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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14315 | |||||||||
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タイトル | The SARS-CoV-2 spike in complex with the 1.10 neutralizing nanobody | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Casasnovas JM / Melero R / Arranz R / Fernandez LA | |||||||||
資金援助 | スペイン, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Front Immunol / 年: 2022 タイトル: Nanobodies Protecting From Lethal SARS-CoV-2 Infection Target Receptor Binding Epitopes Preserved in Virus Variants Other Than Omicron. 著者: José M Casasnovas / Yago Margolles / María A Noriega / María Guzmán / Rocío Arranz / Roberto Melero / Mercedes Casanova / Juan Alberto Corbera / Nereida Jiménez-de-Oya / Pablo ...著者: José M Casasnovas / Yago Margolles / María A Noriega / María Guzmán / Rocío Arranz / Roberto Melero / Mercedes Casanova / Juan Alberto Corbera / Nereida Jiménez-de-Oya / Pablo Gastaminza / Urtzi Garaigorta / Juan Carlos Saiz / Miguel Ángel Martín-Acebes / Luis Ángel Fernández / 要旨: The emergence of SARS-CoV-2 variants that escape from immune neutralization are challenging vaccines and antibodies developed to stop the COVID-19 pandemic. Thus, it is important to establish ...The emergence of SARS-CoV-2 variants that escape from immune neutralization are challenging vaccines and antibodies developed to stop the COVID-19 pandemic. Thus, it is important to establish therapeutics directed toward multiple or specific SARS-CoV-2 variants. The envelope spike (S) glycoprotein of SARS-CoV-2 is the key target of neutralizing antibodies (Abs). We selected a panel of nine nanobodies (Nbs) from dromedary camels immunized with the receptor-binding domain (RBD) of the S, and engineered Nb fusions as humanized heavy chain Abs (hcAbs). Nbs and derived hcAbs bound with subnanomolar or picomolar affinities to the S and its RBD, and S-binding cross-competition clustered them in two different groups. Most of the hcAbs hindered RBD binding to its human ACE2 (hACE2) receptor, blocked cell entry of viruses pseudotyped with the S protein and neutralized SARS-CoV-2 infection in cell cultures. Four potent neutralizing hcAbs prevented the progression to lethal SARS-CoV-2 infection in hACE2-transgenic mice, demonstrating their therapeutic potential. Cryo-electron microscopy identified Nb binding epitopes in and out the receptor binding motif (RBM), and showed different ways to prevent virus binding to its cell entry receptor. The Nb binding modes were consistent with its recognition of SARS-CoV-2 RBD variants; mono and bispecific hcAbs efficiently bound all variants of concern except omicron, which emphasized the immune escape capacity of this latest variant. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14315.map.gz | 405 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14315-v30.xml emd-14315.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14315_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14315.png | 40.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14315 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14315 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14315_validation.pdf.gz | 321 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14315_full_validation.pdf.gz | 320.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14315_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14315_validation.cif.gz | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14315 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14315 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14315.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 454.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The trimeric SARS-CooV-2 spike in complex with the 1.10 neutraliz...
全体 | 名称: The trimeric SARS-CooV-2 spike in complex with the 1.10 neutralizing nanobody |
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要素 |
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-超分子 #1: The trimeric SARS-CooV-2 spike in complex with the 1.10 neutraliz...
超分子 | 名称: The trimeric SARS-CooV-2 spike in complex with the 1.10 neutralizing nanobody タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: Complex of a soluble spike of the SARS-CoV-2 stabilized in the prefusion form with the 2.15 nanobody bound to its RBD |
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分子量 | 実験値: 10.0 kDa/nm |
-超分子 #2: SARS-CoV-2 spike
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 spike / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Trimeric spike in its prefusion conformation |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他) 組換細胞: HEK293F |
-超分子 #3: Nanobody 1.10
超分子 | 名称: Nanobody 1.10 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 / 詳細: Immunoglobulin domain |
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由来(天然) | 生物種: Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) |
組換発現 | 生物種: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他) 組換細胞: HEK293F |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 140.113922 KDa |
組換発現 | 生物種: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STPSALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQGSGSGYI PEAPRDGQAY VRKDGEWVLL STFLGTENLY FQGDYKDDDD KGSHHHHHH |
-分子 #2: Camel-derived nanobody 1.10
分子 | 名称: Camel-derived nanobody 1.10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) |
分子量 | 理論値: 13.320822 KDa |
組換発現 | 生物種: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG SVQAGGSLRL SCAASGYTYS TCRKGWYRQA PGKERELVAS ITADGATYYL DSVKGRLTIS QDNAKNTVYL QMNSLKPED TAVYYCAASV KDFTCTFNSW GQGTQVTVSS ALVPR |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 33 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.7 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE | |||||||||
詳細 | The spike with the bound nanobody was purified by size exclusion chromatography. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 20000 |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
FSC曲線 (解像度の算出) |
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | Rigid body refinement. Real space refinement including 5 macro cycles of:Minimization_global, local_grid search and adp. Refinement at 4.0A of resolution. Refinement included NCS. | ||||||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 140 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient | ||||||||||
得られたモデル | PDB-7r4r: |