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万見
- EMDB-15150: Cryo-electron tomogram of secreted particles from Apilactobacillu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15150
タイトルCryo-electron tomogram of secreted particles from Apilactobacillus kunkeei (TS_01)
マップデータCryo-ET tomogram of secreted particles from Apilactobacillus kunkeei isolated from cell-free pellet preparations. Both membrane vesicles and speckled, contrast-rich particles were observed.
試料
  • 複合体: Secreted nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes) from Apilactobacillus kunkeei
キーワードMembrane vesicles / extracellular protein complexes / UNKNOWN FUNCTION
生物種Apilactobacillus kunkeei (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0923 Å
データ登録者Seeger C / Andersson SGE
資金援助 スウェーデン, 1件
OrganizationGrant number国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-eletron tomogram of secreted particles from Apilactobacillus kunkeei (TS_01)
著者: Seeger C / Andersson SGE
履歴
登録2022年6月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月5日-
マップ公開2023年7月5日-
更新2023年7月5日-
現状2023年7月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15150.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15150.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 25 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Cryo-ET tomogram of secreted particles from Apilactobacillus kunkeei isolated from cell-free pellet preparations. Both membrane vesicles and speckled, contrast-rich particles were observed.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.09232 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)-20.343678000000001 (±14.393981)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-30
サイズ512512100
Spacing512512100
セルA: 5167.265 Å / B: 5167.265 Å / C: 1009.23145 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Secreted nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes) fro...

全体名称: Secreted nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes) from Apilactobacillus kunkeei
要素
  • 複合体: Secreted nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes) from Apilactobacillus kunkeei

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超分子 #1: Secreted nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes) fro...

超分子名称: Secreted nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes) from Apilactobacillus kunkeei
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Apilactobacillus kunkeei (バクテリア) / 株: A1401

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 10.0 mM / 構成要素 - 名称: Phosphate buffer / 詳細: 10 mM phosphate buffer, pH 7.4
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time 5s.
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aurion / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 95.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The initial raw movies were aligned and dose-weight filtered using alignframes from the IMOD package
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0923 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. v4.11.6) / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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