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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of full-length, dimeric, soluble somatic angiotensin I-converting enzyme | |||||||||
![]() | Globally-sharpened map of full-length dimeric somatic angiotensin I-converting enzyme showing interacting N-domains and disordered C-domains | |||||||||
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![]() | Zinc metalloprotease Dicarboxypeptidase Glycoprotein / HYDROLASE | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å | |||||||||
![]() | Lubbe L / Sewell BT / Sturrock ED | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM reveals mechanisms of angiotensin I-converting enzyme allostery and dimerization. 著者: Lizelle Lubbe / Bryan Trevor Sewell / Jeremy D Woodward / Edward D Sturrock / ![]() 要旨: Hypertension (high blood pressure) is a major risk factor for cardiovascular disease, which is the leading cause of death worldwide. The somatic isoform of angiotensin I-converting enzyme (sACE) ...Hypertension (high blood pressure) is a major risk factor for cardiovascular disease, which is the leading cause of death worldwide. The somatic isoform of angiotensin I-converting enzyme (sACE) plays a critical role in blood pressure regulation, and ACE inhibitors are thus widely used to treat hypertension and cardiovascular disease. Our current understanding of sACE structure, dynamics, function, and inhibition has been limited because truncated, minimally glycosylated forms of sACE are typically used for X-ray crystallography and molecular dynamics simulations. Here, we report the first cryo-EM structures of full-length, glycosylated, soluble sACE (sACE ). Both monomeric and dimeric forms of the highly flexible apo enzyme were reconstructed from a single dataset. The N- and C-terminal domains of monomeric sACE were resolved at 3.7 and 4.1 Å, respectively, while the interacting N-terminal domains responsible for dimer formation were resolved at 3.8 Å. Mechanisms are proposed for intradomain hinging, cooperativity, and homodimerization. Furthermore, the observation that both domains were in the open conformation has implications for the design of sACE modulators. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 168.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.5 KB 23.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 63.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() ![]() | 178 MB 178 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 164.8 MB 165.4 MB 165.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 852.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 852.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7q3yC ![]() 7q49C ![]() 7q4cC ![]() 7q4dC ![]() 7q4eC C: 同じ文献を引用 ( |
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電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 3.8 TB Data #1: Unaligned multi-frame cryo-EM micrographs of human somatic angiotensin I-converting enzyme in the apo state [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Globally-sharpened map of full-length dimeric somatic angiotensin I-converting enzyme showing interacting N-domains and disordered C-domains | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Raw, unfiltered full map from non-uniform refinement of...
ファイル | emd_13802_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Raw, unfiltered full map from non-uniform refinement of full-length dimeric somatic angiotensin I-converting enzyme | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Raw, unfiltered half-map A of full-length dimeric somatic...
ファイル | emd_13802_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Raw, unfiltered half-map A of full-length dimeric somatic angiotensin I-converting enzyme | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Raw, unfiltered half-map B of full-length dimeric somatic...
ファイル | emd_13802_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Raw, unfiltered half-map B of full-length dimeric somatic angiotensin I-converting enzyme | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Full-length, soluble, dimeric somatic angiotensin I-converting enzyme
全体 | 名称: Full-length, soluble, dimeric somatic angiotensin I-converting enzyme |
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要素 |
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-超分子 #1: Full-length, soluble, dimeric somatic angiotensin I-converting enzyme
超分子 | 名称: Full-length, soluble, dimeric somatic angiotensin I-converting enzyme タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 279 KDa |
-分子 #1: Angiotensin I-converting enzyme
分子 | 名称: Angiotensin I-converting enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Soluble secreted form of human somatic angiotensin I-converting enzyme terminating at Ser1211 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidyl-dipeptidase A |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: LDPGLQPGNF SADEAGAQLF AQSYNSSAEQ V LFQSVAAS WAHDTNITAE NARRQEEAAL LSQEFAEAWG QKAKELYEPI WQNFTDPQLR RI IGAVRTL GSANLPLAKR QQYNALLSNM SRIYSTAKVC LPNKTATCWS LDPDLTNILA SSR SYAMLL FAWEGWHNAA ...文字列: LDPGLQPGNF SADEAGAQLF AQSYNSSAEQ V LFQSVAAS WAHDTNITAE NARRQEEAAL LSQEFAEAWG QKAKELYEPI WQNFTDPQLR RI IGAVRTL GSANLPLAKR QQYNALLSNM SRIYSTAKVC LPNKTATCWS LDPDLTNILA SSR SYAMLL FAWEGWHNAA GIPLKPLYED FTALSNEAYK QDGFTDTGAY WRSWYNSPTF EDDL EHLYQ QLEPLYLNLH AFVRRALHRR YGDRYINLRG PIPAHLLGDM WAQSWENIYD MVVPF PDKP NLDVTSTMLQ QGWNATHMFR VAEEFFTSLE LSPMPPEFWE GSMLEKPADG REVVCH ASA WDFYNRKDFR IKQCTRVTMD QLSTVHHEMG HIQYYLQYKD LPVSLRRGAN PGFHEAI GD VLALSVSTPE HLHKIGLLDR VTNDTESDIN YLLKMALEKI AFLPFGYLVD QWRWGVFS G RTPPSRYNFD WWYLRTKYQG ICPPVTRNET HFDAGAKFHV PNVTPYIRYF VSFVLQFQF HEALCKEAGY EGPLHQCDIY RSTKAGAKLR KVLQAGSSRP WQEVLKDMVG LDALDAQPLL KYFQLVTQW LQEQNQQNGE VLGWPEYQWH PPLPDNYPEG IDLVTDEAEA SKFVEEYDRT S QVVWNEYA EANWNYNTNI TTETSKILLQ KNMQIANHTL KYGTQARKFD VNQLQNTTIK RI IKKVQDL ERAALPAQEL EEYNKILLDM ETTYSVATVC HPNGSCLQLE PDLTNVMATS RKY EDLLWA WEGWRDKAGR AILQFYPKYV ELINQAARLN GYVDAGDSWR SMYETPSLEQ DLER LFQEL QPLYLNLHAY VRRALHRHYG AQHINLEGPI PAHLLGNMWA QTWSNIYDLV VPFPS APSM DTTEAMLKQG WTPRRMFKEA DDFFTSLGLL PVPPEFWNKS MLEKPTDGRE VVCHAS AWD FYNGKDFRIK QCTTVNLEDL VVAHHEMGHI QYFMQYKDLP VALREGANPG FHEAIGD VL ALSVSTPKHL HSLNLLSSEG GSDEHDINFL MKMALDKIAF IPFSYLVDQW RWRVFDGS I TKENYNQEWW SLRLKYQGLC PPVPRTQGDF DPGAKFHIPS SVPYIRYFVS FIIQFQFHE ALCQAAGHTG PLHKCDIYQS KEAGQRLATA MKLGFSRPWP EAMQLITGQP NMSASAMLSY FKPLLDWLR TENELHGEKL GWPQYNWTPN SARSEGPLPD S |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Solutions were prepared with deionized water | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Diluted protein (in buffer containing zinc chloride and sodium chloride) was incubated on ice for 30 minutes after which it was applied to the grid, incubated for 30 seconds, and blotted for ...詳細: Diluted protein (in buffer containing zinc chloride and sodium chloride) was incubated on ice for 30 minutes after which it was applied to the grid, incubated for 30 seconds, and blotted for 3 seconds before plunging. | ||||||||||||
詳細 | The protein was stored at 3.0mg/ml in 50mM HEPES (pH 7.5) and diluted immediately prior to grid preparation |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11628 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 43.0 e/Å2 詳細: Images were recorded in super-resolution mode with 40 frames per image |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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