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- EMDB-13735: Mitochondrial DNA dependent RNA polymerase homodimer. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13735
タイトルMitochondrial DNA dependent RNA polymerase homodimer.
マップデータ
試料
  • 複合体: POLRMT
    • 複合体: Mitochondrial DNA-directed RNA polymerase dimer.
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase, mitochondrialポリメラーゼ
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial DNA-directed RNA polymerase complex / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial transcription / DNA primase activity / mitochondrial nucleoid / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ ...Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial DNA-directed RNA polymerase complex / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial transcription / DNA primase activity / mitochondrial nucleoid / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / sequence-specific DNA binding / ミトコンドリアマトリックス / protein-containing complex / ミトコンドリア / RNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, phage-type / : / RNAポリメラーゼ / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 2. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Das H / Hallberg BM
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Non-coding 7S RNA inhibits transcription via mitochondrial RNA polymerase dimerization.
著者: Xuefeng Zhu / Xie Xie / Hrishikesh Das / Benedict G Tan / Yonghong Shi / Ali Al-Behadili / Bradley Peter / Elisa Motori / Sebastian Valenzuela / Viktor Posse / Claes M Gustafsson / B Martin ...著者: Xuefeng Zhu / Xie Xie / Hrishikesh Das / Benedict G Tan / Yonghong Shi / Ali Al-Behadili / Bradley Peter / Elisa Motori / Sebastian Valenzuela / Viktor Posse / Claes M Gustafsson / B Martin Hällberg / Maria Falkenberg /
要旨: The mitochondrial genome encodes 13 components of the oxidative phosphorylation system, and altered mitochondrial transcription drives various human pathologies. A polyadenylated, non-coding RNA ...The mitochondrial genome encodes 13 components of the oxidative phosphorylation system, and altered mitochondrial transcription drives various human pathologies. A polyadenylated, non-coding RNA molecule known as 7S RNA is transcribed from a region immediately downstream of the light strand promoter in mammalian cells, and its levels change rapidly in response to physiological conditions. Here, we report that 7S RNA has a regulatory function, as it controls levels of mitochondrial transcription both in vitro and in cultured human cells. Using cryo-EM, we show that POLRMT dimerization is induced by interactions with 7S RNA. The resulting POLRMT dimer interface sequesters domains necessary for promoter recognition and unwinding, thereby preventing transcription initiation. We propose that the non-coding 7S RNA molecule is a component of a negative feedback loop that regulates mitochondrial transcription in mammalian cells.
履歴
登録2021年10月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月28日-
マップ公開2022年9月28日-
更新2022年10月5日-
現状2022年10月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13735.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13735.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 300 pix.
= 303. Å		1.01 Å/pix.
x 300 pix.
= 303. Å		1.01 Å/pix.
x 300 pix.
= 303. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.01 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.27
最小 - 最大-1.3951983 - 2.575027
平均 (標準偏差)0.0014780278 (±0.05348014)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 303.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: localized reconstruction

ファイルemd_13735_additional_1.map
注釈localized reconstruction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: localized reconstruction

ファイルemd_13735_additional_2.map
注釈localized reconstruction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : POLRMT

全体名称: POLRMT
要素
  • 複合体: POLRMT
    • 複合体: Mitochondrial DNA-directed RNA polymerase dimer.
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase, mitochondrialポリメラーゼ

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超分子 #1: POLRMT

超分子名称: POLRMT / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial
分子量理論値: 137 KDa

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超分子 #2: Mitochondrial DNA-directed RNA polymerase dimer.

超分子名称: Mitochondrial DNA-directed RNA polymerase dimer. / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all / 詳細: DNA-directed RNA polymerase dimer, mitochondrial
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial

分子名称: DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 137.292125 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHTSG VDLGTENLYF QSSSASPQEQ DQDRRKDWGH VELLEVLQAR VRQLQAESVS EVVVNRVDVA RLPECGSGDG SLQPPRKVQ MGAKDATPVP CGRWAKILEK DKRTQQMRMQ RLKAKLQMPF QSGEFKALTR RLQVEPRLLS KQMAGCLEDC T RQAPESPW ...文字列:
MHHHHHHTSG VDLGTENLYF QSSSASPQEQ DQDRRKDWGH VELLEVLQAR VRQLQAESVS EVVVNRVDVA RLPECGSGDG SLQPPRKVQ MGAKDATPVP CGRWAKILEK DKRTQQMRMQ RLKAKLQMPF QSGEFKALTR RLQVEPRLLS KQMAGCLEDC T RQAPESPW EEQLARLLQE APGKLSLDVE QAPSGQHSQA QLSGQQQRLL AFFKCCLLTD QLPLAHHLLV VHHGQRQKRK LL TLDMYNA VMLGWARQGA FKELVYVLFM VKDAGLTPDL LSYAAALQCM GRQDQDAGTI ERCLEQMSQE GLKLQALFTA VLL SEEDRA TVLKAVHKVK PTFSLPPQLP PPVNTSKLLR DVYAKDGRVS YPKLHLPLKT LQCLFEKQLH MELASRVCVV SVEK PTLPS KEVKHARKTL KTLRDQWEKA LCRALRETKN RLEREVYEGR FSLYPFLCLL DEREVVRMLL QVLQALPAQG ESFTT LARE LSARTFSRHV VQRQRVSGQV QALQNHYRKY LCLLASDAEV PEPCLPRQYW EELGAPEALR EQPWPLPVQM ELGKLL AEM LVQATQMPCS LDKPHRSSRL VPVLYHVYSF RNVQQIGILK PHPAYVQLLE KAAEPTLTFE AVDVPMLCPP LPWTSPH SG AFLLSPTKLM RTVEGATQHQ ELLETCPPTA LHGALDALTQ LGNCAWRVNG RVLDLVLQLF QAKGCPQLGV PAPPSEAP Q PPEAHLPHSA APARKAELRR ELAHCQKVAR EMHSLRAEAL YRLSLAQHLR DRVFWLPHNM DFRGRTYPCP PHFNHLGSD VARALLEFAQ GRPLGPHGLD WLKIHLVNLT GLKKREPLRK RLAFAEEVMD DILDSADQPL TGRKWWMGAE EPWQTLACCM EVANAVRAS DPAAYVSHLP VHQDGSCNGL QHYAALGRDS VGAASVNLEP SDVPQDVYSG VAAQVEVFRR QDAQRGMRVA Q VLEGFITR KVVKQTVMTV VYGVTRYGGR LQIEKRLREL SDFPQEFVWE ASHYLVRQVF KSLQEMFSGT RAIQHWLTES AR LISHMGS VVEWVTPLGV PVIQPYRLDS KVKQIGGGIQ SITYTHNGDI SRKPNTRKQK NGFPPNFIHS LDSSHMMLTA LHC YRKGLT FVSVHDCYWT HAADVSVMNQ VCREQFVRLH SEPILQDLSR FLVKRFCSEP QKILEASQLK ETLQAVPKPG AFDL EQVKR STYFFS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 20.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.3 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 165000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 42131 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 48.6 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3spa

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 3次元分類ソフトウェア: (名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0), RELION (ver. 3.1))
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 13500

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3spa

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7pzp:
Mitochondrial DNA dependent RNA polymerase homodimer.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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