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- EMDB-14361: Tomogram showing SARS-CoV-2 virions that have a budding like prof... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14361
タイトルTomogram showing SARS-CoV-2 virions that have a budding like profile within a viral containing compartment
マップデータTomogram showing SARS-CoV-2 virions that have a budding like profile within a viral containing compartment
試料
  • 細胞: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法
データ登録者Pinto AL / Rai RK / Brown JC / Griffin P / Edgar JR / Shah A / Singanayagam A / Hogg C / Barclay WS / Futter CE / Burgoyne T
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Ultrastructural insight into SARS-CoV-2 entry and budding in human airway epithelium.
著者: Andreia L Pinto / Ranjit K Rai / Jonathan C Brown / Paul Griffin / James R Edgar / Anand Shah / Aran Singanayagam / Claire Hogg / Wendy S Barclay / Clare E Futter / Thomas Burgoyne /
要旨: Ultrastructural studies of SARS-CoV-2 infected cells are crucial to better understand the mechanisms of viral entry and budding within host cells. Here, we examined human airway epithelium infected ...Ultrastructural studies of SARS-CoV-2 infected cells are crucial to better understand the mechanisms of viral entry and budding within host cells. Here, we examined human airway epithelium infected with three different isolates of SARS-CoV-2 including the B.1.1.7 variant by transmission electron microscopy and tomography. For all isolates, the virus infected ciliated but not goblet epithelial cells. Key SARS-CoV-2 entry molecules, ACE2 and TMPRSS2, were found to be localised to the plasma membrane including microvilli but excluded from cilia. Consistently, extracellular virions were seen associated with microvilli and the apical plasma membrane but rarely with ciliary membranes. Profiles indicative of viral fusion where tomography showed that the viral membrane was continuous with the apical plasma membrane and the nucleocapsids diluted, compared with unfused virus, demonstrate that the plasma membrane is one site of entry where direct fusion releasing the nucleoprotein-encapsidated genome occurs. Intact intracellular virions were found within ciliated cells in compartments with a single membrane bearing S glycoprotein. Tomography showed concentration of nucleocapsids round the periphery of profiles strongly suggestive of viral budding into these compartments and this may explain how virions gain their S glycoprotein containing envelope.
履歴
登録2022年2月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月23日-
マップ公開2022年3月23日-
更新2022年4月6日-
現状2022年4月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14361.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14361.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 619.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Tomogram showing SARS-CoV-2 virions that have a budding like profile within a viral containing compartment
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.867 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)48.81114 (±17.610847)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-45
サイズ2672267291
Spacing2672267291
セルA: 15676.624 Å / B: 15676.624 Å / C: 533.89703 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

全体名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
要素
  • 細胞: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

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超分子 #1: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

超分子名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
染色タイプ: POSITIVE / 材質: infected cells / 詳細: En bloc staining
糖包埋材質: Epon 812
切片作成ウルトラミクロトーム - 装置: Leica ultramicrotome
ウルトラミクロトーム - 温度: 293 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 100 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1400
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 使用した粒子像数: 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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