[日本語] English
万見
- EMDB-14618: Dipeptide and tripeptide Permease C (DtpC) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14618
タイトルDipeptide and tripeptide Permease C (DtpC)
マップデータPost-processed map. Focused ref on one copy of DtpC.
試料
  • 細胞: Dipeptide and tripeptide permease C (DtpC)
    • タンパク質・ペプチド: Amino acid/peptide transporter
キーワードMembrane protein / Peptide transporter / Proton coupled oligopeptide transporter / POT / MFS / DtpC. / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dipeptide/tripeptide permease / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amino acid/peptide transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Killer M / Finocchio G / Pardon E / Steyaert J / Loew C
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM Structure of an Atypical Proton-Coupled Peptide Transporter: Di- and Tripeptide Permease C.
著者: Maxime Killer / Giada Finocchio / Haydyn D T Mertens / Dmitri I Svergun / Els Pardon / Jan Steyaert / Christian Löw /
要旨: Proton-coupled Oligopeptide Transporters (POTs) of the Major Facilitator Superfamily (MFS) mediate the uptake of short di- and tripeptides in all phyla of life. POTs are thought to constitute the ...Proton-coupled Oligopeptide Transporters (POTs) of the Major Facilitator Superfamily (MFS) mediate the uptake of short di- and tripeptides in all phyla of life. POTs are thought to constitute the most promiscuous class of MFS transporters, with the potential to transport more than 8400 unique substrates. Over the past two decades, transport assays and biophysical studies have shown that various orthologues and paralogues display differences in substrate selectivity. The genome codes for four different POTs, known as Di- and tripeptide permeases A-D (DtpA-D). DtpC was shown previously to favor positively charged peptides as substrates. In this study, we describe, how we determined the structure of the 53 kDa DtpC by cryogenic electron microscopy (cryo-EM), and provide structural insights into the ligand specificity of this atypical POT. We collected and analyzed data on the transporter fused to split superfolder GFP (split sfGFP), in complex with a 52 kDa Pro-macrobody and with a 13 kDa nanobody. The latter sample was more stable, rigid and a significant fraction dimeric, allowing us to reconstruct a 3D volume of DtpC at a resolution of 2.7 Å. This work provides a molecular explanation for the selectivity of DtpC, and highlights the value of small and rigid fiducial markers such as nanobodies for structure determination of low molecular weight integral membrane proteins lacking soluble domains.
履歴
登録2022年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月6日-
マップ公開2022年7月6日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_14618.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14618.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Post-processed map. Focused ref on one copy of DtpC.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.85 Å/pix.
x 115 pix.
= 97.75 Å		0.85 Å/pix.
x 115 pix.
= 97.75 Å		0.85 Å/pix.
x 113 pix.
= 96.05 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0
最小 - 最大-9.466241999999999 - 18.653155999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000002885 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin147161141
サイズ115113115
Spacing115115113
セルA: 97.75 Å / B: 97.75 Å / C: 96.05 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_14618_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Post-processed map. Dimeric reconstruction in complex with nanobody...

ファイルemd_14618_additional_1.map
注釈Post-processed map. Dimeric reconstruction in complex with nanobody 26.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Half map 1. Dimeric reconstruction in complex with nanobody 26.

ファイルemd_14618_additional_2.map
注釈Half map 1. Dimeric reconstruction in complex with nanobody 26.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Half map 2. Dimeric reconstruction in complex with nanobody 26.

ファイルemd_14618_additional_3.map
注釈Half map 2. Dimeric reconstruction in complex with nanobody 26.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 1. Focused ref on one copy of DtpC.

ファイルemd_14618_half_map_1.map
注釈Half map 1. Focused ref on one copy of DtpC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2. Focused ref on one copy of DtpC.

ファイルemd_14618_half_map_2.map
注釈Half map 2. Focused ref on one copy of DtpC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Dipeptide and tripeptide permease C (DtpC)

全体名称: Dipeptide and tripeptide permease C (DtpC)
要素
  • 細胞: Dipeptide and tripeptide permease C (DtpC)
    • タンパク質・ペプチド: Amino acid/peptide transporter

-
超分子 #1: Dipeptide and tripeptide permease C (DtpC)

超分子名称: Dipeptide and tripeptide permease C (DtpC) / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
分子 #1: Amino acid/peptide transporter

分子名称: Amino acid/peptide transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 53.090273 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKTPSQPRAI YYIVAIQIWE YFSFYGMRAL LILYLTHQLG FDDNHAISLF SAYASLVYVT PILGGWLADR LLGNRTAVIA GALLMTLGH VVLGIDTNST FSLYLALAII ICGYGLFKSN ISCLLGELYD ENDHRRDGGF SLLYAAGNIG SIAAPIACGL A AQWYGWHV ...文字列:
MKTPSQPRAI YYIVAIQIWE YFSFYGMRAL LILYLTHQLG FDDNHAISLF SAYASLVYVT PILGGWLADR LLGNRTAVIA GALLMTLGH VVLGIDTNST FSLYLALAII ICGYGLFKSN ISCLLGELYD ENDHRRDGGF SLLYAAGNIG SIAAPIACGL A AQWYGWHV GFALAGGGMF IGLLIFLSGH RHFQSTRSMD KKALTSVKFA LPVWSWLVVM LCLAPVFFTL LLENDWSGYL LA IVCLIAA QIIARMMIKF PEHRRALWQI VLLMFVGTLF WVLAQQGGST ISLFIDRFVN RQAFNIEVPT ALFQSVNAIA VML AGVVLA WLASPESRGN STLRVWLKFA FGLLLMACGF MLLAFDARHA AADGQASMGV MISGLALMGF AELFIDPVAI AQIT RLKMS GVLTGIYMLA TGAVANWLAG VVAQQTTESQ ISGMAIAAYQ RFFSQMGEWT LACVAIIVVL AFATRFLFST PTNMI QESN D

UniProtKB: Amino acid/peptide transporter

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 24333 / 平均電子線量: 75.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 6464070
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 878428
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る