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- EMDB-14783: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS114 and ACS122 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14783
タイトルAMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS114 and ACS122
マップデータAMC009 SOSIPv5.2 ACS114 Fab ACS122 Fab
試料
  • 複合体: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS114 and ACS122
    • タンパク質・ペプチド: AMC009 SOSIPv5.2 envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: AMC009 SOSIPv5.2 envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: ACS114 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: ACS114 light chain
    • タンパク質・ペプチド: ACS122 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: ACS122 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV-1 / antibodies / silent face / gp120-gp41 interface / VIRAL PROTEIN
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.99 Å
データ登録者van Schooten J / Ozorowski G / Ward A
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-002916 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI110657 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2022
タイトル: Complementary antibody lineages achieve neutralization breadth in an HIV-1 infected elite neutralizer.
著者: Jelle van Schooten / Anna Schorcht / Elinaz Farokhi / Jeffrey C Umotoy / Hongmei Gao / Tom L G M van den Kerkhof / Jessica Dorning / Tim G Rijkhold Meesters / Patricia van der Woude / Judith ...著者: Jelle van Schooten / Anna Schorcht / Elinaz Farokhi / Jeffrey C Umotoy / Hongmei Gao / Tom L G M van den Kerkhof / Jessica Dorning / Tim G Rijkhold Meesters / Patricia van der Woude / Judith A Burger / Tom Bijl / Riham Ghalaiyini / Alba Torrents de la Peña / Hannah L Turner / Celia C Labranche / Robyn L Stanfield / Devin Sok / Hanneke Schuitemaker / David C Montefiori / Dennis R Burton / Gabriel Ozorowski / Michael S Seaman / Ian A Wilson / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / Marit J van Gils /
要旨: Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) have remarkable breadth and potency against most HIV-1 subtypes and are able to prevent HIV-1 infection in animal models. However, bNAbs are extremely ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) have remarkable breadth and potency against most HIV-1 subtypes and are able to prevent HIV-1 infection in animal models. However, bNAbs are extremely difficult to induce by vaccination. Defining the developmental pathways towards neutralization breadth can assist in the design of strategies to elicit protective bNAb responses by vaccination. Here, HIV-1 envelope glycoproteins (Env)-specific IgG+ B cells were isolated at various time points post infection from an HIV-1 infected elite neutralizer to obtain monoclonal antibodies (mAbs). Multiple antibody lineages were isolated targeting distinct epitopes on Env, including the gp120-gp41 interface, CD4-binding site, silent face and V3 region. The mAbs each neutralized a diverse set of HIV-1 strains from different clades indicating that the patient's remarkable serum breadth and potency might have been the result of a polyclonal mixture rather than a single bNAb lineage. High-resolution cryo-electron microscopy structures of the neutralizing mAbs (NAbs) in complex with an Env trimer generated from the same individual revealed that the NAbs used multiple strategies to neutralize the virus; blocking the receptor binding site, binding to HIV-1 Env N-linked glycans, and disassembly of the trimer. These results show that diverse NAbs can complement each other to achieve a broad and potent neutralizing serum response in HIV-1 infected individuals. Hence, the induction of combinations of moderately broad NAbs might be a viable vaccine strategy to protect against a wide range of circulating HIV-1 viruses.
履歴
登録2022年4月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月21日-
マップ公開2022年9月21日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14783.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14783.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈AMC009 SOSIPv5.2 ACS114 Fab ACS122 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 300 pix.
= 345. Å		1.15 Å/pix.
x 300 pix.
= 345. Å		1.15 Å/pix.
x 300 pix.
= 345. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.7314662 - 1.1641225
平均 (標準偏差)0.00068869145 (±0.031770587)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 345.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14783_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: AMC009 SOSIPv5.2 ACS114 Fab ACS122 Fab half map A

ファイルemd_14783_half_map_1.map
注釈AMC009 SOSIPv5.2 ACS114 Fab ACS122 Fab half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: AMC009 SOSIPv5.2 ACS114 Fab ACS122 Fab half map B

ファイルemd_14783_half_map_2.map
注釈AMC009 SOSIPv5.2 ACS114 Fab ACS122 Fab half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS114 and ACS122

全体名称: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS114 and ACS122
要素
  • 複合体: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS114 and ACS122
    • タンパク質・ペプチド: AMC009 SOSIPv5.2 envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: AMC009 SOSIPv5.2 envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: ACS114 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: ACS114 light chain
    • タンパク質・ペプチド: ACS122 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: ACS122 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS114 and ACS122

超分子名称: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS114 and ACS122
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17 kDa/nm

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分子 #1: AMC009 SOSIPv5.2 envelope glycoprotein gp120

分子名称: AMC009 SOSIPv5.2 envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 54.145488 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ARADKLWVTV YYGVPVWKEA TTTLFCASDA KAYDTEVRNV WATHCCVPTD PNPQEVVLEN VTENFNMWKN DMVEQMHEDI ISLWDQSLK PCVKLTPLCV TLNCTDYVGN ATNASTTNAT GGIGGTVERG EIKNCSFNIT TSIRDKVQKE YALFYKLDIV P IDNDNTNN ...文字列:
ARADKLWVTV YYGVPVWKEA TTTLFCASDA KAYDTEVRNV WATHCCVPTD PNPQEVVLEN VTENFNMWKN DMVEQMHEDI ISLWDQSLK PCVKLTPLCV TLNCTDYVGN ATNASTTNAT GGIGGTVERG EIKNCSFNIT TSIRDKVQKE YALFYKLDIV P IDNDNTNN SYRLINCNTS VIKQACPKVS FEPIPIHYCA PAGFAILKCN DKKFNGTGPC TNVSTVQCTH GIRPVVSTQL LL NGSLAEK EVVIRSQNFT NNAKVIIVQL NESVVINCTR PNNNTRKSIH IAPGRWFYTT GAIIGDIRQA HCNISRVKWN NTL KQIATK LREQFKNKTI AFNQSSGGDP EIVMHSFNCG GEFFYCNTTQ LFNSTWNDTE VSNYNDITHI TLPCRIKQII NMWQ KVGKA MYAPPIRGQI RCSSNITGLL LTRDGGSNEN KTSETETFRP AGGDMRDNWR SELYKYKVVK IEPLGVAPTK CKRRV VQ

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分子 #2: AMC009 SOSIPv5.2 envelope glycoprotein gp41

分子名称: AMC009 SOSIPv5.2 envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.423865 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGAIGAVFL GFLGAAGSTM GAASMTLTVQ ARQLLSGIVQ QQNNLLRAPE CQQHMLKLTV WGIKQLQARV LAVERYLRDQ QLLGIWGCS GKLICCTAVP WNNSWSNRSL DMIWNNMTWI EWEREIDNYT GLIYNLLEES QNQQEKNEQE LLELD

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分子 #3: ACS114 heavy chain

分子名称: ACS114 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.280985 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQQWGGG LLKPSQTLSL TCAVYRWTFN DHYWSWVRQS PGKGLEWIGE ISWGGATNYN PSLKSRVTMS VDTSMSHVSL KMTSVTAAD TGVYYCVRVG PGPHMAALDY WGHGSRVLVS S

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分子 #4: ACS114 light chain

分子名称: ACS114 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.186664 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIVMTQTPLS SPVTLGQPAS ISCGSSQSLV HSDGNTYLSW LQQRPGQPPR LLIYKISNRI SGLPDRFSGS GAETNFTLKI SRVEAEDVG LYYCVQGTQF PWTSGQGTKV EIK

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分子 #5: ACS122 heavy chain

分子名称: ACS122 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.774439 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPG LVKPSEALSL TCSVSGVAIS RHYWNWIRQP PGKGLEWIGY IFFNGNTNYS PSLKSRVTIS VDTSKNEFSL TLRSVTAAD TAVYYCAREK SVVEPDNMVR WFDPWGQGTL VTVSS

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分子 #6: ACS122 light chain

分子名称: ACS122 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.668917 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SYELTQPPSV SVAPGKTARI TCGGNNIGSK SVHWYQQKPG QAPVLVIYYD SDRPSGIPER FSGSKSGNTA TLTISRVEAG DEADYYCQV WDSSRDHCVF GIGTKVTVL

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分子 #13: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 21 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 49.3 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6vo3

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 159597
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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