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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15042 | |||||||||
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タイトル | Icosahedral reconstruction of bacteriophage phiCjT23 capsid | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | bacteriophage / phiCjT23 / VIRUS | |||||||||
生物種 | Flavobacterium phage (ファージ) / unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Kejzar N / Abrishami V / Selvaraj M / Huiskonen JT | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of ssDNA bacteriophage ΦCjT23 provides insight into early virus evolution. 著者: Nejc Kejzar / Elina Laanto / Ilona Rissanen / Vahid Abrishami / Muniyandi Selvaraj / Sylvain Moineau / Janne Ravantti / Lotta-Riina Sundberg / Juha T Huiskonen / 要旨: The origin of viruses remains an open question. While lack of detectable sequence similarity hampers the analysis of distantly related viruses, structural biology investigations of conserved capsid ...The origin of viruses remains an open question. While lack of detectable sequence similarity hampers the analysis of distantly related viruses, structural biology investigations of conserved capsid protein structures facilitate the study of distant evolutionary relationships. Here we characterize the lipid-containing ssDNA temperate bacteriophage ΦCjT23, which infects Flavobacterium sp. (Bacteroidetes). We report ΦCjT23-like sequences in the genome of strains belonging to several Flavobacterium species. The virion structure determined by cryogenic electron microscopy reveals similarities to members of the viral kingdom Bamfordvirae that currently consists solely of dsDNA viruses with a major capsid protein composed of two upright β-sandwiches. The minimalistic structure of ΦCjT23 suggests that this phage serves as a model for the last common ancestor between ssDNA and dsDNA viruses in the Bamfordvirae. Both ΦCjT23 and the related phage FLiP infect Flavobacterium species found in several environments, suggesting that these types of viruses have a global distribution and a shared evolutionary origin. Detailed comparisons to related, more complex viruses not only expand our knowledge about this group of viruses but also provide a rare glimpse into early virus evolution. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15042.map.gz | 1.8 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15042-v30.xml emd-15042.xml | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15042_fsc.xml | 28.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15042.png | 117.2 KB | ||
マスクデータ | emd_15042_msk_1.map | 1.9 GB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-15042.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_15042_half_map_1.map.gz emd_15042_half_map_2.map.gz | 1.5 GB 1.6 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15042 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15042 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15042_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15042_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15042_validation.xml.gz | 34.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15042_validation.cif.gz | 45.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15042 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15042 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15042.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15042_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15042_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15042_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : unidentified
全体 | 名称: unidentified (未定義) |
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要素 |
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-超分子 #1: unidentified
超分子 | 名称: unidentified / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 32644 / 生物種: unidentified / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 600.0 Å / T番号(三角分割数): 21 |
-分子 #1: Major capsid protein P5
分子 | 名称: Major capsid protein P5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Flavobacterium phage (ファージ) |
分子量 | 理論値: 26.180783 KDa |
配列 | 文字列: MKIATITGVT KSPELQVTKA IGALILSSDV ALSALTTEKI SIYIERGNGS NVILANKVLL KDFILASTYG TENTQSDADN AMIALCELA DEGSIYLADK ESIKITLEDL ISDKRYDLHG IEEPQQTNNL FFFEQKSVAS EEFNKKIDVQ GFDLAIMTVD D SVSDLSYQ ...文字列: MKIATITGVT KSPELQVTKA IGALILSSDV ALSALTTEKI SIYIERGNGS NVILANKVLL KDFILASTYG TENTQSDADN AMIALCELA DEGSIYLADK ESIKITLEDL ISDKRYDLHG IEEPQQTNNL FFFEQKSVAS EEFNKKIDVQ GFDLAIMTVD D SVSDLSYQ YSNGQVVKYL PFELQTLSRD IDPIQAVLSD GKVVQGLTDR LTLPLVAVVG IEINKSQGSI INFVVRCLKT V |
-分子 #2: Spike protein P13 N-terminal, capsid internal domain
分子 | 名称: Spike protein P13 N-terminal, capsid internal domain タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Flavobacterium phage (ファージ) |
分子量 | 理論値: 10.438764 KDa |
配列 | 文字列: MNFIQYIDDS YAVKVKEINS SEGFYINGIQ TPFFILSVFI GNKRVTGVEF NNYDSLPMLS VINDLGNIDL NVIPQNYFAT AFTEIYFNI PF |
-分子 #3: Unknown vertex protein
分子 | 名称: Unknown vertex protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
分子量 | 理論値: 443.539 Da |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 15.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-7zzz: |