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- EMDB-14843: cryo-EM structure of CGT ABC transporter in nanodisc apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14843
タイトルcryo-EM structure of CGT ABC transporter in nanodisc apo state
マップデータ
試料
  • 複合体: CGT ABC transporter in apo form
    • タンパク質・ペプチド: Beta-(1-->2)glucan export ATP-binding/permease protein NdvA
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
キーワードcyclic-beta-glucan / ABC transporter / CGT / Brucella / SUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type beta-glucan transporter / ABC-type beta-glucan transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glucan exporter ATP-binding protein, NdvA / Beta-(1-->2)glucan export ATP-binding/permease protein ndvA family profile. / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...Glucan exporter ATP-binding protein, NdvA / Beta-(1-->2)glucan export ATP-binding/permease protein ndvA family profile. / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-(1-->2)glucan export ATP-binding/permease protein NdvA
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Jaroslaw S / Dong CN / Frank L / Na W / Renato Z / Seunho J / Henning S / Christoph D
資金援助 スイス, 3件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030B_201273 スイス
Swiss National Science Foundation180541 スイス
Swiss National Science Foundation185544 スイス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Mechanism of cyclic β-glucan export by ABC transporter Cgt of Brucella.
著者: Jaroslaw Sedzicki / Dongchun Ni / Frank Lehmann / Na Wu / Renato Zenobi / Seunho Jung / Henning Stahlberg / Christoph Dehio /
要旨: Polysaccharides play critical roles in bacteria, including the formation of protective capsules and biofilms and establishing specific host cell interactions. Their transport across membranes is ...Polysaccharides play critical roles in bacteria, including the formation of protective capsules and biofilms and establishing specific host cell interactions. Their transport across membranes is often mediated by ATP-binding cassette (ABC) transporters, which utilize ATP to translocate diverse molecules. Cyclic β-glucans (CβGs) are critical for host interaction of the Rhizobiales, including the zoonotic pathogen Brucella. CβGs are exported into the periplasmic space by the cyclic glucan transporter (Cgt). The interaction of an ABC transporter with a polysaccharide substrate has not been visualized so far. Here we use single-particle cryoelectron microscopy to elucidate the structures of Cgt from Brucella abortus in four conformational states. The substrate-bound structure reveals an unusual binding pocket at the height of the cytoplasmic leaflet, whereas ADP-vanadate models hint at an alternative mechanism of substrate release. Our work provides insights into the translocation of large, heterogeneous substrates and sheds light on protein-polysaccharide interactions in general.
履歴
登録2022年4月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14843.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14843.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 240 pix.
= 246. Å		1.03 Å/pix.
x 240 pix.
= 246. Å		1.03 Å/pix.
x 240 pix.
= 246. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.025 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.43
最小 - 最大-3.7213235 - 5.966624
平均 (標準偏差)0.0035766799 (±0.119874135)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 246.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_14843_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14843_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14843_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CGT ABC transporter in apo form

全体名称: CGT ABC transporter in apo form
要素
  • 複合体: CGT ABC transporter in apo form
    • タンパク質・ペプチド: Beta-(1-->2)glucan export ATP-binding/permease protein NdvA
  • リガンド: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE

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超分子 #1: CGT ABC transporter in apo form

超分子名称: CGT ABC transporter in apo form / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌)
分子量理論値: 125 KDa

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分子 #1: Beta-(1-->2)glucan export ATP-binding/permease protein NdvA

分子名称: Beta-(1-->2)glucan export ATP-binding/permease protein NdvA
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type beta-glucan transporter
由来(天然)生物種: Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌) / 株: 2308
分子量理論値: 66.027914 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSLLKIYWRA MQYLAVERTA TITMCVASVL VALVTLAEPV LFGRVIQSIS DKGDIFSPLL MWAALGGFNI MAAVFVARGA DRLAHRRRL GVMIDSYERL ITMPLAWHQK RGTSNALHTL IRATDSLFTL WLEFMRQHLT TVVALATLIP VAMTMDMRMS L VLIVLGVI ...文字列:
MSLLKIYWRA MQYLAVERTA TITMCVASVL VALVTLAEPV LFGRVIQSIS DKGDIFSPLL MWAALGGFNI MAAVFVARGA DRLAHRRRL GVMIDSYERL ITMPLAWHQK RGTSNALHTL IRATDSLFTL WLEFMRQHLT TVVALATLIP VAMTMDMRMS L VLIVLGVI YVMIGQLVMR KTKDGQAAVE KHHHKLFEHV SDTISNVSVV QSYNRIASET QALRDYAKNL ENAQFPVLNW WA LASGLNR MASTFSMVVV LVLGAYFVTK GQMRVGDVIA FIGFAQLMIG RLDQISAFIN QTVTARAKLE EFFQMEDATA DRQ EPENVA DLNDVKGDIV FDNVTYEFPN SGQGVYDVSF EVKPGQTVAI VGPTGAGKTT LINLLQRVFD PAAGRIMIDG TDTR TVSRR SLRHAIATVF QDAGLFNRSV EDNIRVGRAN ATHEEVHAAA KAAAAHDFIL AKSEGYDTFV GERGSQLSGG ERQRL AIAR AILKDSPILV LDEATSALDV ETEEKVTQAV DELSHNRTTF IIAHRLSTVR SADLVLFMDK GHLVESGSFN ELAERG GRF SDLLRAGGLK LEDKQPKQPV VEGSNVMPFP VKGAVA

UniProtKB: Beta-(1-->2)glucan export ATP-binding/permease protein NdvA

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分子 #2: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE

分子名称: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: PLC
分子量理論値: 622.834 Da
Chemical component information

ChemComp-PLC:
DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細abc transporter

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 575806
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 383591
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 180
得られたモデル

PDB-7zo8:
cryo-EM structure of CGT ABC transporter in nanodisc apo state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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