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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Human PRPH2-ROM1 hetero-dimer | |||||||||
![]() | Non-sharpened map | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() protein localization to photoreceptor outer segment / camera-type eye photoreceptor cell differentiation / response to low light intensity stimulus / photoreceptor cell outer segment organization / detection of light stimulus involved in visual perception / retina vasculature development in camera-type eye / protein heterooligomerization / photoreceptor outer segment membrane / plasma membrane => GO:0005886 / photoreceptor outer segment ...protein localization to photoreceptor outer segment / camera-type eye photoreceptor cell differentiation / response to low light intensity stimulus / photoreceptor cell outer segment organization / detection of light stimulus involved in visual perception / retina vasculature development in camera-type eye / protein heterooligomerization / photoreceptor outer segment membrane / plasma membrane => GO:0005886 / photoreceptor outer segment / visual perception / photoreceptor inner segment / protein homooligomerization / retina development in camera-type eye / regulation of gene expression / membrane => GO:0016020 / cell adhesion / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
![]() | El Mazouni D / Gros P | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of peripherin-2 and ROM1 suggest multiple roles in photoreceptor membrane morphogenesis. 著者: Dounia El Mazouni / Piet Gros / ![]() 要旨: Mammalian peripherin-2 (PRPH2) and rod outer segment membrane protein 1 (ROM1) are retina-specific tetraspanins that partake in the constant renewal of stacked membrane discs of photoreceptor cells ...Mammalian peripherin-2 (PRPH2) and rod outer segment membrane protein 1 (ROM1) are retina-specific tetraspanins that partake in the constant renewal of stacked membrane discs of photoreceptor cells that enable vision. Here, we present single-particle cryo-electron microscopy structures of solubilized PRPH2-ROM1 heterodimers and higher-order oligomers. High-risk PRPH2 and ROM1 mutations causing blindness map to the protein-dimer interface. Cysteine bridges connect dimers forming positive-curved oligomers, whereas negative-curved oligomers were observed occasionally. Hexamers and octamers exhibit a secondary micelle that envelopes four carboxyl-terminal helices, supporting a potential role in membrane remodeling. Together, the data indicate multiple structures for PRPH2-ROM1 in creating and maintaining compartmentalization of photoreceptor cells. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 149 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.4 KB 19.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 51.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 256.2 MB 285.4 MB 285.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Non-sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.656 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Sharpened map
ファイル | emd_14991_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_14991_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_14991_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Human PRPH2-ROM1 hetero-dimer
全体 | 名称: Human PRPH2-ROM1 hetero-dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Human PRPH2-ROM1 hetero-dimer
超分子 | 名称: Human PRPH2-ROM1 hetero-dimer / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 76 kDa/nm |
-超分子 #2: Human PRPH2-ROM1 hetero-dimer
超分子 | 名称: Human PRPH2-ROM1 hetero-dimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Nanobody
超分子 | 名称: Nanobody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Peripherin-2
分子 | 名称: Peripherin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: HHHHHH = tag of purification Sequence of the protein starts at A-L-L (Aminoacids 2-3-4) コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 40.054137 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: HHHHHHGSAL LKVKFDQKKR VKLAQGLWLM NWFSVLAGII IFSLGLFLKI ELRKRSDVMN NSESHFVPNS LIGMGVLSCV FNSLAGKIC YDALDPAKYA RWKPWLKPYL AICVLFNIIL FLVALCCFLL RGSLENTLGQ GLKNGMKYYR DTDTPGRSFM K KTIDMLQI ...文字列: HHHHHHGSAL LKVKFDQKKR VKLAQGLWLM NWFSVLAGII IFSLGLFLKI ELRKRSDVMN NSESHFVPNS LIGMGVLSCV FNSLAGKIC YDALDPAKYA RWKPWLKPYL AICVLFNIIL FLVALCCFLL RGSLENTLGQ GLKNGMKYYR DTDTPGRSFM K KTIDMLQI EFKCCGNNGF RDWFEIQWIS NRYLDFSSKE VKDRIKSNVD GRYLVDGVPF SCCNPSSPRP CIQYQITNNS AH YSYDHQT EELNLWVRGC RAALLSYYSS LMNSMGVVTL LIWLFEVTIT IGLRYLQTSL DGVSNPEESE SESEGWLLEK SVP ETWKAF LESVKKLGKG NQVEAEGAGA GQAPEAG |
-分子 #2: Rod outer segment membrane protein 1
分子 | 名称: Rod outer segment membrane protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: The protein sequence starts at A-P-V-L, residues 2-3-4-5 コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 37.249828 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GSAPVLPLVL PLQPRIRLAQ GLWLLSWLLA LAGGVILLCS GHLLVQLRHL GTFLAPSCQF PVLPQAALAA GAVALGTGLV GVGASRASL NAALYPPWRG VLGPLLVAGT AGGGGLLVVG LGLALALPGS LDEALEEGLV TALAHYKDTE VPGHCQAKRL V DELQLRYH ...文字列: GSAPVLPLVL PLQPRIRLAQ GLWLLSWLLA LAGGVILLCS GHLLVQLRHL GTFLAPSCQF PVLPQAALAA GAVALGTGLV GVGASRASL NAALYPPWRG VLGPLLVAGT AGGGGLLVVG LGLALALPGS LDEALEEGLV TALAHYKDTE VPGHCQAKRL V DELQLRYH CCGRHGYKDW FGVQWVSSRY LDPGDRDVAD RIQSNVEGLY LTDGVPFSCC NPHSPRPCLQ NRLSDSYAHP LF DPRQPNQ NLWAQGCHEV LLEHLQDLAG TLGSMLAVTF LLQALVLLGL RYLQTALEGL GGVIDAGGET QGYLFPSGLK DML KTAWLQ GGVACRPAPE EAPPGEAPPK EDLSEA |
-分子 #3: Nanobody
分子 | 名称: Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 14.646134 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SQVQLQESGG GLVQAGGSLR LSCAASTRTT SRYTVGWFCQ APGKEREFVA AVHWSGGSTW YADSVKGRFT ISRDNAKNTV YLQMNSLKQ EDTAVYYCAA AEPRRYSYYM RPDEYNYWGQ GTQVTVSSAA PLE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |