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- EMDB-15027: Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15027
タイトルCryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.13 A resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: Cytochrome b6f complex
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 8種
機能・相同性
機能・相同性情報


PSII associated light-harvesting complex II binding / chloroplast photosystem I binding / chloroplast photosystem II binding / cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / electron transporter, transferring electrons within cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / thylakoid membrane / cytochrome complex assembly / : ...PSII associated light-harvesting complex II binding / chloroplast photosystem I binding / chloroplast photosystem II binding / cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / electron transporter, transferring electrons within cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / thylakoid membrane / cytochrome complex assembly / : / photosynthetic electron transport chain / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / chloroplast thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / response to light stimulus / photosynthesis / respiratory electron transport chain / proton transmembrane transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / lipid binding / heme binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thylakoid soluble phosphoprotein TSP9 / Thylakoid soluble phosphoprotein TSP9 superfamily / Thylakoid soluble phosphoprotein TSP9 / Cytochrome B6-F complex subunit VI (PetL) / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 ...Thylakoid soluble phosphoprotein TSP9 / Thylakoid soluble phosphoprotein TSP9 superfamily / Thylakoid soluble phosphoprotein TSP9 / Cytochrome B6-F complex subunit VI (PetL) / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 superfamily / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 superfamily / Cytochrome B6-F complex subunit 5 / PetN / PetM family of cytochrome b6f complex subunit 7 / Cytochrome f transmembrane anchor / Cytochrome f / Cytochrome f large domain / Cytochrome f large domain superfamily / Apocytochrome F, C-terminal / Apocytochrome F, N-terminal / Cytochrome f family profile. / : / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rudiment single hybrid motif / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b6-f complex subunit 7 / Cytochrome b6 / Cytochrome b6-f complex subunit 4 / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic / Cytochrome f / Cytochrome b6-f complex subunit 8 / Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Thylakoid soluble phosphoprotein / Cytochrome b6-f complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / spinach (ホウレンソウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Sarewicz M / Szwalec M / Pintscher S / Indyka P / Rawski M / Pietras R / Mielecki B / Koziej L / Jaciuk M / Glatt S / Osyczka A
資金援助 ポーランド, 2件
OrganizationGrant number国
Foundation for Polish SciencePOIR.04.04.00-00-5B54/17-00 ポーランド
Foundation for Polish ScienceTEAM TECH CORE FACILITY/2017-4/6 ポーランド
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: High-resolution cryo-EM structures of plant cytochrome bf at work.
著者: Marcin Sarewicz / Mateusz Szwalec / Sebastian Pintscher / Paulina Indyka / Michał Rawski / Rafał Pietras / Bohun Mielecki / Łukasz Koziej / Marcin Jaciuk / Sebastian Glatt / Artur Osyczka /
要旨: Plants use solar energy to power cellular metabolism. The oxidation of plastoquinol and reduction of plastocyanin by cytochrome bf (Cyt bf) is known as one of the key steps of photosynthesis, but the ...Plants use solar energy to power cellular metabolism. The oxidation of plastoquinol and reduction of plastocyanin by cytochrome bf (Cyt bf) is known as one of the key steps of photosynthesis, but the catalytic mechanism in the plastoquinone oxidation site (Q) remains elusive. Here, we describe two high-resolution cryo-EM structures of the spinach Cyt bf homodimer with endogenous plastoquinones and in complex with plastocyanin. Three plastoquinones are visible and line up one after another head to tail near Q in both monomers, indicating the existence of a channel in each monomer. Therefore, quinones appear to flow through Cyt bf in one direction, transiently exposing the redox-active ring of quinone during catalysis. Our work proposes an unprecedented one-way traffic model that explains efficient quinol oxidation during photosynthesis and respiration.
履歴
登録2022年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月25日-
マップ公開2023年1月25日-
更新2023年1月25日-
現状2023年1月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15027.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15027.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 196.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 372 pix.
= 319.92 Å		0.86 Å/pix.
x 372 pix.
= 319.92 Å		0.86 Å/pix.
x 372 pix.
= 319.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.208
最小 - 最大-0.577109 - 2.4545486
平均 (標準偏差)0.0013920823 (±0.04171142)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ372372372
Spacing372372372
セルA=B=C: 319.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: sharpened map

ファイルemd_15027_additional_1.map
注釈sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15027_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15027_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cytochrome b6f complex

全体名称: Cytochrome b6f complex
要素
  • 複合体: Cytochrome b6f complex
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6-f complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome f
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6-f complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6-f complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6-f complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b6-f complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Thylakoid soluble phosphoprotein
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: UNDECYL-MALTOSIDE
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE

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超分子 #1: Cytochrome b6f complex

超分子名称: Cytochrome b6f complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: Leaves / Organelle: Chloroplasts / 細胞中の位置: thylakoids
分子量理論値: 220 KDa

+
分子 #1: Cytochrome b6

分子名称: Cytochrome b6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 24.186504 KDa
配列文字列: MSKVYDWFEE RLEIQAIADD ITSKYVPPHV NIFYCLGGIT LTCFLVQVAT GFAMTFYYRP TVTDAFASVQ YIMTEVNFGW LIRSVHRWS ASMMVLMMIL HVFRVYLTGG FKKPRELTWV TGVVLGVLTA SFGVTGYSLP WDQIGYWAVK IVTGVPDAIP V IGSPLVEL ...文字列:
MSKVYDWFEE RLEIQAIADD ITSKYVPPHV NIFYCLGGIT LTCFLVQVAT GFAMTFYYRP TVTDAFASVQ YIMTEVNFGW LIRSVHRWS ASMMVLMMIL HVFRVYLTGG FKKPRELTWV TGVVLGVLTA SFGVTGYSLP WDQIGYWAVK IVTGVPDAIP V IGSPLVEL LRGSASVGQS TLTRFYSLHT FVLPLLTAVF MLMHFLMIRK QGISGPL

+
分子 #2: Cytochrome b6-f complex subunit 4

分子名称: Cytochrome b6-f complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 17.456662 KDa
配列文字列:
MGVTKKPDLN DPVLRAKLAK GMGHNYYGEP AWPNDLLYIF PVVILGTIAC NVGLAVLEPS MIGEPADPFA TPLEILPEWY FFPVFQILR TVPNKLLGVL LMASVPAGLL TVPFLENVNK FQNPFRRPVA TTVFLVGTVV ALWLGIGATL PIDKSLTLGL F

+
分子 #3: Cytochrome f

分子名称: Cytochrome f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 35.355664 KDa
配列文字列: MQTINTFSWI KEQITRSISI SLILYIITRS SIANAYPIFA QQGYENPREA TGRIVCANCH LANKPVDIEV PQAVLPDTVF EAVVRIPYD MQLKQVLANG KKGGLNVGAV LILPEGFELA PPDRISPEMK EKMGNLSFQS YRPNKQNILV IGPVPGQKYS E ITFPILAP ...文字列:
MQTINTFSWI KEQITRSISI SLILYIITRS SIANAYPIFA QQGYENPREA TGRIVCANCH LANKPVDIEV PQAVLPDTVF EAVVRIPYD MQLKQVLANG KKGGLNVGAV LILPEGFELA PPDRISPEMK EKMGNLSFQS YRPNKQNILV IGPVPGQKYS E ITFPILAP DPATKKDVHF LKYPIYVGGN RGRGQIYPDG SKSNNTVYNS TATGIVKKIV RKEKGGYEIN IADASDGREV VD IIPRGPE LLVSEGESIK LDQPLTSNPN VGGFGQGDAE VVLQDPLRIQ GLLFFFASVI LAQIFLVLKK KQFEKVQLSE MNF

+
分子 #4: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic

分子名称: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: plastoquinol-plastocyanin reductase
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 24.347898 KDa
配列文字列: MASFTLSSAT PSQLCSSKNG MFAPSLALAK AGRVNVLISK ERIRGMKLTC QATSIPADNV PDMQKRETLN LLLLGALSLP TGYMLLPYA SFFVPPGGGA GTGGTIAKDA LGNDVIAAEW LKTHAPGDRT LTQGLKGDPT YLVVESDKTL ATFGINAVCT H LGCVVPFN ...文字列:
MASFTLSSAT PSQLCSSKNG MFAPSLALAK AGRVNVLISK ERIRGMKLTC QATSIPADNV PDMQKRETLN LLLLGALSLP TGYMLLPYA SFFVPPGGGA GTGGTIAKDA LGNDVIAAEW LKTHAPGDRT LTQGLKGDPT YLVVESDKTL ATFGINAVCT H LGCVVPFN AAENKFICPC HGSQYNNQGR VVRGPAPLSL ALAHCDVDDG KVVFVPWTET DFRTGEAPWW SA

+
分子 #5: Cytochrome b6-f complex subunit 6

分子名称: Cytochrome b6-f complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 3.4522 KDa
配列文字列:
MFTLTSYFGF LLAALTITSA LFIGLNKIRL I

+
分子 #6: Cytochrome b6-f complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b6-f complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 12.9538 KDa
配列文字列:
MATAAASTTL SSAAVPAISG SRGQRKMNKV VYMSGVNSYG GLKANNAVLG LGQAVCTEQC FANVVSSLRS TATKKGRSGG GGGAGGGAL TSTCNAAAEI FRIAAVMNGL TLVGVAIGFV LLRIEATVEE AE

+
分子 #7: Cytochrome b6-f complex subunit 5

分子名称: Cytochrome b6-f complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 4.171985 KDa
配列文字列:
MIEVFLFGIV LGLIPITLAG LFVTAYLQYR RGDQLDL

+
分子 #8: Cytochrome b6-f complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b6-f complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 3.170809 KDa
配列文字列:
MDIVSLAWAA LMVVFTFSLS LVVWGRSGL

+
分子 #9: Thylakoid soluble phosphoprotein

分子名称: Thylakoid soluble phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: spinach (ホウレンソウ)
分子量理論値: 10.608004 KDa
配列文字列:
MSSLPFVFGA AASSRVVTAA AAKGTAETKQ EKSFVDWLLG KITKEDQFYE TDPILRGGDV KSSGSTSGKK GGTTSGKKGT VSIPSKKKN GNGGVFGGLF AKKD

+
分子 #10: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #11: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #12: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #13: UNDECYL-MALTOSIDE

分子名称: UNDECYL-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 10 / 式: UMQ
分子量理論値: 496.589 Da
Chemical component information

ChemComp-UMQ:
UNDECYL-MALTOSIDE / ウンデシルβ-マルトシド / 可溶化剤*YM

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分子 #14: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 6 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #15: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #16: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #17: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度6.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mM2-Amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diolTris
15.0 mMNaClsodium chloride
0.8 mM(2R,3R,4S,5S,6R)-2-[(2R,3S,4R,5R,6R)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-undecoxyoxan-3-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triolundecyl maltoside

詳細: Buffer and the diluted protein sample were filtered through a 0.22 um syringe filter. Prior to freezing, protein sample was concentrated on centrifugal filter units with 50K MWCO.
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 30.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time 2 s, wait time 0 s, blot force -1.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 7651 / 平均露光時間: 1.82 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細20 eV slit, fully tuned before the experiment
粒子像選択選択した数: 42951
詳細: given number of particles is after blob picker and 2D cleaning
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7qrm

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Non-uniform Refinement / 詳細: Non-uniform Refinement / 使用した粒子像数: 685979
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Ab-Initio Reconstruction / 詳細: Ab-Initio Reconstruction
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Non-uniform Refinement / 詳細: Non-uniform Refinement
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 233000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Ab-Initio Reconstruction
詳細: asymmetric division of particles with a structural differences visible, 375k vs 312k vs 9.8k
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7qrm

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7zyv:
Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.13 A resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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