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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of 1PBC- and calcium-bound mTMEM16A(ac) chloride channel at 2.85 A resolution | |||||||||
![]() | Cryo-EM map of 1PBC- and calcium-bound mTMEM16A(ac) chloride channel at 2.85 A resolution | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() glial cell projection elongation / trachea development / iodide transmembrane transporter activity / iodide transport / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / mucus secretion / cellular response to peptide / Stimuli-sensing channels / voltage-gated chloride channel activity / calcium-activated cation channel activity ...glial cell projection elongation / trachea development / iodide transmembrane transporter activity / iodide transport / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / mucus secretion / cellular response to peptide / Stimuli-sensing channels / voltage-gated chloride channel activity / calcium-activated cation channel activity / protein localization to membrane / chloride transport / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lam AKM / Rutz S / Dutzler R | |||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Inhibition mechanism of the chloride channel TMEM16A by the pore blocker 1PBC. 著者: Andy K M Lam / Sonja Rutz / Raimund Dutzler / ![]() 要旨: TMEM16A, a calcium-activated chloride channel involved in multiple cellular processes, is a proposed target for diseases such as hypertension, asthma, and cystic fibrosis. Despite these therapeutic ...TMEM16A, a calcium-activated chloride channel involved in multiple cellular processes, is a proposed target for diseases such as hypertension, asthma, and cystic fibrosis. Despite these therapeutic promises, its pharmacology remains poorly understood. Here, we present a cryo-EM structure of TMEM16A in complex with the channel blocker 1PBC and a detailed functional analysis of its inhibition mechanism. A pocket located external to the neck region of the hourglass-shaped pore is responsible for open-channel block by 1PBC and presumably also by its structural analogs. The binding of the blocker stabilizes an open-like conformation of the channel that involves a rearrangement of several pore helices. The expansion of the outer pore enhances blocker sensitivity and enables 1PBC to bind at a site within the transmembrane electric field. Our results define the mechanism of inhibition and gating and will facilitate the design of new, potent TMEM16A modulators. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 10.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 90.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 244.1 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 192.3 MB 191.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zk3MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of 1PBC- and calcium-bound mTMEM16A(ac) chloride channel at 2.85 A resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.989 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1
ファイル | emd_14753_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2
ファイル | emd_14753_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : mouse TMEM16A ac splice variant in complex with 1PBC and calcium
全体 | 名称: mouse TMEM16A ac splice variant in complex with 1PBC and calcium |
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要素 |
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-超分子 #1: mouse TMEM16A ac splice variant in complex with 1PBC and calcium
超分子 | 名称: mouse TMEM16A ac splice variant in complex with 1PBC and calcium タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Anoctamin-1
分子 | 名称: Anoctamin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 111.058992 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MRVPEKYSTL PAEDRSVHIV NICAIEDLGY LPSEGTLLNS LSVDPDAECK YGLYFRDGKR KVDYILVYHH KRASGSRTLA RRGLQNDMV LGTRSVRQDQ PLPGKGSPVD AGSPEVPMDY HEDDKRFRRE EYEGNLLEAG LELENDEDTK IHGVGFVKIH A PWHVLCRE ...文字列: MRVPEKYSTL PAEDRSVHIV NICAIEDLGY LPSEGTLLNS LSVDPDAECK YGLYFRDGKR KVDYILVYHH KRASGSRTLA RRGLQNDMV LGTRSVRQDQ PLPGKGSPVD AGSPEVPMDY HEDDKRFRRE EYEGNLLEAG LELENDEDTK IHGVGFVKIH A PWHVLCRE AEFLKLKMPT KKVYHISETR GLLKTINSVL QKITDPIQPK VAEHRPQTTK RLSYPFSREK QHLFDLTDRD SF FDSKTRS TIVYEILKRT TCTKAKYSMG ITSLLANGVY SAAYPLHDGD YEGDNVEFND RKLLYEEWAS YGVFYKYQPI DLV RKYFGE KVGLYFAWLG AYTQMLIPAS IVGVIVFLYG CATVDENIPS MEMCDQRYNI TMCPLCDKTC SYWKMSSACA TARA SHLFD NPATVFFSVF MALWAATFME HWKRKQMRLN YRWDLTGFEE EEEAVKDHPR AEYEARVLEK SLRKESRNKE TDKVK LTWR DRFPAYFTNL VSIIFMIAVT FAIVLGVIIY RISTAAALAM NSSPSVRSNI RVTVTATAVI INLVVIILLD EVYGCI ARW LTKIEVPKTE KSFEERLTFK AFLLKFVNSY TPIFYVAFFK GRFVGRPGDY VYIFRSFRME ECAPGGCLME LCIQLSI IM LGKQLIQNNL FEIGIPKMKK FIRYLKLRRQ SPSDREEYVK RKQRYEVDFN LEPFAGLTPE YMEMIIQFGF VTLFVASF P LAPLFALLNN IIEIRLDAKK FVTELRRPVA IRAKDIGIWY NILRGVGKLA VIINAFVISF TSDFIPRLVY LYMYSQNGT MHGFVNHTLS SFNVSDFQNG TAPNDPLDLG YEVQICRYKD YREPPWSEHK YDISKDFWAV LAARLAFVIV FQNLVMFMSD FVDWVIPDI PKDISQQIHK EKVLMVELFM REEQGKQQLL DTWMEKEKPR DVPCNNHSPT THPEAGDGSP VPSYEYHGDA L |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #3: 1-Hydroxy-3-(trifluoromethyl)pyrido[1,2-a]benzimidazole-4-carbonitrile
分子 | 名称: 1-Hydroxy-3-(trifluoromethyl)pyrido[1,2-a]benzimidazole-4-carbonitrile タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: JRF |
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分子量 | 理論値: 277.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-JRF: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 61.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 101813 |