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万見
- EMDB-1413: Structural aspects of RbfA action during small ribosomal subunit ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1413
タイトルStructural aspects of RbfA action during small ribosomal subunit assembly.
マップデータCryo-EM map of Thermus thermophilus 30S subunit and RbfA complex.
試料
  • 試料: Complex of ribosomal subunit 30S and RbfA
  • 複合体: 30S small ribosomal subunit
  • タンパク質・ペプチド: Ribosome binding factor A
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit binding / maturation of SSU-rRNA / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosome-binding factor A / Ribosome-binding factor A domain superfamily / Ribosome-binding factor A / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal ...Ribosome-binding factor A / Ribosome-binding factor A domain superfamily / Ribosome-binding factor A / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Ribosome-binding factor A
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.5 Å
データ登録者Datta PP / Wilson DN / Kawazoe M / Swami NK / Kaminishi T / Sharma MR / Booth TM / Takemoto C / Fucini P / Yokoyama S / Agrawal RK
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2007
タイトル: Structural aspects of RbfA action during small ribosomal subunit assembly.
著者: Partha P Datta / Daniel N Wilson / Masahito Kawazoe / Neil K Swami / Tatsuya Kaminishi / Manjuli R Sharma / Timothy M Booth / Chie Takemoto / Paola Fucini / Shigeyuki Yokoyama / Rajendra K Agrawal /
要旨: Ribosome binding factor A (RbfA) is a bacterial cold shock response protein, required for an efficient processing of the 5' end of the 16S ribosomal RNA (rRNA) during assembly of the small (30S) ...Ribosome binding factor A (RbfA) is a bacterial cold shock response protein, required for an efficient processing of the 5' end of the 16S ribosomal RNA (rRNA) during assembly of the small (30S) ribosomal subunit. Here we present a crystal structure of Thermus thermophilus (Tth) RbfA and a three-dimensional cryo-electron microscopic (EM) map of the Tth 30S*RbfA complex. RbfA binds to the 30S subunit in a position overlapping the binding sites of the A and P site tRNAs, and RbfA's functionally important C terminus extends toward the 5' end of the 16S rRNA. In the presence of RbfA, a portion of the 16S rRNA encompassing helix 44, which is known to be directly involved in mRNA decoding and tRNA binding, is displaced. These results shed light on the role played by RbfA during maturation of the 30S subunit, and also indicate how RbfA provides cells with a translational advantage under conditions of cold shock.
履歴
登録2007年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年8月21日-
マップ公開2007年11月16日-
更新2012年10月17日-
現状2012年10月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 35
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 35
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  • 原子モデル: PDB-2r1c, PDB-2r1g
  • 表面レベル: 35
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2r1c
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2r1g
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1413.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1413.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of Thermus thermophilus 30S subunit and RbfA complex.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.76 Å/pix.
x 130 pix.
= 358.8 Å		2.76 Å/pix.
x 130 pix.
= 358.8 Å		2.76 Å/pix.
x 130 pix.
= 358.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.76 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 36.700000000000003 / ムービー #1: 35
最小 - 最大-130.322000000000003 - 407.386000000000024
平均 (標準偏差)2.66509 (±22.7014)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-65-65-65
サイズ130130130
Spacing130130130
セルA=B=C: 358.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.762.762.76
M x/y/z130130130
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.800358.800358.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-90-90-90
NX/NY/NZ181181181
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-65-65-65
NC/NR/NS130130130
D min/max/mean-130.322407.3862.665

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of ribosomal subunit 30S and RbfA

全体名称: Complex of ribosomal subunit 30S and RbfA
要素
  • 試料: Complex of ribosomal subunit 30S and RbfA
  • 複合体: 30S small ribosomal subunit
  • タンパク質・ペプチド: Ribosome binding factor A

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超分子 #1000: Complex of ribosomal subunit 30S and RbfA

超分子名称: Complex of ribosomal subunit 30S and RbfA / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2
分子量理論値: 910.9 KDa

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超分子 #1: 30S small ribosomal subunit

超分子名称: 30S small ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 30S / 詳細: Thermus thermophilus / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: SSU 30S
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量実験値: 900 KDa

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分子 #1: Ribosome binding factor A

分子名称: Ribosome binding factor A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RbfA / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8
分子量実験値: 10.9 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
詳細: 20mM Hepes-KOH (pH7.8), 10mM Mg(OAc)2, 200 mM NH4Cl, 65 mM KCL.
グリッド詳細: Quantifoil 300 mesh Copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Wadworth Center own cryo-plunger fabricated on-site
手法: 5ul of specimen was applied to the grid, then blotted using Whatman number 1 filter paper for 2 to 4 seconds, then plunged.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lends astigmatism corrected at 210x magnification
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 131 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50760 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Oxford cryo-transfer holder / 試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 61207

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: O
詳細Protocol: Rigid Body. The domains were fitted independently using the program O
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-2r1c:
Coordinates of the thermus thermophilus ribosome binding factor A (RbfA) homology model as fitted into the CRYO-EM map of a 30S-RBFA complex

PDB-2r1g:
Coordinates of the thermus thermophilus 30S components neighboring RbfA as obtained by fitting into the CRYO-EM map of A 30S-RBFA complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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