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万見
- EMDB-13789: Structure of the human CPLANE complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13789
タイトルStructure of the human CPLANE complex
マップデータFull map
試料
  • 複合体: CPLANE
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fritz homolog
    • タンパク質・ペプチド: Protein inturned
    • タンパク質・ペプチド: Protein fuzzy homolog
キーワードciliogenesis / ciliopathies / longin / lipid binding / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neural crest formation / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in neural plate anterior/posterior pattern formation / axonemal basal plate / tongue morphogenesis / respiratory system development / auditory receptor cell morphogenesis / regulation of embryonic cell shape / septin cytoskeleton organization / digestive system development / embryonic body morphogenesis ...negative regulation of neural crest formation / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in neural plate anterior/posterior pattern formation / axonemal basal plate / tongue morphogenesis / respiratory system development / auditory receptor cell morphogenesis / regulation of embryonic cell shape / septin cytoskeleton organization / digestive system development / embryonic body morphogenesis / regulation of ruffle assembly / regulation of fibroblast migration / podocyte cell migration / establishment of planar polarity / protein localization to organelle / intraciliary transport / spinal cord dorsal/ventral patterning / regulation of cilium assembly / ciliary transition zone / motile cilium assembly / cilium organization / embryonic skeletal system morphogenesis / negative regulation of cell division / circulatory system development / positive regulation of cilium assembly / non-motile cilium assembly / camera-type eye development / regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of smoothened signaling pathway / limb development / neural tube development / motile cilium / regulation of establishment of cell polarity / regulation of focal adhesion assembly / hair follicle morphogenesis / embryonic digit morphogenesis / smoothened signaling pathway / roof of mouth development / axoneme / cilium assembly / hair follicle development / regulation of ossification / negative regulation of keratinocyte proliferation / Hedgehog 'off' state / keratinocyte differentiation / vesicle-mediated transport / centriole / phosphatidylinositol binding / ciliary basal body / negative regulation of cell migration / kidney development / neural tube closure / establishment of protein localization / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cilium / protein transport / regulation of protein localization / nervous system development / cytoskeleton / cell division / negative regulation of cell population proliferation / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein Fritz / Fuzzy protein / Protein inturned / WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein Fritz / CCZ1/INTU, second Longin domain / CCZ1/INTU/HPS4, third Longin domain / Intu longin-like domain 2 / Intu longin-like domain 3 / CCZ1/INTU/HSP4, first Longin domain / First Longin domain of INTU, CCZ1 and HPS4 ...WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein Fritz / Fuzzy protein / Protein inturned / WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein Fritz / CCZ1/INTU, second Longin domain / CCZ1/INTU/HPS4, third Longin domain / Intu longin-like domain 2 / Intu longin-like domain 3 / CCZ1/INTU/HSP4, first Longin domain / First Longin domain of INTU, CCZ1 and HPS4 / FUZ/MON1/HPS1, third Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, second Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, first Longin domain / First Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Second Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Third Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fritz homolog / Protein fuzzy homolog / Protein inturned
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Langousis G / Cavadini S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structure of the ciliogenesis-associated CPLANE complex.
著者: Gerasimos Langousis / Simone Cavadini / Niels Boegholm / Esben Lorentzen / Georg Kempf / Patrick Matthias /
要旨: Dysfunctional cilia cause pleiotropic human diseases termed ciliopathies. These hereditary maladies are often caused by defects in cilia assembly, a complex event that is regulated by the ...Dysfunctional cilia cause pleiotropic human diseases termed ciliopathies. These hereditary maladies are often caused by defects in cilia assembly, a complex event that is regulated by the ciliogenesis and planar polarity effector (CPLANE) proteins Wdpcp, Inturned, and Fuzzy. CPLANE proteins are essential for building the cilium and are mutated in multiple ciliopathies, yet their structure and molecular functions remain elusive. Here, we show that mammalian CPLANE proteins comprise a bona fide complex and report the near-atomic resolution structures of the human Wdpcp-Inturned-Fuzzy complex and of the mouse Wdpcp-Inturned-Fuzzy complex bound to the small guanosine triphosphatase Rsg1. Notably, the crescent-shaped CPLANE complex binds phospholipids such as phosphatidylinositol 3-phosphate via multiple modules and a CPLANE ciliopathy mutant exhibits aberrant lipid binding. Our study provides critical structural and functional insights into an enigmatic ciliogenesis-associated complex as well as unexpected molecular rationales for ciliopathies.
履歴
登録2021年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13789.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13789.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 380 pix.
= 250.8 Å		0.66 Å/pix.
x 380 pix.
= 250.8 Å		0.66 Å/pix.
x 380 pix.
= 250.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.46606022 - 1.0097167
平均 (標準偏差)-0.002717645 (±0.036749214)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 250.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Locally sharpened map

ファイルemd_13789_additional_1.map
注釈Locally sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_13789_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_13789_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CPLANE

全体名称: CPLANE
要素
  • 複合体: CPLANE
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fritz homolog
    • タンパク質・ペプチド: Protein inturned
    • タンパク質・ペプチド: Protein fuzzy homolog

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超分子 #1: CPLANE

超分子名称: CPLANE / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fr...

分子名称: WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fritz homolog
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 89.64932 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKSAVDLEVL FQGPGRREFC WDAYSKAAGS RASSPLPRQD RDSFCHQMSF CLTELHLWS LKNTLHIADR DIGIYQYYDK KDPPATEHGN LEKKQKLAES RDYPWTLKNR RPEKLRDSLK ELEELMQNSR C VLSKWKNK ...文字列:
MDSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKSAVDLEVL FQGPGRREFC WDAYSKAAGS RASSPLPRQD RDSFCHQMSF CLTELHLWS LKNTLHIADR DIGIYQYYDK KDPPATEHGN LEKKQKLAES RDYPWTLKNR RPEKLRDSLK ELEELMQNSR C VLSKWKNK YVCQLLFGSG VLVSLSLSGP QLEKVVIDRS LVGKLISDTI SDALLTDSFI ILSFLAQNKL CFIQFTKKME SS DVNKRLE KLSALDYKIF YYEIPGPINK TTERHLAINC VHDRVVCWWP LVNDDAWPWA PISSEKDRAN LLLLGYAQGR LEV LSSVRT EWDPLDVRFG TKQPYQVFTV EHSVSVDKEP MADSCIYECI RNKIQCVSVT RIPLKSKAIS CCRNVTEDKL ILGC EDSSL ILYETHRRVT LLAQTELLPS LISCHPSGAI LLVGSNQGEL QIFDMALSPI NIQLLAEDRL PRETLQFSKL FDASS SLVQ MQWIAPQVVS QKGEGSDIYD LLFLRFERGP LGVLLFKLGV FTRGQLGLID IIFQYIHCDE IYEAINILSS MNWDTL GHQ CFISMSAIVN HLLRQKLTPE REAQLETSLG TFYAPTRPLL DSTILEYRDQ ISKYARRFFH HLLRYQRFEK AFLLAVD VG ARDLFMDIHY LALDKGELAL AEVARKRASD IDAESITSGV ELLGPLDRGD MLNEAFIGLS LAPQGEDSFP DNLPPSCP T HRHILQQRIL NGSSNRQIID RRNELEKDIC SGFLMTNTCN AEDGELREDG REQEIRDGGS LKMIHFGLV

UniProtKB: WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fritz homolog

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分子 #2: Protein inturned

分子名称: Protein inturned / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 108.150633 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSSHHHHHH SAVDLEVLFQ GPGASVASCD SRPSSDELPG DPSSQEEDED YDFEDRVSDS GSYSSASSDY DDLEPEWLDS VQKNGELFY LELSEDEEES LLPETPTVNH VRFSENEIII EDDYKERKKY EPKLKQFTKI LRRKRLLPKR CNKKNSNDNG P VSILKHQS ...文字列:
MGSSHHHHHH SAVDLEVLFQ GPGASVASCD SRPSSDELPG DPSSQEEDED YDFEDRVSDS GSYSSASSDY DDLEPEWLDS VQKNGELFY LELSEDEEES LLPETPTVNH VRFSENEIII EDDYKERKKY EPKLKQFTKI LRRKRLLPKR CNKKNSNDNG P VSILKHQS NQKTGVIVQQ RYKDVNVYVN PKKLTVIKAK EQLKLLEVLV GIIHQTKWSW RRTGKQGDGE RLVVHGLLPG GS AMKSGQV LIGDVLVAVN DVDVTTENIE RVLSCIPGPM QVKLTFENAY DVKRETSHPR QKKTQSNTSD LVKLLWGEEV EGI QQSGLN TPHIIMYLTL QLDSETSKEE QEILYHYPMS EASQKLKSVR GIFLTLCDML ENVTGTQVTS SSLLLNGKQI HVAY WKESD KLLLIGLPAE EVPLPRLRNM IENVIQTLKF MYGSLDSAFC QIENVPRLDH FFNLFFQRAL QPAKLHSSAS PSAQQ YDAS SAVLLDNLPG VRWLTLPLEI KMELDMALSD LEAADFAELS EDYYDMRRLY TILGSSLFYK GYLICSHLPK DDLIDI AVY CRHYCLLPLA AKQRIGQLII WREVFPQHHL RPLADSSTEV FPEPEGRYFL LVVGLKHYML CVLLEAGGCA SKAIGSP GP DCVYVDQVKT TLHQLDGVDS RIDERLASSP VPCLSCADWF LTGSREKTDS LTTSPILSRL QGTSKVATSP TCRRTLFG D YSLKTRKPSP SCSSGGSDNG CEGGEDDGFS PHTTPDAVRK QRESQGSDGL EESGTLLKVT KKKSTLPNPF HLGNLKKDL PEKELEIYNT VKLTSGPENT LFHYVALETV QGIFITPTLE EVAQLSGSIH PQLIKNFHQC CLSIRAVFQQ TLVEEKKKGL NSGDHSDSA KSVSSLNPVK EHGVLFECSP GNWTDQKKAP PVMAYWVVGR LFLHPKPQEL YVCFHDSVTE IAIEIAFKLF F GLTL

UniProtKB: Protein inturned

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分子 #3: Protein fuzzy homolog

分子名称: Protein fuzzy homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.721949 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGEEGTGGTV HLLCLAASSG VPLFCRSSRG GAPARQQLPF SVIGSLNGVH MFGQNLEVQL SSARTENTTV VWKSFHDSIT LIVLSSEVG ISELRLERLL QMVFGAMVLL VGLEELTNIR NVERLKKDLR ASYCLIDSFL GDSELIGDLT QCVDCVIPPE G SLLQEALS ...文字列:
MGEEGTGGTV HLLCLAASSG VPLFCRSSRG GAPARQQLPF SVIGSLNGVH MFGQNLEVQL SSARTENTTV VWKSFHDSIT LIVLSSEVG ISELRLERLL QMVFGAMVLL VGLEELTNIR NVERLKKDLR ASYCLIDSFL GDSELIGDLT QCVDCVIPPE G SLLQEALS GFAEAAGTTF VSLVVSGRVV AATEGWWRLG TPEAVLLPWL VGSLPPQTAR DYPVYLPHGS PTVPHRLLTL TL LPSLELC LLCGPSPPLS QLYPQLLERW WQPLLDPLRA CLPLGPRALP SGFPLHTDIL GLLLLHLELK RCLFTVEPLG DKE PSPEQR RRLLRNFYTL VTSTHFPPEP GPPEKTEDEV YQAQLPRACY LVLGTEEPGT GVRLVALQLG LRRLLLLLSP QSPT HGLRS LATHTLHALT PLL

UniProtKB: Protein fuzzy homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 1.04 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 129902
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7q3d:
Structure of the human CPLANE complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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