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万見
- EMDB-15073: Rabies virus glycoprotein in complex with Fab fragments of 17C7 a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15073
タイトルRabies virus glycoprotein in complex with Fab fragments of 17C7 and 1112-1 neutralizing antibodies
マップデータSharpened final cryo-EM map
試料
  • 複合体: Rabies virus glycoprotein (chain A) in complex with Fab 1112-1 (chains B and C) and Fab 17C7 (chains D and E)
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Fab 17C7 heavy chain variable domain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 17C7 light chain variable domain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 1112-1 light chain variable domain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 1112-1 heavy chain variable domain
キーワードViral Glycoprotein / Antibody / Complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein / viral envelope / virion membrane / membrane / Glycoprotein
機能・相同性情報
生物種Rabies lyssavirus (ウイルス) / Rabies virus strain Pasteur vaccin (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Ng WM / Fedosyuk S / English S / Augusto G / Berg A / Thorley L / Haselon AS / Segireddy RR / Bowden TA / Douglas AD
資金援助 英国, European Union, 7件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust220679/Z/20/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/P017339/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S007555/1 英国
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN840866European Union
Wellcome Trust060208/Z/00/Z 英国
Wellcome Trust093305/Z/10/Z 英国
Wellcome Trust203141/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2022
タイトル: Structure of trimeric pre-fusion rabies virus glycoprotein in complex with two protective antibodies.
著者: Weng M Ng / Sofiya Fedosyuk / Solomon English / Gilles Augusto / Adam Berg / Luke Thorley / Anna-Sophie Haselon / Rameswara R Segireddy / Thomas A Bowden / Alexander D Douglas /
要旨: Rabies virus (RABV) causes lethal encephalitis and is responsible for approximately 60,000 deaths per year. As the sole virion-surface protein, the rabies virus glycoprotein (RABV-G) mediates host- ...Rabies virus (RABV) causes lethal encephalitis and is responsible for approximately 60,000 deaths per year. As the sole virion-surface protein, the rabies virus glycoprotein (RABV-G) mediates host-cell entry. RABV-G's pre-fusion trimeric conformation displays epitopes bound by protective neutralizing antibodies that can be induced by vaccination or passively administered for post-exposure prophylaxis. We report a 2.8-Å structure of a RABV-G trimer in the pre-fusion conformation, in complex with two neutralizing and protective monoclonal antibodies, 17C7 and 1112-1, that recognize distinct epitopes. One of these antibodies is a licensed prophylactic (17C7, Rabishield), which we show locks the protein in pre-fusion conformation. Targeted mutations can similarly stabilize RABV-G in the pre-fusion conformation, a key step toward structure-guided vaccine design. These data reveal the higher-order architecture of a key therapeutic target and the structural basis of neutralization by antibodies binding two key antigenic sites, and this will facilitate the development of improved vaccines and prophylactic antibodies.
履歴
登録2022年6月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月17日-
マップ公開2022年8月17日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15073.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15073.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened final cryo-EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-5.263432 - 7.1617103
平均 (標準偏差)-0.000050908813 (±0.0987536)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 423.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15073_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #2

ファイルemd_15073_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_15073_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_15073_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rabies virus glycoprotein (chain A) in complex with Fab 1112-1 (c...

全体名称: Rabies virus glycoprotein (chain A) in complex with Fab 1112-1 (chains B and C) and Fab 17C7 (chains D and E)
要素
  • 複合体: Rabies virus glycoprotein (chain A) in complex with Fab 1112-1 (chains B and C) and Fab 17C7 (chains D and E)
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Fab 17C7 heavy chain variable domain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 17C7 light chain variable domain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 1112-1 light chain variable domain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 1112-1 heavy chain variable domain

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超分子 #1: Rabies virus glycoprotein (chain A) in complex with Fab 1112-1 (c...

超分子名称: Rabies virus glycoprotein (chain A) in complex with Fab 1112-1 (chains B and C) and Fab 17C7 (chains D and E)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rabies lyssavirus (ウイルス)
分子量理論値: 330 KDa

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分子 #1: Glycoprotein

分子名称: Glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rabies virus strain Pasteur vaccin (ウイルス)
株: Pasteur vaccins / PV
分子量理論値: 56.494551 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KFPIYTIPDK LGPWSPIDIH HLSCPNNLVV EDEGCTNLSG FSYMELKVGY ISAIKMNGFT CTGVVTEAET YTNFVGYVTT TFKRKHFRP TPDACRAAYN WKMAGDPRYE ESLHNPYPDY HWLRTVKTTK ESLVIISPSV ADLDPYDRSL HSPVFPGGNC S GVAVSSTY ...文字列:
KFPIYTIPDK LGPWSPIDIH HLSCPNNLVV EDEGCTNLSG FSYMELKVGY ISAIKMNGFT CTGVVTEAET YTNFVGYVTT TFKRKHFRP TPDACRAAYN WKMAGDPRYE ESLHNPYPDY HWLRTVKTTK ESLVIISPSV ADLDPYDRSL HSPVFPGGNC S GVAVSSTY CSTNHDYTIW MPENPRLGMS CDIFTNSRGK RASKGSETCG FVDERGLYKS LKGACKLKLC GVLGLRLMDG TW VAMQTSN ETKWCPPGQL VNLHDFRSDE IEPLVVEELV KKREECLDAL ESIMTTKSVS FRRLSHLRKL VPGFGKAYTI FNK TLMEAD AHYKSVRTWN EIIPSKGCLR VGGRCHPHVN GVFFNGIILG PDGNVLIPEM QSSLLQQHME LLVSSVIPLM HPLA DPSTV FKNGDEAEDF VEVHLPDVHE RISGVDLGLP NWGKYVLLSA GALTALMLII FLMTCWRRVN RSEPTQHNLR GTGRE VSVT PQSGKIISSW ESHKSGGETR L

UniProtKB: Glycoprotein

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分子 #2: Fab 17C7 heavy chain variable domain

分子名称: Fab 17C7 heavy chain variable domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.227727 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS TYAMHWVRQA PGKGLEWVAV VSYDGRTKDY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRTE DTAVYFCARE RFSGAYFDYW GQGTLVTVSS

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分子 #3: Fab 17C7 light chain variable domain

分子名称: Fab 17C7 light chain variable domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.754044 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SYLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASNRATGIPA RFSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYSCQ QRNNWPPTFG GGTKVEIKRA

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分子 #4: Fab 1112-1 light chain variable domain

分子名称: Fab 1112-1 light chain variable domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.668073 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
DIVMTQSHKF MSTSIGDRVS ITCKASQDVS TAVAWYRQKP GQSPKLLIYS ASYRSTGVPD RFTGSGSGTD FTFTISSVQA EDLAVFYCQ QHYSAPLTFG AGTKLELK

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分子 #5: Fab 1112-1 heavy chain variable domain

分子名称: Fab 1112-1 heavy chain variable domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.426977 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
QVQLQQPGAE LLKPGTSMKL SCKASGYTFS NYWMHWVKLR PGQGFEWIGE INPFNGGTNF NEKFKSKATL TVDRSSSTAY MQLSSVTSE DSAVYYCTIP LSDYGDWFFA VWGAGTTVTV SS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blot for 3.5 seconds at -15 N blot force before plunging..
詳細Purified sample was concentrated and mixed with 0.07% n-octyl-beta-d-glucoside to final concentrations of 1 mg/mL.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12884 / 平均露光時間: 3.7 sec. / 平均電子線量: 44.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3112037
詳細: Particles were automatically picked using circular blobs with a diameter of 80-150 Angstrom on cryoSPARC.
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
詳細: Initial models were generated using cryoSPARC ab-initio reconstruction.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 詳細: cryoSPARC non-uniform refinement was used. / 使用した粒子像数: 458014
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 詳細: cryoSPARC heterogeneous refinement was used.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 詳細: cryoSPARC non-uniform refinement was used.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Model building was performed with Coot and refined with Phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 108
得られたモデル

PDB-8a1e:
Rabies virus glycoprotein in complex with Fab fragments of 17C7 and 1112-1 neutralizing antibodies

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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