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万見
- EMDB-14180: Human Oxytocin receptor (OTR) oxytocin Gq chimera (mGoqi) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14180
タイトルHuman Oxytocin receptor (OTR) oxytocin Gq chimera (mGoqi) complex
マップデータprimary map
試料
  • 複合体: OTR in complex with Oxytocin, heterotrimeric mini-Gq chimera (Goqi) and scFv16
    • 複合体: Heterotrimeric mini-Gq chimera (Goqi) and Oxytocin receptor
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha,cDNA FLJ31446 fis, clone NT2NE2000909, highly similar to Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha 1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Oxytocin receptor
    • 複合体: Oxytocin
      • タンパク質・ペプチド: Oxytocin
    • 複合体: Antibody fragment scFv16
      • タンパク質・ペプチド: Antibody fragment scFv16
機能・相同性
機能・相同性情報


oxytocin receptor activity / positive regulation of hindgut contraction / response to anoxia / maternal aggressive behavior / oxytocin receptor binding / neurohypophyseal hormone activity / V1A vasopressin receptor binding / guanyl nucleotide binding / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin ...oxytocin receptor activity / positive regulation of hindgut contraction / response to anoxia / maternal aggressive behavior / oxytocin receptor binding / neurohypophyseal hormone activity / V1A vasopressin receptor binding / guanyl nucleotide binding / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / positive regulation of penile erection / maternal process involved in parturition / response to prostaglandin E / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / positive regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of urine volume / sperm ejaculation / response to sucrose / telencephalon development / drinking behavior / positive regulation of prostaglandin secretion / grooming behavior / response to ether / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / positive regulation of blood pressure / maternal behavior / neuropeptide hormone activity / positive regulation of ossification / digestive tract development / vesicle docking involved in exocytosis / positive regulation of synapse assembly / positive regulation of female receptivity / response to food / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / regulation of heart contraction / eating behavior / male mating behavior / suckling behavior / peptide hormone binding / microvillus / positive regulation of vasoconstriction / social behavior / estrous cycle / negative regulation of insulin secretion / positive regulation of synaptic transmission / G protein-coupled serotonin receptor binding / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / muscle contraction / response to electrical stimulus / response to retinoic acid / response to glucocorticoid / cellular response to hormone stimulus / response to cAMP / response to amphetamine / ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of blood pressure / lactation / regulation of heart rate / peptide binding / secretory granule / response to cocaine / response to activity / response to cytokine / locomotory behavior / response to progesterone / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / female pregnancy / adherens junction / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / terminal bouton / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / memory / response to peptide hormone / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste
類似検索 - 分子機能
Oxytocin receptor / Neurohypophysial hormone / Neurohypophysial hormone, conserved site / Neurohypophysial hormone domain superfamily / Neurohypophysial hormones, C-terminal Domain / Neurohypophysial hormones, N-terminal Domain / Neurohypophysial hormones signature. / Neurohypophysial hormones / Vasopressin receptor / G-protein alpha subunit, group I ...Oxytocin receptor / Neurohypophysial hormone / Neurohypophysial hormone, conserved site / Neurohypophysial hormone domain superfamily / Neurohypophysial hormones, C-terminal Domain / Neurohypophysial hormones, N-terminal Domain / Neurohypophysial hormones signature. / Neurohypophysial hormones / Vasopressin receptor / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha / cDNA FLJ31446 fis, clone NT2NE2000909, highly similar to Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha 1 / Oxytocin-neurophysin 1 / Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha / Oxytocin receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Waltenspuhl Y / Ehrenmann J / Vacca S / Thom C / Medalia O / Pluckthun A
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation31003A_182334 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the activation and ligand recognition of the human oxytocin receptor.
著者: Yann Waltenspühl / Janosch Ehrenmann / Santiago Vacca / Cristian Thom / Ohad Medalia / Andreas Plückthun /
要旨: The small cyclic neuropeptide hormone oxytocin (OT) and its cognate receptor play a central role in the regulation of social behaviour and sexual reproduction. Here we report the single-particle cryo- ...The small cyclic neuropeptide hormone oxytocin (OT) and its cognate receptor play a central role in the regulation of social behaviour and sexual reproduction. Here we report the single-particle cryo-electron microscopy structure of the active oxytocin receptor (OTR) in complex with its cognate ligand oxytocin. Our structure provides high-resolution insights into the OT binding mode, the OTR activation mechanism as well as the subtype specificity within the oxytocin/vasopressin receptor family.
履歴
登録2022年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月10日-
マップ公開2022年8月10日-
更新2022年8月10日-
現状2022年8月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14180.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14180.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 266.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 412 pix.
= 268.212 Å		0.65 Å/pix.
x 412 pix.
= 268.212 Å		0.65 Å/pix.
x 412 pix.
= 268.212 Å

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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.651 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.169
最小 - 最大-0.6546487 - 1.3876247
平均 (標準偏差)-2.4180672e-05 (±0.025879454)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ412412412
Spacing412412412
セルA=B=C: 268.212 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: raw map

ファイルemd_14180_additional_1.map
注釈raw map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : OTR in complex with Oxytocin, heterotrimeric mini-Gq chimera (Goq...

全体名称: OTR in complex with Oxytocin, heterotrimeric mini-Gq chimera (Goqi) and scFv16
要素
  • 複合体: OTR in complex with Oxytocin, heterotrimeric mini-Gq chimera (Goqi) and scFv16
    • 複合体: Heterotrimeric mini-Gq chimera (Goqi) and Oxytocin receptor
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha,cDNA FLJ31446 fis, clone NT2NE2000909, highly similar to Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha 1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Oxytocin receptor
    • 複合体: Oxytocin
      • タンパク質・ペプチド: Oxytocin
    • 複合体: Antibody fragment scFv16
      • タンパク質・ペプチド: Antibody fragment scFv16

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超分子 #1: OTR in complex with Oxytocin, heterotrimeric mini-Gq chimera (Goq...

超分子名称: OTR in complex with Oxytocin, heterotrimeric mini-Gq chimera (Goqi) and scFv16
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Heterotrimeric mini-Gq chimera (Goqi) and Oxytocin receptor

超分子名称: Heterotrimeric mini-Gq chimera (Goqi) and Oxytocin receptor
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3, #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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超分子 #3: Oxytocin

超分子名称: Oxytocin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Synthetic construct (人工物)

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超分子 #4: Antibody fragment scFv16

超分子名称: Antibody fragment scFv16 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha,cDNA FLJ314...

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha,cDNA FLJ31446 fis, clone NT2NE2000909, highly similar to Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.650412 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KNLKEDGISA AKDVKLLLLG ADNSGKSTIV KQMKIIHGGS GGSGGTTGIV ETHFTFKNLH FRLFDVGGQ RSERKKWIHC FEDVTAIIFC VDLSDYNRMH ESLMLFDSIC NNKFFIDTSI ILFLNKKDLF GEKIKKSPLT I CFPEYTGP ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KNLKEDGISA AKDVKLLLLG ADNSGKSTIV KQMKIIHGGS GGSGGTTGIV ETHFTFKNLH FRLFDVGGQ RSERKKWIHC FEDVTAIIFC VDLSDYNRMH ESLMLFDSIC NNKFFIDTSI ILFLNKKDLF GEKIKKSPLT I CFPEYTGP NTYEDAAAYI QAQFESKNRS PNKEIYCHMT CATDTNNAQV IFDAVTDIIL QMNLREYNLV

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.086641 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHHHH HGSSGSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHLA KIYAMHWGTD SRLLVSASQ DGKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN LKTREGNVRV SRELAGHTGY L SCCRFLDD ...文字列:
MHHHHHHHHH HGSSGSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHLA KIYAMHWGTD SRLLVSASQ DGKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN LKTREGNVRV SRELAGHTGY L SCCRFLDD NQIVTSSGDT TCALWDIETG QQTTTFTGHT GDVMSLSLAP DTRLFVSGAC DASAKLWDVR EGMCRQTFTG HE SDINAIC FFPNGNAFAT GSDDATCRLF DLRADQELMT YSHDNIICGI TSVSFSKSGR LLLAGYDDFN CNVWDALKAD RAG VLAGHD NRVSCLGVTD DGMAVATGSW DSFLKIWN

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

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分子 #4: Oxytocin

分子名称: Oxytocin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.008196 KDa
配列文字列:
CYIQNCPLG(NH2)

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分子 #5: Oxytocin receptor

分子名称: Oxytocin receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.777293 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEGALAANWS AEAANASAAP PGAEGNRTAG PPRRNEALAR VEVAVLCLIL LLALSGNACV LLALRTTRQK HSRLFFFMKH LSIADLVVA VFQVLPQLLW DITFRFYGPD LLCRLVKYLQ VVGMFASTYL LLLMSLDRCL AICQPLRSLR RRTYRLAVLA T WLGCLVAS ...文字列:
MEGALAANWS AEAANASAAP PGAEGNRTAG PPRRNEALAR VEVAVLCLIL LLALSGNACV LLALRTTRQK HSRLFFFMKH LSIADLVVA VFQVLPQLLW DITFRFYGPD LLCRLVKYLQ VVGMFASTYL LLLMSLDRCL AICQPLRSLR RRTYRLAVLA T WLGCLVAS APQVHIFSLR EVADGVFDCW AVFIQPWGPK AYITWITLAV YIVPVIVLAT CYGLISFKIW QNLRLKTAAA AA AEAPEGA AAGDGGRVAL ARVSSVKLIS KAKIRTVKMT FIIVLAFIVC WTPFFFVQMW SVWDANAPKE ASAFIIVMLL ASL NSCCNP WIYMLFTGHL FHELVQRFLC CSASYLKGRR LGK

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分子 #6: Antibody fragment scFv16

分子名称: Antibody fragment scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 26.679721 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 63.78 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 392369
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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