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- EMDB-14989: NuA4 Histone Acetyltransferase Complex (Composite) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14989
タイトルNuA4 Histone Acetyltransferase Complex (Composite)
マップデータPrimary Map
試料
  • 複合体: NuA4 histone acetyltransferase complex
    • タンパク質・ペプチド: Transcription-associated protein
    • タンパク質・ペプチド: Actin
    • タンパク質・ペプチド: Actin
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein EAF1
    • タンパク質・ペプチド: SWR1-complex protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Enhancer of polycomb-like protein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードNuA4 / histone acetyltransferase complex / Epigenetics / DNA repair / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


piccolo histone acetyltransferase complex / Swr1 complex / kinetochore assembly / Ino80 complex / SWI/SNF complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of macroautophagy / chromosome organization / histone acetyltransferase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 ...piccolo histone acetyltransferase complex / Swr1 complex / kinetochore assembly / Ino80 complex / SWI/SNF complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of macroautophagy / chromosome organization / histone acetyltransferase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / transcription corepressor activity / nucleosome / chromatin organization / histone binding / cytoskeleton / hydrolase activity / chromatin remodeling / DNA repair / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SWR1-complex protein 4/DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / DAMP1, SANT/Myb-like domain / SANT/Myb-like domain of DAMP1 / Enhancer of polycomb protein / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / Myb-like domain profile. / domain in helicases and associated with SANT domains ...SWR1-complex protein 4/DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / DAMP1, SANT/Myb-like domain / SANT/Myb-like domain of DAMP1 / Enhancer of polycomb protein / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / Myb-like domain profile. / domain in helicases and associated with SANT domains / Myb-like DNA-binding domain / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / PIK-related kinase, FAT / FATC / FAT domain / FAT domain profile. / FATC domain profile. / FATC domain / PIK-related kinase / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / SANT/Myb domain / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / Homeobox-like domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin-related protein 4 / Transcription-associated protein / SWR1-complex protein 4 / Enhancer of polycomb-like protein / Chromatin modification-related protein EAF1 / Actin
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii GS115 (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Schultz P / Ben-Shem A / Frechard A / Papai G / Smirnova E / Faux C / Lo Ying Ping F / Helmlinger D / Ben-shem A
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE12-0022 フランス
引用
ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: The structure of the NuA4-Tip60 complex reveals the mechanism and importance of long-range chromatin modification.
著者: Alexander Fréchard / Céline Faux / Rozalie Hexnerova / Corinne Crucifix / Gabor Papai / Ekaterina Smirnova / Conor McKeon / Florie Lo Ying Ping / Dominique Helmlinger / Patrick Schultz / Adam Ben-Shem /
要旨: Histone acetylation regulates most DNA transactions and is dynamically controlled by highly conserved enzymes. The only essential histone acetyltransferase (HAT) in yeast, Esa1, is part of the 1-MDa ...Histone acetylation regulates most DNA transactions and is dynamically controlled by highly conserved enzymes. The only essential histone acetyltransferase (HAT) in yeast, Esa1, is part of the 1-MDa NuA4 complex, which plays pivotal roles in both transcription and DNA-damage repair. NuA4 has the unique capacity to acetylate histone targets located several nucleosomes away from its recruitment site. Neither the molecular mechanism of this activity nor its physiological importance are known. Here we report the structure of the Pichia pastoris NuA4 complex, with its core resolved at 3.4-Å resolution. Three subunits, Epl1, Eaf1 and Swc4, intertwine to form a stable platform that coordinates all other modules. The HAT module is firmly anchored into the core while retaining the ability to stretch out over a long distance. We provide structural, biochemical and genetic evidence that an unfolded linker region of the Epl1 subunit is critical for this long-range activity. Specifically, shortening the Epl1 linker causes severe growth defects and reduced H4 acetylation levels over broad chromatin regions in fission yeast. Our work lays the foundations for a mechanistic understanding of NuA4's regulatory role and elucidates how its essential long-range activity is attained.
#1: ジャーナル: Res Sq / 年: 2022
タイトル: The structure of the NuA4/Tip60 complex reveals the mechanism and importance of long-range chromatin modification
著者: Schultz P / Frechard A / Hexnerova R / Crucifix C / Papai G / Smirnova E / Faux C / Ping F / Helmlinger D / Ben-Shem A
履歴
登録2022年5月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月31日-
マップ公開2023年5月31日-
更新2023年9月20日-
現状2023年9月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14989.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14989.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 448 pix.
= 386.176 Å		0.86 Å/pix.
x 448 pix.
= 386.176 Å		0.86 Å/pix.
x 448 pix.
= 386.176 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.862 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-2.1877048 - 4.0050635
平均 (標準偏差)0.004822786 (±0.062332164)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 386.176 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : NuA4 histone acetyltransferase complex

全体名称: NuA4 histone acetyltransferase complex
要素
  • 複合体: NuA4 histone acetyltransferase complex
    • タンパク質・ペプチド: Transcription-associated protein
    • タンパク質・ペプチド: Actin
    • タンパク質・ペプチド: Actin
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein EAF1
    • タンパク質・ペプチド: SWR1-complex protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Enhancer of polycomb-like protein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: NuA4 histone acetyltransferase complex

超分子名称: NuA4 histone acetyltransferase complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類)

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分子 #1: Transcription-associated protein

分子名称: Transcription-associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864
分子量理論値: 438.055344 KDa
配列文字列: MLHVVQLDDF ATRLKAAEDY QSKHSVLSEI CDSLETFNAA QDYEYFLKSL IPLFIDVLKE VPVSFVANSP ENKLRNITLE ILHRIPAND ALQAYSNEIV DTLMDLLKVE NELNGILCMK AITTLHKTFK ASLQEKVHPF IDIVIEIYSN IPQVVEEQFN G NQIDSKEN ...文字列:
MLHVVQLDDF ATRLKAAEDY QSKHSVLSEI CDSLETFNAA QDYEYFLKSL IPLFIDVLKE VPVSFVANSP ENKLRNITLE ILHRIPAND ALQAYSNEIV DTLMDLLKVE NELNGILCMK AITTLHKTFK ASLQEKVHPF IDIVIEIYSN IPQVVEEQFN G NQIDSKEN VDSTSRPNSP SFSSQSDDSK QLAQAMFSFK TLAESPITMV SLYSSYKELA ASSLGNFIPH VMKVLSLEVA KQ AEARKAA EEKGIILVNV CKEITNRANY GEFIIGQVKA ASFLAYLFIR RQAQTFLEPY QQAIPDIIIR LLQDCPSELS AAR KELLHA TRHILSTDFR KMFIPKIDLL FDLRVLIGEG FTAYETLRPL AYSTVADFIH NVRDHLTPAQ LWKSVSIYCK NLQD DSLAL TVQIMSAKLL LNLIEKIMRS ESKTESRQLL MVIIDAYTKR FKMLNSRYNG IMKQHATYEK EKQEKQNQER LLTNK LDGT TPSPSDDKKV ELIDEDQDVK MEDPTPEISD QETIKGDNDA STEPQDSEQQ LADFMSLQEY LPIQVSVPPE IDLLKD SRY LFKTLMTFLK TIMIGLKNSN PPSSQNHFNA QNWNETARGF SNEDINILKS LFRECILALR FFSTSKTSLP ASSMKQS FD ITGPNLPITS TKEEKDLMEI FATMFIHIDP ASFNEIVREE LPFMYKQMLD FASLLHIPQF FLASVITSSS FSGILITF L KSKLVDLGEV NIIKSNILIR LFKLCFMSVS LFPAANESVI LPHLNELILK SLKLSTTAKE PLVYFYLIRT LFRSIGGGR FENLYKEIMP LLQVLLESLS KLIHEARRPQ ERDIYVELCL TVPVRLSVLV PHLSYLMKPL VYALNGSQES VSQGLRTLEL CVDNLTAEY FDPIIEPVID DVMEALSKHL KPLPYYHQHS HTTLRILGKL GGRNRTFIKP VDNLKTDSEL FQNVEAMFKI H GLPNEVPL SITPGLSAAF SLLTDPRPRI HYRINSFKYI SGIFQLFLGA TQLPDDYANR LKESMDIILE DTIAPDEPLN KL HHFPVKD IAKYDSQMEL LVKLLESIFY AVSLQEVREE SKALIRGTCN HFILLYFNKM VIDKRKFVRK FSVDNHEGNL FLN ENCIFD AIIYALSSDN SAVRSMGLES VQLIYDSCVE LFGNIDCALK FAPLNVMCSK FIHCCFEEPY HKKLAGCIGL EMML NSLDI PMKYFNARQL EIIRALFYVL RDTAPELPCE VTNTAKRLIL NSLKEWNKEL TRNDVFSSVF QNLVSSLIVD LPNAN EIVR ATAQEALRTL SETTQVPIAT MISPCKHILL APIFGKPLRA LPFQMQIGNI DAITFCMGLE NSFLEYNEEL NRLVQE ALA LVDAEDESLV SAHRISEHKT SEQLVRLRVV CIQLLSLAIT KPEFAAAQQR SNIRVKILVV FFKSLCGRSI EIIRAAH GG LKAVIDLKMK LPKELLQNGL RPMLMNLSDH KKLTVASLEA LSGLLKLFIS YFKVGIGSKL LDHLLAWAQP RTLQQLGS Q DLENNSTVQI IVAILDVFHL LPPTAHKFMN DLMNALLYLE NNLHRCQYSP FREPLAKFLD RFPDESFEYF FNEFSKREI TTRFVYFVGL DSCSSLRAKV LESLPRVRGL LHQEGSAEEK CVRFSNLVDL CESLAASDKE WIKDKEELLG ELLDAGSVCL TLKRSSNVV SPLYFQVDQG FETLQLLYIE YFKSQPLGHE KVFNFIDKIS KEGLPFVLEF DDFIFNEVVK CQDIPTVQQT L DTIIRMTP QVSSLDARVY LYKRIFLPIC IYESEMHGDL SRLSQTENNE LPAWLKSFDS DVWKATGPLV DDYTSTLEDR YR LELMQLT ALLIKGAPTA LTDMRKDIIK FSWNYIKLDD NTSKQAAYVV TAYFISRFDT PSELTTRIFV ALLRCHQIDT RYL VKQALE LLAPVLSERT NSELDWLKWP RRVLSEDGFN ITQVANIYQL IVKFPDLFYP ARDHFIPNII TAMGKLTVMS NTSL ENQQL AIDLAELILK WETKLPKSEK LGSAEETEKE KSVSEDKMDI DVKEETKEDI AERPKAEDQI GGDDSDSSNI LTSED YEVS FAQREACVTF LIRYICISTQ RPSENELGKR ALNILYELLG PKYWSEVTVK LQFFERFLMS SDLNQPSLLG YCLNAL EVL AVALKWKPTT WIIENVSYLQ KLLEKCLRSD NQDIQEILQK VLGIILEAIN KETQGSEEDE PEEVTNFISL IVNIIGE DL SNMTSVAAGV SLCWTLSLYR PNALDSLLPS IMRTFNKLCR DHIAISLQGN QPQSGDFANI EFEAKVTTNL LEKILNLC A ARISSLDDQR RVFLSLLAQL IDRSVDKDML LKVINIVTEW IFKTDFYPTT KEKAGILGKM MIFDLRGEPE LSKKFNQVI VDIFESKELA HTELTARMET AFLFGTRLSD VSIRKKLMSI LSDSLELDID KRLFYIIKDQ NWEYLSDYPW LNQALQLLYG SFHLDSPIR LSPEENTLSP LQSITEGLAR EKSPVEKAPQ NIIDFVAKHN EFLDSVRSLT AGDILNPLID ISYQSAETIH N AWVVVFPV AYSAIESRYE LEFTRALVKL LFKDYHIRQQ DARPNVIKSL LDGVGKCPGL HLPPHLVKYL GSNYNAWYGA IK LLEELSE GQGIDNQKIS DANQDALLEV YMSLQEDDMF YGTWRRRAKY FETNAALSYE QIGIWDKALQ LYEAAQIKAR SGV FPFGES EYSLWEDHWI YCAEKLQHWE ILTELAKHEG FTDLLLECGW RGADWIADRE PLEQSVKTVM DIPTPRRQIF QTFL ALQGF SQQKDTLQDV SRLCDEGIQL TLRKWNALPQ RVTRAHIGLL HTFQQYVELM EASQVYSSLV TTNAQNLDVK SQELK RVLQ AWRERLPNVW DDINIWNDLV TWRQHVFGVI NRVYMPFVPV LQQSNGTNNG NSYAYRGYHE MAWVINRFAH VARKHE MPE VCINQLTKIY TLPNIEIQEA FLKLREQAKC HYQNSSELNT GLDVISNTNL VYFATQQKAE FFTLKGMFLA KLNAKDE AN QAFATAVQID LNLPKAWAEW GFFNDRRFKE NPEEIFHAKN AISCYLQAAG LYKDGKTRKL LCRILWLISL DDAAGSLA K TFEDHHGESP VWYWITFVPQ LLTSLSHKEA KIVRHILIQI AKSYPQSLHF QLRTTKEDYQ AIQRQAMAVN RAEEQSSNK QDTADSVLKN TNTPQPQTRT ETSGTTAESD KKPSIPPKEE QGSPQPSRPA TTQASPQAQS QENGESSQKH PPEIPTTDSR QPWQDVEEI MGILKTAYPL LALSLESLVD QLNQRFKCNA DEDAYRLVIV LYNDGVQQMN RVANPREEVK LPAATEASIS R FADSVLPK NIREVFEQDI IACNPNLETY ISKLRKWRDC LEEKLDRSYG KADLERVSLH LSLFHHQKFE DIEIPGQYLL HK DNNNHFI KIERFLPTLD LVRGSNGCYK RMTIRGNDGS LHPFAVQFPA ARHCRREERI FQLFRIFDDA LSRKVQSRRR NIS LTLPIA VPLSPHIRIL NDDKRYTTLM GIYEEFCRRK GQSRDEPFAY TIQKLRAAFD PRLPKPDIVS VRAEVLASIQ STLV PSTLL KDYYTEKFSN YENYWLFRKQ FTAQYASFIF MTYIMCINSR QPQKIHINEG SGNIWTSEML PTKVATGKTH STAYN NSTL DPAVKAGAPI FYNTESVPFR LTPNIQKFIG EAGLEGILSV YILVIANSLS DSEFDMEQYL SLFVRDEVIS WFAQQH RAS AQTNQLREIV RVNVELLTKR VLQLNHIPNS QNVATQFVLN LISQAVNPRN LAYTDSAWMA YL

UniProtKB: Transcription-associated protein

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分子 #2: Actin

分子名称: Actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864
分子量理論値: 41.736406 KDa
配列文字列: MDGEDVAALV IDNGSGMCKA GYAGDDAPHT VFPSVVGRPR HQGVMVGMGQ KDSFVGDEAQ SKRGILTLRY PIEHGIVTNW DDMEKIWHH TFYNELRLAP EEHPVLLTEA PMNPKSNREK MTQIMFETFN VPAFYVSIQA VLSLYASGRT TGIVLDSGDG V THVVPIYA ...文字列:
MDGEDVAALV IDNGSGMCKA GYAGDDAPHT VFPSVVGRPR HQGVMVGMGQ KDSFVGDEAQ SKRGILTLRY PIEHGIVTNW DDMEKIWHH TFYNELRLAP EEHPVLLTEA PMNPKSNREK MTQIMFETFN VPAFYVSIQA VLSLYASGRT TGIVLDSGDG V THVVPIYA GFSLPHAILR IDLAGRDLTD YLMKILSERG YTFSTSAERE IVRDIKEKLC YVALDFDQEL QTSSQSSSIE KS YELPDGQ VITIGNERFR APEALFHPSV LGLEASGIDQ TTYNSIMKCD VDVRKELYSN IVMSGGTTMF PGIAERMQKE LTA LAPSSM KVKISAPPER KYSVWIGGSI LASLGTFQQM WISKQEYDES GPSIVHLKCF

UniProtKB: Actin

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分子 #3: Actin

分子名称: Actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864
分子量理論値: 53.009074 KDa
配列文字列: MATAPQVYGA DEINAVVLDA SSYRTKIGYG SLDCPILNLP SYYGHQTKDG SEKFIFEENS MLIPRPDYEI KKIMKDGIID DFEGAVKQY NYMFDVLKLK PSEQPILVIE STQNEYEKKT ALLKQLLKEN KFVATFLIKN PTCVSFAHGR PNCLVVDLGH D LVTITPIL ...文字列:
MATAPQVYGA DEINAVVLDA SSYRTKIGYG SLDCPILNLP SYYGHQTKDG SEKFIFEENS MLIPRPDYEI KKIMKDGIID DFEGAVKQY NYMFDVLKLK PSEQPILVIE STQNEYEKKT ALLKQLLKEN KFVATFLIKN PTCVSFAHGR PNCLVVDLGH D LVTITPIL DGISLRKQVL GTHYAGAFLS QQLRQLLNHK GVEVVPVYKV KSKVPTYFPD EAKFEERKYD FDISESFENF HK LRILREM KETLLQALPD SETEKLKEQE TEEDTRYFEF PNGLNVPFTK YERVRLANSL FNPSEPYTGE SGPNIVVEGF SVE TGKIIN EDTITSREYV PLRRSKKTDS SSGRRSKDEP TDDKPRGLTS LVNQALNHLD VDLKPQLANN IILTGATSLI PGVA ERLNQ ELTAMNPGLK VRIHSSANVI ERTCSAWIGG SILSSLGTFH QLWVSENEYD EVGAKKLIMD RFR

UniProtKB: Actin-related protein 4

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分子 #4: Chromatin modification-related protein EAF1

分子名称: Chromatin modification-related protein EAF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864
分子量理論値: 118.49882 KDa
配列文字列: MSSLDSNVTA SSKHDSPKRQ PEDGSGTNDD PLQRILNERK RKLAELYCVS RLPLLPISPS QVSQIGENLM RFLERNDLEQ GRQFNITTL TGDKSQKQPP VSKEVSTADQ LESPHWPVKE DEETTKDEPP RKKQKTASTS AEPQKATHKE SKMTMMHQEV T ESEAPTLS ...文字列:
MSSLDSNVTA SSKHDSPKRQ PEDGSGTNDD PLQRILNERK RKLAELYCVS RLPLLPISPS QVSQIGENLM RFLERNDLEQ GRQFNITTL TGDKSQKQPP VSKEVSTADQ LESPHWPVKE DEETTKDEPP RKKQKTASTS AEPQKATHKE SKMTMMHQEV T ESEAPTLS SLIRKYAQDE VPIRPDDPTD RDLNFELLDR NKTIIQALPE IYPHKIADSA SLTELYYLTQ TFPLAKLLPR SH KSLTTDA YESALLEGKI AVLYSRIEEL KRQRKWSLRQ PKRFIDPFTR ESPTHWDHLL AEMKWLSVDI MEERKFKAAS CVQ LAQAVS DYWTYGKIVC IQRKPLIFLT DEEIKERTVT KVMKTEVDNE NEHDHDDNDI FKDAQEEPRA MDQEQNQPFE ENAT IDVAK LLERPNPKDE IIPPALPTYS MGDYKRLNQN AEPFKLHIGL DDFKKEDLVL VEKLPLSFIF DDNLSDSKKK LSEYE KAPI AAISTLLAPP EDDEWYKIVI RRDPASELSA SLDYQKGLFG ASSQRRYNVL KPPKPPPIKN LELRTPTIWL PQDDKL LIR YVAEYAFNWD IISAHLSARP ARAYVANIER RTPWQCFERY IQLNDKFQFT DMRGQYAQSA QAWLEAAHKT QSTTKRR IS PLGVGIESIQ RGHRRLRWGS MLDAMRKCMR RRENINRSSQ VERKHTSDDK RTNVPTPEEL SRLKYDRDKA IQEAYMHQ N SGTFSSARPH TQSSALSPSK GKNAPLPTSA QQTGTHPYTN GIPPKGTLPK TTTPAPGVPS TQPGTPNTRQ PQVSSRVAT SQNTTPVTNR TGTPNGNRPG PNNSFTQEQL QHFLQAQRHR QMMQTSAGTP VNKSNVPNRP AGITNTNVTT PANAVSSSTT PSKSAATAS QQQPSPSRGI NLTPAQVNAL INQIQAQNPN MSKDQVTKFA VAYIQNLQNQ RERSSNGHST PQVRTVPTPT R ATAGPPVS ASPVTSNASP TTPASLTKEK LDALENSPNL TPQQRQQITL FKAMQARNKM NQVANRGQES ASASSNLSAS PN TDTKQTT DTNK

UniProtKB: Chromatin modification-related protein EAF1

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分子 #5: SWR1-complex protein 4

分子名称: SWR1-complex protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864
分子量理論値: 64.916418 KDa
配列文字列: MSSDILDVLS ISGRSNLSNQ KKKITKDGPT KKKKQTAMSR ELFNLIGQNT PPLAVEKTVK FKEKLNVNNK PTPWSYVEFS NDARESKDG LKLHHWIKGS SELAKNSPYL FEKYNQKIQI PSFTKEEYDE FLKDLDLECR EREKRDKALK EQEAKEAEKL E KEKENDKE ...文字列:
MSSDILDVLS ISGRSNLSNQ KKKITKDGPT KKKKQTAMSR ELFNLIGQNT PPLAVEKTVK FKEKLNVNNK PTPWSYVEFS NDARESKDG LKLHHWIKGS SELAKNSPYL FEKYNQKIQI PSFTKEEYDE FLKDLDLECR EREKRDKALK EQEAKEAEKL E KEKENDKE RVNGDELGKE EDNASDFVPK KENVNDQILP KIDEPQTNKK DDMESTEDVS KSDSQEVSKD VNPSEEVEAS WD YDETVHL FQLCEKWDLR WPIIVDRYEY DERSMEELKE RFYKVSERIL RHKYRNVTMD DKTSLLVQTL SSFDKRRETE RKQ YLRRLL SRSPTEIAEE ESLVIEARKF ELAAKKMLTE RASLLRLLDS PQSTGSISQY LTSQGLTQLY NTLMSADRSK RRKV ETPTP PQIPPGASSS LHRTSMDLKR KAAKKIGPNA LLENIKATGN SVPPSGNAPQ SAAIELINTK MTPEEKEAYG IKIHQ EKLQ PGVSLRSARL PTFKPATQAK IVVVLNELEV SPKPTIPTAK VVAQYDNLLQ TINVLLETKK QVNKLEVELN LLEGKE EDK ES

UniProtKB: SWR1-complex protein 4

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分子 #6: Enhancer of polycomb-like protein

分子名称: Enhancer of polycomb-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864
分子量理論値: 86.836922 KDa
配列文字列: MVLPSAAGAR FRQRKISVKQ TLQVFKQSDI ADLETEDQQR ELQKIETGVE KGEEEEEHLQ RVINAAQAAV ISGGKVEKAY IPTPDASQV WKDYDKYYRD KFQPPGTYIR FSATVEETTG CIYNLDEEDE SFLKEVLNKN LANGIKPCTE TELEIVLQRF E VVIDKKQP ...文字列:
MVLPSAAGAR FRQRKISVKQ TLQVFKQSDI ADLETEDQQR ELQKIETGVE KGEEEEEHLQ RVINAAQAAV ISGGKVEKAY IPTPDASQV WKDYDKYYRD KFQPPGTYIR FSATVEETTG CIYNLDEEDE SFLKEVLNKN LANGIKPCTE TELEIVLQRF E VVIDKKQP FLAMDPSQIL TFEELHSAAL VVDPNSIEEI ELSLEKQLGL HPFRTLLDGQ RSQLSHRKLA ELLRIFGQKI YD HWKQRRI ARHGRPITAQ LRFEDSSEKD DSDPYVCFRR REFRQARKTR RTDTQGSERL RKLHRELKQT RDLLLAVAQR EVK RKEAIE VGHEVFQLRC SVKTLKRDLG VKGEEEDLVA HKRKKVVPTT DEDRKYRKGY NSGNYPNRNQ AQAQQQQQQL QQQQ ISKSG LNPVSIQPYV KLPMSRIPDM DLITVSTVLN EKDEAINRAV AEKLRQRKES DRGWVNLTDD PFNPFLQFTN PDSIL EKGH FPYSSIAAAL FEVDQSNYFD PEITQLIKDK KPLPRTLCFK DNALTTPLPP SIYEVASNNK LDVTAPICKV RKRMGR RGL WIDRKMTVDE PLDEFLDFST FEKSLDADIT DRNSAKSQQG MNVYDSVDDA NSRLRSRFSF DRDVPLFNPV DPSELNQ IS SQTQSIRFGC MLLTKAYEQV HQAKQKLFLE QQQHQQKQQQ KLLQQRQKVQ QKLQQQQQQQ QQAQQQNPKS NTNKVVNQ I NNTKSPVKQS KIPSKVSKNI SGVTTSAGKG A

UniProtKB: Enhancer of polycomb-like protein

-
分子 #7: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMKOAcPotassium acetate
5.0 mMMgOAcMagnesium acetate
2.0 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
5.0 mMNH4OAcAmmonium acetate
0.0025 %DDMDodecyl-maltoside
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 52.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 3.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1265830
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC ab-initio reconstruction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 518386
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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