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- EMDB-13876: Cryo-EM structure of the octameric pore of Clostridium perfringen... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13876
タイトルCryo-EM structure of the octameric pore of Clostridium perfringens beta-toxin.
マップデータpostprocessed map CPB
試料
  • 複合体: octamer of beta toxin in SMALP
    • タンパク質・ペプチド: Clostridium perfringens beta toxin
キーワードpore forming toxin / hemolysin / octamer / TOXIN
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) / Clostridium perfringens CPE (ウェルシュ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å
データ登録者Iacovache I / Zuber B
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation179520 スイス
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the octameric pore of Clostridium perfringens β-toxin.
著者: Julia Bruggisser / Ioan Iacovache / Samuel C Musson / Matteo T Degiacomi / Horst Posthaus / Benoît Zuber /
要旨: Clostridium perfringens is one of the most widely distributed and successful pathogens producing an impressive arsenal of toxins. One of the most potent toxins produced is the C. perfringens β-toxin ...Clostridium perfringens is one of the most widely distributed and successful pathogens producing an impressive arsenal of toxins. One of the most potent toxins produced is the C. perfringens β-toxin (CPB). This toxin is the main virulence factor of type C strains. We describe the cryo-electron microscopy (EM) structure of CPB oligomer. We show that CPB forms homo-octameric pores like the hetero-oligomeric pores of the bi-component leukocidins, with important differences in the receptor binding region and the N-terminal latch domain. Intriguingly, the octameric CPB pore complex contains a second 16-stranded β-barrel protrusion atop of the cap domain that is formed by the N-termini of the eight protomers. We propose that CPB, together with the newly identified Epx toxins, is a member a new subclass of the hemolysin-like family. In addition, we show that the β-barrel protrusion domain can be modified without affecting the pore-forming ability, thus making the pore particularly attractive for macromolecule sensing and nanotechnology. The cryo-EM structure of the octameric pore of CPB will facilitate future developments in both nanotechnology and basic research.
履歴
登録2021年11月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月19日-
マップ公開2022年10月19日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13876.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13876.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈postprocessed map CPB
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 200 pix.
= 261.2 Å		1.31 Å/pix.
x 200 pix.
= 261.2 Å		1.31 Å/pix.
x 200 pix.
= 261.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.306 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.20037964 - 0.43193036
平均 (標準偏差)0.0015350543 (±0.016621862)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-99-99-99
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 261.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half1

ファイルemd_13876_half_map_1.map
注釈half1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half2

ファイルemd_13876_half_map_2.map
注釈half2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : octamer of beta toxin in SMALP

全体名称: octamer of beta toxin in SMALP
要素
  • 複合体: octamer of beta toxin in SMALP
    • タンパク質・ペプチド: Clostridium perfringens beta toxin

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超分子 #1: octamer of beta toxin in SMALP

超分子名称: octamer of beta toxin in SMALP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) / 株: C
分子量理論値: 250 KDa

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分子 #1: Clostridium perfringens beta toxin

分子名称: Clostridium perfringens beta toxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium perfringens CPE (ウェルシュ菌)
分子量理論値: 34.89375 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: NDIGKTTTIT RNKTSDGYTI ITQNDKQIIS YQSVDSSSKN EDGFTASIDA RFIDDKYSSE MTTLINLTGF MSSKKEDVIK KYNLHDVTN STAINFPVRY SISILNESIN ENVKIVDSIP KNTISQKTVS NTMGYKIGGS IEIEENKPKA SIESEYAESS T IEYVQPDF ...文字列:
NDIGKTTTIT RNKTSDGYTI ITQNDKQIIS YQSVDSSSKN EDGFTASIDA RFIDDKYSSE MTTLINLTGF MSSKKEDVIK KYNLHDVTN STAINFPVRY SISILNESIN ENVKIVDSIP KNTISQKTVS NTMGYKIGGS IEIEENKPKA SIESEYAESS T IEYVQPDF STIQTDHSTS KASWDTKFTE TTRGNYNLKS NNPVYGNEMF MYGRYTNVPA TENIIPDYQM SKLITGGLNP NM SVVLTAP NGTEESIIKV KMERERNCYY LNWNGANWVG QVYSRLAFDT PNVDSHIFTF KINWLTHKVT AI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 構成要素:
濃度名称
20.0 mMTris
150.0 mMNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.25 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3b07

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C8 (8回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 260481
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3b07


Chain - Chain ID: B / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7q9y:
Cryo-EM structure of the octameric pore of Clostridium perfringens beta-toxin.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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