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万見
- EMDB-15279: Human FACT-nucleosome complex in folded state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15279
タイトルHuman FACT-nucleosome complex in folded state
マップデータ
試料
  • 複合体: Human multifunctional histone chaperone FACT complex with nucleosome in folded state
    • 細胞器官・細胞要素: Nucleosome
生物種Homo sapiens (ヒト) / Gallus gallus (ニワトリ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Volokh O / Sokolova OS / Studitsky V
資金援助 米国, ロシア, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 GM119398 米国
Russian Science Foundation19-74-30003 ロシア
Russian Foundation for Basic Research20-54-04004 ロシア
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Mechanism of curaxin-dependent nucleosome unfolding by FACT.
著者: Olesya I Volokh / Anastasia L Sivkina / Andrey V Moiseenko / Anna V Popinako / Maria G Karlova / Maria E Valieva / Elena Y Kotova / Mikhail P Kirpichnikov / Timothy Formosa / Vasily M ...著者: Olesya I Volokh / Anastasia L Sivkina / Andrey V Moiseenko / Anna V Popinako / Maria G Karlova / Maria E Valieva / Elena Y Kotova / Mikhail P Kirpichnikov / Timothy Formosa / Vasily M Studitsky / Olga S Sokolova /
要旨: Human FACT (FACT) is a multifunctional histone chaperone involved in transcription, replication and DNA repair. Curaxins are anticancer compounds that induce FACT-dependent nucleosome unfolding and ...Human FACT (FACT) is a multifunctional histone chaperone involved in transcription, replication and DNA repair. Curaxins are anticancer compounds that induce FACT-dependent nucleosome unfolding and trapping of FACT in the chromatin of cancer cells (c-trapping) through an unknown molecular mechanism. Here, we analyzed the effects of curaxin CBL0137 on nucleosome unfolding by FACT using spFRET and electron microscopy. By itself, FACT adopted multiple conformations, including a novel, compact, four-domain state in which the previously unresolved NTD of the SPT16 subunit of FACT was localized, apparently stabilizing a compact configuration. Multiple, primarily open conformations of FACT-nucleosome complexes were observed during curaxin-supported nucleosome unfolding. The obtained models of intermediates suggest "decision points" in the unfolding/folding pathway where FACT can either promote disassembly or assembly of nucleosomes, with the outcome possibly being influenced by additional factors. The data suggest novel mechanisms of nucleosome unfolding by FACT and c-trapping by curaxins.
履歴
登録2022年6月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月6日-
マップ公開2022年7月6日-
更新2023年1月25日-
現状2023年1月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15279.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15279.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 100 pix.
= 410. Å		4.1 Å/pix.
x 100 pix.
= 410. Å		4.1 Å/pix.
x 100 pix.
= 410. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.133
最小 - 最大-0.07608585 - 0.37121642
平均 (標準偏差)0.0049401447 (±0.028756805)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 410.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15279_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15279_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human multifunctional histone chaperone FACT complex with nucleos...

全体名称: Human multifunctional histone chaperone FACT complex with nucleosome in folded state
要素
  • 複合体: Human multifunctional histone chaperone FACT complex with nucleosome in folded state
    • 細胞器官・細胞要素: Nucleosome

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超分子 #1: Human multifunctional histone chaperone FACT complex with nucleos...

超分子名称: Human multifunctional histone chaperone FACT complex with nucleosome in folded state
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Nucleosome

超分子名称: Nucleosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranil Acetate

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19074
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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