYVSSR FTDKLTKISD NIYCCRSGSA ADTQAITQYI TELVQRSSF IDKEIPSVKK AAMAAKDIIY RYPNMLAGLI IAGYDTKPRI FNISLGGTMT EAEWQIGGSG SAYIYGLCDT T FKPNMNLE EALEFVKLAV TCAIKRDNAS GGCIRMASIT REGVQRFFYS GDKILNST

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris-HCl
300.0 mMSodium ChlorideNaCl
5.0 mMDTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
#0 - 検出モード: COUNTING / #0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 平均露光時間: 5.0 sec. / #0 - 平均電子線量: 35.01 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
#1 - 検出モード: COUNTING / #1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 平均露光時間: 5.0 sec. / #1 - 平均電子線量: 36.334 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

Image recording ID1
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab-initio cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 52679
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5cz4


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8adn:
Vairimorpha necatrix 20S proteasome from spores

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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