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万見
- EMDB-14107: Growing microtubules in presence of Tip1, Tea2 and Mal3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14107
タイトルGrowing microtubules in presence of Tip1, Tea2 and Mal3
マップデータGrowing microtubules in presence of Tip1, Tea2 and Mal3
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Growing microtubule minus-end in presence of Tip1, Tea2 and Mal3
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Volkov VA
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)609822European Union
引用ジャーナル: Nat Cell Biol / 年: 2023
タイトル: Multivalent interactions facilitate motor-dependent protein accumulation at growing microtubule plus-ends.
著者: Renu Maan / Louis Reese / Vladimir A Volkov / Matthew R King / Eli O van der Sluis / Nemo Andrea / Wiel H Evers / Arjen J Jakobi / Marileen Dogterom /
要旨: Growing microtubule ends organize end-tracking proteins into comets of mixed composition. Here using a reconstituted fission yeast system consisting of end-binding protein Mal3, kinesin Tea2 and ...Growing microtubule ends organize end-tracking proteins into comets of mixed composition. Here using a reconstituted fission yeast system consisting of end-binding protein Mal3, kinesin Tea2 and cargo Tip1, we found that these proteins can be driven into liquid-phase droplets both in solution and at microtubule ends under crowding conditions. In the absence of crowding agents, cryo-electron tomography revealed that motor-dependent comets consist of disordered networks where multivalent interactions may facilitate non-stoichiometric accumulation of cargo Tip1. We found that two disordered protein regions in Mal3 are required for the formation of droplets and motor-dependent accumulation of Tip1, while autonomous Mal3 comet formation requires only one of them. Using theoretical modelling, we explore possible mechanisms by which motor activity and multivalent interactions may lead to the observed enrichment of Tip1 at microtubule ends. We conclude that microtubule ends may act as platforms where multivalent interactions condense microtubule-associated proteins into large multi-protein complexes.
履歴
登録2022年1月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月17日-
マップ公開2022年8月17日-
更新2023年3月8日-
現状2023年3月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14107.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14107.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Growing microtubules in presence of Tip1, Tea2 and Mal3
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.34 Å/pix.
x 216 pix.
= 1585.44 Å		7.34 Å/pix.
x 1920 pix.
= 14092.801 Å		7.34 Å/pix.
x 1856 pix.
= 13623.04 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-1003.1927 - 495.92252
平均 (標準偏差)3.050369 (±45.724865)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-3231-108
サイズ19201856216
Spacing18561920216
セルA: 13623.04 Å / B: 14092.801 Å / C: 1585.4401 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Growing microtubule minus-end in presence of Tip1, Tea2 and Mal3

全体名称: Growing microtubule minus-end in presence of Tip1, Tea2 and Mal3
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Growing microtubule minus-end in presence of Tip1, Tea2 and Mal3

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超分子 #1: Growing microtubule minus-end in presence of Tip1, Tea2 and Mal3

超分子名称: Growing microtubule minus-end in presence of Tip1, Tea2 and Mal3
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.9
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Sigma / 直径: 5 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 10000

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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