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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14145
タイトルStructure of Native, iodinated bovine thyroglobulin solved on strepavidin affinity grids.
マップデータMain map. This is a composit map build from a C2 map and two C1 map corresponding to both asymmetric units.
試料
  • 複合体: Native bovine thyroglobulin from thyroid gland, containing T3/T4 hormone precursors in two homonogenic sites.
    • タンパク質・ペプチド: Thyroglobulin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードThyroglobulin / thyroid hormone / iodine / precursor / HORMONE
機能・相同性
機能・相同性情報


hormone biosynthetic process / thyroid hormone generation / hormone activity / histone binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Thyroglobulin / : / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like ...Thyroglobulin / : / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Putative ephrin-receptor like / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Marechal N / Weitz JC / Serrano BP / Zhang X
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number
Not funded 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2022
タイトル: Formation of thyroid hormone revealed by a cryo-EM structure of native bovine thyroglobulin.
著者: Nils Marechal / Banyuhay P Serrano / Xinyan Zhang / Charles J Weitz /
要旨: Thyroid hormones are essential regulators of metabolism, development, and growth. They are formed from pairs of iodinated tyrosine residues within the precursor thyroglobulin (TG), a 660-kDa ...Thyroid hormones are essential regulators of metabolism, development, and growth. They are formed from pairs of iodinated tyrosine residues within the precursor thyroglobulin (TG), a 660-kDa homodimer of the thyroid gland, by an oxidative coupling reaction. Tyrosine pairs that give rise to thyroid hormones have been assigned within the structure of human TG, but the process of hormone formation is poorly understood. Here we report a ~3.3-Å cryo-EM structure of native bovine TG with nascent thyroid hormone formed at one of the predicted hormonogenic sites. Local structural rearrangements provide insight into mechanisms underlying thyroid hormone formation and stabilization.
履歴
登録2022年1月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月4日-
マップ公開2022年5月4日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14145.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map. This is a composit map build from a C2 map and two C1 map corresponding to both asymmetric units.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度
表面レベル登録者による: 6.0
最小 - 最大-46.450512000000003 - 70.826995999999994
平均 (標準偏差)-0.013722293 (±1.0308435)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 422.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Density modified map for the single asymmetric unit processing

ファイルemd_14145_additional_1.map
注釈Density modified map for the single asymmetric unit processing
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Native bovine thyroglobulin from thyroid gland, containing T3/T4 ...

全体名称: Native bovine thyroglobulin from thyroid gland, containing T3/T4 hormone precursors in two homonogenic sites.
要素
  • 複合体: Native bovine thyroglobulin from thyroid gland, containing T3/T4 hormone precursors in two homonogenic sites.
    • タンパク質・ペプチド: Thyroglobulin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Native bovine thyroglobulin from thyroid gland, containing T3/T4 ...

超分子名称: Native bovine thyroglobulin from thyroid gland, containing T3/T4 hormone precursors in two homonogenic sites.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: thyroid gland
分子量理論値: 670 KDa

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分子 #1: Thyroglobulin

分子名称: Thyroglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: thyroid gland
分子量理論値: 304.042562 KDa
配列文字列: MALALWVFGL LDLICLASAN IFEYQVDAQP LRPCELQRER AFLKREDYVP QCAEDGSFQT VQCGKDGASC WCVDADGREV PGSRQPGRP AACLSFCQLQ KQQILLSSYI NSTATSYLPQ CQDSGDYSPV QCDLRRRQCW CVDAEGMEVY GTRQQGRPAR C PRSCEIRN ...文字列:
MALALWVFGL LDLICLASAN IFEYQVDAQP LRPCELQRER AFLKREDYVP QCAEDGSFQT VQCGKDGASC WCVDADGREV PGSRQPGRP AACLSFCQLQ KQQILLSSYI NSTATSYLPQ CQDSGDYSPV QCDLRRRQCW CVDAEGMEVY GTRQQGRPAR C PRSCEIRN RRLLHGVGDR SPPQCSPDGA FRPVQCKFVN TTDMMIFDLV HSYSRFPDAF VTFSSFRSRF PEVSGYCYCA DS QGRELAE TGLELLLDEI YDTIFAGLDL ASTFAETTLY RILQRRFLAV QLVISGRFRC PTKCEVERFA ATSFRHPYVP SCH PDGEYQ AAQCQQGGPC WCVDSRGQEI PGTRQRGEPP SCAEDQSCPS ERRRAFSRLR FGPSGYFSRR SLLLAPEEGP VSQR FARFT ASCPPSIKEL FLDSGIFQPM LQGRDTRFVA PESLKEAIRG LFPSRELARL ALQFTTNAKR LQQNLFGGRF LVKVG QFNL SGALGTRGTF NFSHFFQQLG LPGFQDGRAL ADLAKPLSVG LNSNPASEAP KASKIDVALR KPVVGSFGFE VNLQEN QNA LQFLSSFLEL PEFLLFLQHA ISVPEDIARD LGDVMEMVFS SQGCGQAPGS LFVPACTAEG SYEEVQCFAG DCWCVDA QG RELAGSRVRG GRPRCPTECE KQRARMQSLL GSQPAGSSLF VPACTSKGNF LPVQCFNSEC YCVDTEGQPI PGTRSALG E PKKCPSPCQL QAERAFLGTV RTLVSNPSTL PALSSIYIPQ CSASGQWSPV QCDGPPEQAF EWYERWEAQN SAGQALTPA ELLMKIMSYR EAASRNFRLF IQNLYEAGQQ GIFPGLARYS SFQDVPVSVL EGNQTQPGGN VFLEPYLFWQ ILNGQLDRYP GPYSDFSAP LAHFDLRSCW CVDEAGQKLE GTRNEPNKVP ACPGSCEEVK LRVLQFIREA EEIVTYSNSS RFPLGESFLA A KGIRLTDE ELAFPPLSPS RETFLEKFLS GSDYAIRLAA QSTFDFYQRR LVTLAESPRA PSPVWSSAYL PQCDAFGGWE PV QCHAATG HCWCVDGKGE YVPTSLTARS RQIPQCPTSC ERLRASGLLS SWKQAGVQAE PSPKDLFIPT CLETGEFARL QAS EAGTWC VDPASGEGVP PGTNSSAQCP SLCEVLQSGV PSRRTSPGYS PACRAEDGGF SPVQCDPAQG SCWCVLGSGE EVPG TRVAG SQPACESPQC PLPFSVADVA GGAILCERAS GLGAAAGQRC QLRCSQGYRS AFPPEPLLCS VQRRRWESRP PQPRA CQRP QFWQTLQTQA QFQLLLPLGK VCSADYSGLL LAFQVFLLDE LTARGFCQIQ VKTAGTPVSI PVCDDSSVKV ECLSRE RLG VNITWKLQLV DAPPASLPDL QDVEEALAGK YLAGRFADLI QSGTFQLHLD SKTFSADTSI RFLQGDRFGT SPRTQFG CL EGFGRVVAAS DASQDALGCV KCPEGSYFQD EQCIPCPAGF YQEQAGSLAC VPCPEGRTTV YAGAFSQTHC VTDCQKNE V GLQCDQDSQY RASQRDRTSG KAFCVDGEGR RLPWTEAEAP LVDAQCLVMR KFEKLPESKV IFSADVAVMV RSEVPGSES SLMQCLADCA LDEACGFLTV STAGSEVSCD FYAWASDSIA CTTSGRSEDA LGTSQATSFG SLQCQVKVRS REGDPLAVYL KKGQEFTIT GQKRFEQTGF QSALSGMYSP VTFSASGASL AEVHLFCLLA CDHDSCCDGF ILVQVQGGPL LCGLLSSPDV L LCHVRDWR DPAEAQANAS CPGVTYDQDS RQVTLRLGGQ EIRGLTPLEG TQDTLTSFQQ VYLWKDSDMG SRSESMGCRR DT EPRPASP SETDLTTGLF SPVDLIQVIV DGNVSLPSQQ HWLFKHLFSL QQANLWCLSR CAGEPSFCQL AEVTDSEPLY FTC TLYPEA QVCDDILESS PKGCRLILPR RPSALYRKKV VLQDRVKNFY NRLPFQKLTG ISIRNKVPMS DKSISSGFFE CERL CDMDP CCTGFGFLNV SQLKGGEVTC LTLNSLGLQT CSEEYGGVWR ILDCGSPDTE VRTYPFGWYQ KPVSPSDAPS FCPSV ALPA LTENVALDSW QSLALSSVIV DPSIRNFDVA HISTAAVGNF SAARDRCLWE CSRHQDCLVT TLQTQPGAVR CMFYAD TQS CTHSLQAQNC RLLLHEEATY IYRKPNIPLP GFGTSSPSVP IATHGQLLGR SQAIQVGTSW KPVDQFLGVP YAAPPLG EK RFRAPEHLNW TGSWEATKPR ARCWQPGIRT PTPPGVSEDC LYLNVFVPQN MAPNASVLVF FHNAAEGKGS GDRPAVDG S FLAAVGNLIV VTASYRTGIF GFLSSGSSEL SGNWGLLDQV VALTWVQTHI QAFGGDPRRV TLAADRGGAD IASIHLVTT RAANSRLFRR AVLMGGSALS PAAVIRPERA RQQAAALAKE VGCPSSSVQE MVSCLRQEPA RILNDAQTKL LAVSGPFHYW GPVVDGQYL RETPARVLQR APRVKVDLLI GSSQDDGLIN RAKAVKQFEE SQGRTSSKTA F(DHA)QALQNSLG GEAADAG VQ AAATWYYSLE HDSDD(T44)ASFS RALEQATRDY FIICPVIDMA SHWARTVRGN VFMYHAPESY SHSSLELLTD VLYA FGLPF YPAYEGQFTL EEKSLSLKIM QYFSNFIRSG NPNYPHEFSR RAPEFAAPWP DFVPRDGAES YKELSVLLPN RQGLK KADC SFWSKYIQSL KASADETKDG PSADSEEEDQ PAGSGLTEDL LGLPELASKT YSK

UniProtKB: Thyroglobulin

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / : NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 4
詳細: Streaptavidin 2D crystal supported by a biotinylated monolayer, stabilized by thin carbon evaporation on lipid tails
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 34597 / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.1), cryoSPARC (ver. 2))
使用した粒子像数: 242813
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.1), cryoSPARC (ver. 2))
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7qtq:
Structure of Native, iodinated bovine thyroglobulin solved on strepavidin affinity grids.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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