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- EMDB-14774: PTX3 Pentraxin Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14774
タイトルPTX3 Pentraxin Domain
マップデータCryo electron microscopy derived map of the long pentraxin 3.
試料
  • 複合体: Long pentraxin 3 pentraxin domain
    • タンパク質・ペプチド: Pentraxin-related protein PTX3
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water水
機能・相同性
機能・相同性情報


(1->3)-beta-D-glucan binding / negative regulation by host of viral exo-alpha-sialidase activity / negative regulation by host of viral glycoprotein metabolic process / negative regulation of exo-alpha-sialidase activity / negative regulation of glycoprotein metabolic process / ovarian cumulus expansion / negative regulation by host of viral process / オプソニン化 / complement component C1q complex binding / response to yeast ...(1->3)-beta-D-glucan binding / negative regulation by host of viral exo-alpha-sialidase activity / negative regulation by host of viral glycoprotein metabolic process / negative regulation of exo-alpha-sialidase activity / negative regulation of glycoprotein metabolic process / ovarian cumulus expansion / negative regulation by host of viral process / オプソニン化 / complement component C1q complex binding / response to yeast / negative regulation of viral entry into host cell / virion binding / positive regulation of phagocytosis / extracellular matrix organization / 細胞外マトリックス / specific granule lumen / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / 炎症 / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Pentraxin-related protein PTX3 / LamG-like jellyroll fold / LamG-like jellyroll fold domain / Pentaxin, conserved site / Pentraxin domain signature. / Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pentraxin-related protein PTX3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Noone DP / Sharp TH
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)759517European Union
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: PTX3 structure determination using a hybrid cryoelectron microscopy and AlphaFold approach offers insights into ligand binding and complement activation.
著者: Dylan P Noone / Douwe J Dijkstra / Teun T van der Klugt / Peter A van Veelen / Arnoud H de Ru / Paul J Hensbergen / Leendert A Trouw / Thomas H Sharp /
要旨: Pattern recognition molecules (PRMs) form an important part of innate immunity, where they facilitate the response to infections and damage by triggering processes such as inflammation. The pentraxin ...Pattern recognition molecules (PRMs) form an important part of innate immunity, where they facilitate the response to infections and damage by triggering processes such as inflammation. The pentraxin family of soluble PRMs comprises long and short pentraxins, with the former containing unique N-terminal regions unrelated to other proteins or each other. No complete high-resolution structural information exists about long pentraxins, unlike the short pentraxins, where there is an abundance of both X-ray and cryoelectron microscopy (cryo-EM)-derived structures. This study presents a high-resolution structure of the prototypical long pentraxin, PTX3. Cryo-EM yielded a 2.5-Å map of the C-terminal pentraxin domains that revealed a radically different quaternary structure compared to other pentraxins, comprising a glycosylated D4 symmetrical octameric complex stabilized by an extensive disulfide network. The cryo-EM map indicated α-helices that extended N terminal of the pentraxin domains that were not fully resolved. AlphaFold was used to predict the remaining N-terminal structure of the octameric PTX3 complex, revealing two long tetrameric coiled coils with two hinge regions, which was validated using classification of cryo-EM two-dimensional averages. The resulting hybrid cryo-EM/AlphaFold structure allowed mapping of ligand binding sites, such as C1q and fibroblast growth factor-2, as well as rationalization of previous biochemical data. Given the relevance of PTX3 in conditions ranging from COVID-19 prognosis, cancer progression, and female infertility, this structure could be used to inform the understanding and rational design of therapies for these disorders and processes.
履歴
登録2022年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月3日-
マップ公開2022年8月3日-
更新2022年8月17日-
現状2022年8月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14774.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14774.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo electron microscopy derived map of the long pentraxin 3.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 300.96 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 300.96 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 300.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.836 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0169
最小 - 最大-0.06510266 - 0.13083449
平均 (標準偏差)8.732903e-05 (±0.0027374856)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 300.96002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14774_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unmasked version of the map of the long pentraxin 3.

ファイルemd_14774_additional_1.map
注釈Unmasked version of the map of the long pentraxin 3.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of the refinement job in Relion.

ファイルemd_14774_half_map_1.map
注釈Half map of the refinement job in Relion.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of the refinement job in Relion.

ファイルemd_14774_half_map_2.map
注釈Half map of the refinement job in Relion.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Long pentraxin 3 pentraxin domain

全体名称: Long pentraxin 3 pentraxin domain
要素
  • 複合体: Long pentraxin 3 pentraxin domain
    • タンパク質・ペプチド: Pentraxin-related protein PTX3
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Long pentraxin 3 pentraxin domain

超分子名称: Long pentraxin 3 pentraxin domain / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: CryoEM derived map of the pentraxin domains of PTX3. At higher isosurface threshold values the start of the coiled coil N-terminal domain can be seen.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 336 KDa

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分子 #1: Pentraxin-related protein PTX3

分子名称: Pentraxin-related protein PTX3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Pentraxin domain of the long pentraxin 3. No N-terminal domain is included in this coordinate file.
コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.842914 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: HHHHHHENLY FQGENSDDYD LMYVNLDNEI DNGLHPTEDP TPCACGQEHS EWDKLFIMLE NSQMRERMLL QATDDVLRGE LQRLREELG RLAESLARPC APGAPAEARL TSALDELLQA TRDAGRRLAR MEGAEAQRPE EAGRALAAVL EELRQTRADL H AVQGWAAR ...文字列:
HHHHHHENLY FQGENSDDYD LMYVNLDNEI DNGLHPTEDP TPCACGQEHS EWDKLFIMLE NSQMRERMLL QATDDVLRGE LQRLREELG RLAESLARPC APGAPAEARL TSALDELLQA TRDAGRRLAR MEGAEAQRPE EAGRALAAVL EELRQTRADL H AVQGWAAR SWLPAGCETA ILFPMRSKKI FGSVHPVRPM RLESFSACIW VKATDVLNKT ILFSYGTKRN PYEIQLYLSY QS IVFVVGG EENKLVAEAM VSLGRWTHLC GTWNSEEGLT SLWVNGELAA TTVEMATGHI VPEGGILQIG QEKNGCCVGG GFD ETLAFS GRLTGFNIWD SVLSNEEIRE TGGAESCHIR GNIVGWGVTE IQPHGGAQYV S

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 379 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度23 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
500.0 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
0.05 % (w/v)Tween-20
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 65 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA EM GP
詳細PTX3 at concentrations between 1-2 uM in 20 mM Tris-HCl, 500 mM NaCl, pH 8.0 was concentrated in a 50 kDa molecular weight cut-off spin filter to concentrations between 60-70 uM.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 90.15 K / 最高: 103.15 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4612 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1360284
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Generated an initial model in Relion 3.1
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 276374
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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