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- EMDB-13740: Tomogram of a TauRD-YFP aggregate in a TauRD-YFP expressing prima... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13740
タイトルTomogram of a TauRD-YFP aggregate in a TauRD-YFP expressing primary mouse neuron
マップデータ
試料
  • 細胞: Tomogram of a TauRD-YFP aggregate in a TauRD-YFP expressing primary mouse neuron
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Trinkaus V-A / Saha I / Fernandez-Busnadiego R / Hartl F-U
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-2012-SyG_318987-ToPAG ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1-390729940 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2145-390857198 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The AAA+ chaperone VCP disaggregates Tau fibrils and generates aggregate seeds in a cellular system.
著者: Itika Saha / Patricia Yuste-Checa / Miguel Da Silva Padilha / Qiang Guo / Roman Körner / Hauke Holthusen / Victoria A Trinkaus / Irina Dudanova / Rubén Fernández-Busnadiego / Wolfgang ...著者: Itika Saha / Patricia Yuste-Checa / Miguel Da Silva Padilha / Qiang Guo / Roman Körner / Hauke Holthusen / Victoria A Trinkaus / Irina Dudanova / Rubén Fernández-Busnadiego / Wolfgang Baumeister / David W Sanders / Saurabh Gautam / Marc I Diamond / F Ulrich Hartl / Mark S Hipp /
要旨: Amyloid-like aggregates of the microtubule-associated protein Tau are associated with several neurodegenerative disorders including Alzheimer's disease. The existence of cellular machinery for the ...Amyloid-like aggregates of the microtubule-associated protein Tau are associated with several neurodegenerative disorders including Alzheimer's disease. The existence of cellular machinery for the removal of such aggregates has remained unclear, as specialized disaggregase chaperones are thought to be absent in mammalian cells. Here we show in cell culture and in neurons that the hexameric ATPase valosin-containing protein (VCP) is recruited to ubiquitylated Tau fibrils, resulting in their efficient disaggregation. Aggregate clearance depends on the functional cooperation of VCP with heat shock 70 kDa protein (Hsp70) and the ubiquitin-proteasome machinery. While inhibition of VCP activity stabilizes large Tau aggregates, disaggregation by VCP generates seeding-active Tau species as byproduct. These findings identify VCP as a core component of the machinery for the removal of neurodegenerative disease aggregates and suggest that its activity can be associated with enhanced aggregate spreading in tauopathies.
履歴
登録2021年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2023年3月15日-
現状2023年3月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13740.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13740.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 686.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
14.08 Å/pix.
x 202 pix.
= 2844.16 Å		14.08 Å/pix.
x 928 pix.
= 13066.24 Å		14.08 Å/pix.
x 960 pix.
= 13516.8 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 14.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-6472.252 - 2563.7578
平均 (標準偏差)39.496323 (±135.30019)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin10100
サイズ928960202
Spacing960928202
セルA: 13516.8 Å / B: 13066.24 Å / C: 2844.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tomogram of a TauRD-YFP aggregate in a TauRD-YFP expressing prima...

全体名称: Tomogram of a TauRD-YFP aggregate in a TauRD-YFP expressing primary mouse neuron
要素
  • 細胞: Tomogram of a TauRD-YFP aggregate in a TauRD-YFP expressing primary mouse neuron

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超分子 #1: Tomogram of a TauRD-YFP aggregate in a TauRD-YFP expressing prima...

超分子名称: Tomogram of a TauRD-YFP aggregate in a TauRD-YFP expressing primary mouse neuron
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: brain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.1 nA / 集束イオンビーム - 時間: 1800 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 90 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 100 nm
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is FIB Quanta. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 110.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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